Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F534 I1 R1
|
1235 |
230.2 |
7611948 |
95.1% |
7238962 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,825,783 |
C→T |
intergenic (‑135/‑52) |
norR ← / → norV |
anaerobic nitric oxide reductase DNA‑binding transcriptional activator/anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,825,783 | 0 | C | T | 100.0%
| 687.4
/ NA
| 209 | intergenic (‑135/‑52) | norR/norV | anaerobic nitric oxide reductase DNA‑binding transcriptional activator/anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (113/96); total (113/96) |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CGGAAAAACTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATCTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCGTGATTTTCACGGCACGGAATATAAAACGCTGCGC > CP009273/2825636‑2825927
|
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ggAAAAACTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGc > 2:3446645/1‑150 (MQ=255)
gAAAAACTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCa < 1:3380029/150‑1 (MQ=255)
aaaaCTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAAt < 2:2039819/150‑1 (MQ=255)
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aaCTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTa < 1:513280/150‑1 (MQ=255)
cTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGc > 2:1871887/1‑150 (MQ=255)
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aTCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAg > 1:675431/1‑150 (MQ=255)
aTCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAg < 1:277172/150‑1 (MQ=255)
tGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATc > 1:1448248/1‑150 (MQ=255)
ccTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCtt > 1:3706715/1‑150 (MQ=255)
cTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCttt > 1:1025405/1‑150 (MQ=255)
cACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCttttt < 1:2205725/150‑1 (MQ=255)
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aCTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGaa > 2:3570243/1‑150 (MQ=255)
cTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCACTTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAAt > 1:2598525/1‑150 (MQ=255)
cTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAAt < 1:2005262/150‑1 (MQ=255)
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aGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAAt < 2:1904669/150‑1 (MQ=255)
aGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAAt > 2:2601327/1‑150 (MQ=255)
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tatTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGa > 2:2491520/1‑150 (MQ=255)
atTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAg < 1:768100/150‑1 (MQ=255)
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atCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTAt > 2:2147794/1‑150 (MQ=255)
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aTTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTAtt < 2:2383046/150‑1 (MQ=255)
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aTTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTg > 2:2957954/1‑150 (MQ=255)
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atttatAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAg < 2:196096/150‑1 (MQ=255)
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ataGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCg < 1:1537492/150‑1 (MQ=255)
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taGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCGt > 1:3650167/1‑150 (MQ=255)
agagTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCGTg > 2:1434145/1‑150 (MQ=255)
agTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCGTGAt > 2:824387/1‑150 (MQ=255)
gTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCGTGAtt < 2:590425/150‑1 (MQ=255)
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ACGGAAAAACTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATCTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCGTGATTTTCACGGCACGGAATATAAAACGCTGCGCGGCA > CP009273/2825635‑2825931
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |