Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I195 R1
|
222 |
27.1 |
1551108 |
96.0% |
1489063 |
86.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
579,943 |
(T)8→7 |
intergenic (+57/+193) |
appY → / ← ompT |
DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 579,936 | 0 | T | . | 100.0%
| 77.0
/ NA
| 19 | intergenic (+50/+200) | appY/ompT | DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (12/7); total (12/7) |
ACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTT > NZ_CP009273/579870‑580020
|
acaaaacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGaa > 1:419995/1‑90 (MQ=255)
acaaaacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGaa > 1:385270/1‑90 (MQ=255)
aacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCAt > 2:721616/1‑90 (MQ=255)
ttGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAAtt < 1:678581/90‑1 (MQ=255)
cTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTa > 2:344494/1‑90 (MQ=255)
aTAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAAtt > 1:320318/1‑90 (MQ=255)
attaCAAGTTGTCTACATGTTAATTTTAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTg < 1:34145/90‑1 (MQ=255)
aTGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTataca > 1:20503/1‑90 (MQ=255)
tGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatacat > 1:80359/1‑90 (MQ=255)
tGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatacat < 2:550781/90‑1 (MQ=255)
aaTTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACta < 2:114745/90‑1 (MQ=255)
aaTTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACta < 2:180853/90‑1 (MQ=255)
taataTTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAAtt < 1:15564/90‑1 (MQ=255)
aataTTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTg > 1:173646/1‑90 (MQ=255)
attatACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATGATTGATg < 1:351348/90‑1 (MQ=255)
tataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGt > 1:619589/1‑90 (MQ=255)
ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtt > 1:205657/1‑90 (MQ=255)
ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtt > 2:136799/1‑90 (MQ=255)
aCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtttt > 1:283859/1‑90 (MQ=255)
|
ACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTT > NZ_CP009273/579870‑580020
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAAC > NZ_CP009273/579860‑580041
|
GATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAA > SRR3722073.428987/1‑100 (MQ=60)
GATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAA > SRR3722073.393482/1‑100 (MQ=60)
CAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATT > SRR3722073.327108/1‑100 (MQ=60)
TTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGG < SRR3722073.692446/100‑1 (MQ=60)
ATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTTTAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTT < SRR3722073.34994/100‑1 (MQ=60)
AGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACA > SRR3722073.21024/1‑100 (MQ=60)
GTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACAT > SRR3722073.82185/1‑100 (MQ=60)
TGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTG > SRR3722073.177037/1‑100 (MQ=60)
gagacagATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGG < SRR3722073.460347/93‑1 (MQ=60)
ATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGT > SRR3722073.632468/1‑100 (MQ=60)
TTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > SRR3722073.209844/1‑100 (MQ=60)
ATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTT > SRR3722073.289870/1‑100 (MQ=60)
TAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTC < SRR3722073.15959/100‑1 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGCTGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTA > SRR3722073.589534/1‑100 (MQ=60)
ATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATctgtctcttatacacatctgacg > SRR3722073.288472/1‑77 (MQ=60)
ATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATGATTGATGGTTTTCTATG < SRR3722073.358784/100‑1 (MQ=60)
ATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATG > SRR3722073.395300/1‑100 (MQ=60)
ATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATG > SRR3722073.490764/1‑100 (MQ=60)
TTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAAC < SRR3722073.367397/100‑1 (MQ=60)
TTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAAC < SRR3722073.560109/100‑1 (MQ=60)
|
GATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAAC > NZ_CP009273/579860‑580041
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
