Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,181,645 |
A→G |
100% |
N83N (AAT→AAC) |
yehA ← |
putative fimbrial‑like adhesin protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,181,645 | 0 | A | G | 98.9%
| 743.9
/ ‑2.6
| 188 | N83N (AAT→AAC) | yehA | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (91/94); total (92/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCCC > CP009273/2181500‑2181789
|
tcatcaCTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTATGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAagtt > 1:139443/1‑148 (MQ=255)
catcaCTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAagttt > 2:297416/1‑148 (MQ=255)
atcaCTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAagttta < 1:2387592/148‑1 (MQ=255)
aCTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAagtttaatt < 1:472640/148‑1 (MQ=255)
cTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAagtttaattt < 2:3167848/148‑1 (MQ=255)
gAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTa < 1:2921785/148‑1 (MQ=255)
gAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTa < 1:2543902/148‑1 (MQ=255)
aaCCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTAt > 1:1228649/1‑148 (MQ=255)
ccgccgCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATgg > 1:2298834/1‑148 (MQ=255)
gccgccCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTa < 2:1526196/148‑1 (MQ=255)
gccgccCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTa < 2:3019884/148‑1 (MQ=255)
ccgccCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTAt > 1:2560388/1‑148 (MQ=255)
ccccGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTta < 1:2122822/148‑1 (MQ=255)
cGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATaa < 1:1406083/148‑1 (MQ=255)
gCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATaaa < 1:514577/148‑1 (MQ=255)
cAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAg > 1:438238/1‑148 (MQ=255)
aGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGt < 2:854670/148‑1 (MQ=255)
gAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTc > 2:3194316/1‑148 (MQ=255)
aaaCATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTcc > 2:1831823/1‑148 (MQ=255)
aaaCATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTcc > 2:1833277/1‑148 (MQ=255)
aCATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCcaa < 2:2226345/148‑1 (MQ=255)
aTTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCcaaca > 1:3088420/1‑148 (MQ=255)
ttttGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAataata > 2:471445/1‑148 (MQ=255)
gCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCg < 1:164737/148‑1 (MQ=255)
gCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCg < 2:2062967/148‑1 (MQ=255)
cATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGa > 1:1422199/1‑148 (MQ=255)
cATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGa > 1:2823936/1‑148 (MQ=255)
ttACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACg > 1:390007/1‑148 (MQ=255)
aCTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTTAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAACATCCGACggg < 2:2490197/148‑1 (MQ=255)
aCTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACggg < 2:3508741/148‑1 (MQ=255)
aCTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACggg < 1:3410147/148‑1 (MQ=255)
cTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGc < 2:2891502/148‑1 (MQ=255)
cTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGc < 2:3170663/148‑1 (MQ=255)
cTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGc < 2:3279761/148‑1 (MQ=255)
tGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCt > 2:1566620/1‑148 (MQ=255)
ggCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTc > 1:3325825/1‑148 (MQ=255)
ccGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCAt < 2:2206216/148‑1 (MQ=255)
ccGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCAt < 2:1072051/148‑1 (MQ=255)
cAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAgg > 2:1270667/1‑148 (MQ=255)
aGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAggg < 2:1424969/148‑1 (MQ=255)
gtgtCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGt > 2:1281401/1‑148 (MQ=255)
tCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGAt < 1:710576/148‑1 (MQ=255)
ccGTAACTGAATACCCCCTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGt < 2:3105752/148‑1 (MQ=255)
ccGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGt < 1:839032/148‑1 (MQ=255)
ccGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGt < 1:731026/148‑1 (MQ=255)
aaCTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTAttt < 2:275929/148‑1 (MQ=255)
tGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTa < 1:129107/148‑1 (MQ=255)
gAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTAc > 2:2592718/1‑148 (MQ=255)
aTAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACtt < 2:708930/148‑1 (MQ=255)
aTAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACtt < 2:204812/148‑1 (MQ=255)
aaCCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTAc > 1:3046490/1‑148 (MQ=255)
ccACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGc < 2:521393/148‑1 (MQ=255)
cACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCa < 1:22240/148‑1 (MQ=255)
aCTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCAt > 1:310869/1‑148 (MQ=255)
aCTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCAt > 2:1970722/1‑148 (MQ=255)
cTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATg < 2:1753053/148‑1 (MQ=255)
gTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACg > 2:1243020/1‑148 (MQ=255)
gAAACTGGTCTGATTAATTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGaa < 2:179835/148‑1 (MQ=255)
aaCTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATc < 2:3005720/148‑1 (MQ=255)
aCTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCa < 2:2560388/148‑1 (MQ=255)
gTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTaa > 2:40315/1‑148 (MQ=255)
cTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTaaaa > 1:2684679/1‑148 (MQ=255)
cTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTaaaa < 1:79803/148‑1 (MQ=255)
attattTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTa < 2:438674/148‑1 (MQ=255)
ttattTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTAt > 1:3487389/1‑148 (MQ=255)
attTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGc > 1:573051/1‑148 (MQ=255)
attTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGc < 2:2202568/148‑1 (MQ=255)
tttGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCt > 1:1174892/1‑148 (MQ=255)
ttGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTc > 1:3222311/1‑148 (MQ=255)
ttGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTc < 2:2729110/148‑1 (MQ=255)
tGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCa < 2:585754/148‑1 (MQ=255)
aCAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCata < 1:2477971/148‑1 (MQ=255)
tGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGc < 2:2133658/148‑1 (MQ=255)
tGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGc < 2:831919/148‑1 (MQ=255)
tGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGc < 2:365115/148‑1 (MQ=255)
gATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGcc < 1:2064441/148‑1 (MQ=255)
aTGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCa > 2:1260501/1‑148 (MQ=255)
tgttgtTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCAt > 1:2334942/1‑148 (MQ=255)
gttgttTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCAtt > 2:1209417/1‑148 (MQ=255)
gttgttTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCAtt < 1:1791340/148‑1 (MQ=255)
gttgttTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCAtt > 1:1327286/1‑148 (MQ=255)
tggttTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCAttt > 2:1930753/3‑148 (MQ=255)
tttttATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTtgtg > 1:978663/1‑148 (MQ=255)
ttttATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTgtgt < 1:92755/148‑1 (MQ=255)
ttttATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTgtgt > 2:663157/1‑148 (MQ=255)
ttttATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTgtgt < 2:1984453/148‑1 (MQ=255)
tATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTg < 2:3302229/148‑1 (MQ=255)
tATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTg > 2:2819410/1‑148 (MQ=255)
tGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGt > 2:3251099/1‑148 (MQ=255)
gTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTaa > 2:2391436/1‑148 (MQ=255)
tCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAg < 1:1281401/148‑1 (MQ=255)
ccATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGt > 1:626995/1‑148 (MQ=255)
aTTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGc > 2:3436374/1‑148 (MQ=255)
tCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCac > 2:3448890/1‑147 (MQ=255)
tCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCaa < 1:765761/148‑1 (MQ=255)
tCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCaa > 2:2614170/1‑148 (MQ=255)
aaaaTGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCaaaa < 2:703272/148‑1 (MQ=255)
aTGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATcc > 1:460473/1‑148 (MQ=255)
tGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATccc > 1:10502/1‑148 (MQ=255)
tAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATccccc < 1:705158/148‑1 (MQ=255)
|
TCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCCC > CP009273/2181500‑2181789
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCCCTGAA > CP009273/2181498‑2181793
|
AATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTATGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTT > SRR19973065.140636/1‑150 (MQ=60)
ATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCTCTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTT < SRR19973065.512781/150‑1 (MQ=60)
ATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAAT > SRR19973065.538753/1‑150 (MQ=60)
ATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAAT < SRR19973065.627284/150‑1 (MQ=60)
ATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAAT < SRR19973065.2402569/150‑1 (MQ=60)
CACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTT < SRR19973065.3178929/150‑1 (MQ=60)
ACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTT < SRR19973065.475872/150‑1 (MQ=60)
TGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTAT > SRR19973065.1236673/1‑150 (MQ=60)
GAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATG < SRR19973065.2939545/150‑1 (MQ=60)
GAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATG < SRR19973065.2559835/150‑1 (MQ=60)
AACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGG > SRR19973065.2313303/1‑150 (MQ=60)
CGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGAGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTAT > SRR19973065.2576400/1‑150 (MQ=60)
CCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATA < SRR19973065.2136493/150‑1 (MQ=60)
CGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAG < SRR19973065.1415292/150‑1 (MQ=60)
CGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAG > SRR19973065.441276/1‑150 (MQ=60)
CGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAG > SRR19973065.441714/1‑150 (MQ=60)
GCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGT < SRR19973065.517983/150‑1 (MQ=60)
agcaacccacccctgagcacgaccgcccccacgagcCACCGTCACTGACTAACCACGGGTGAAACGGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCC < SRR19973065.3287766/114‑1 (MQ=60)
AGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCC < SRR19973065.3287792/150‑1 (MQ=60)
GAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGTTATCGTTATAAAGTCCA > SRR19973065.2145125/1‑150 (MQ=60)
ACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACA > SRR19973065.2477112/1‑150 (MQ=60)
ACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACA > SRR19973065.3107359/1‑150 (MQ=60)
ACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACA > SRR19973065.3107281/1‑150 (MQ=60)
CATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAA > SRR19973065.3408474/1‑150 (MQ=60)
ATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAATTCAAACAAT > SRR19973065.2886436/1‑150 (MQ=60)
TGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGA > SRR19973065.2841372/1‑150 (MQ=60)
TGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGA > SRR19973065.1431474/1‑150 (MQ=60)
TGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGA > SRR19973065.1431176/1‑150 (MQ=60)
TGCATTACTGGCCGAAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAAAAATAAAATCCGA > SRR19973065.1431488/1‑150 (MQ=60)
GCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGAC < SRR19973065.166085/150‑1 (MQ=60)
CATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACG > SRR19973065.392730/1‑150 (MQ=60)
CATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACG > SRR19973065.410323/1‑150 (MQ=60)
ATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGG > SRR19973065.2326289/1‑150 (MQ=60)
ACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCT < SRR19973065.3430983/150‑1 (MQ=60)
CTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTC > SRR19973065.3346119/1‑150 (MQ=60)
GGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCAT < SRR19973065.2280986/150‑1 (MQ=60)
CCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAG < SRR19973065.367058/150‑1 (MQ=60)
CGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGG > SRR19973065.3082668/1‑150 (MQ=60)
TCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAG < SRR19973065.715329/150‑1 (MQ=60)
CCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTAT < SRR19973065.735922/150‑1 (MQ=60)
CCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTAT < SRR19973065.844496/150‑1 (MQ=60)
AACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCAGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGT > SRR19973065.2351659/1‑150 (MQ=60)
CTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTAC < SRR19973065.2744179/150‑1 (MQ=60)
TGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACT < SRR19973065.130217/150‑1 (MQ=60)
ATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTAC > SRR19973065.3065131/1‑150 (MQ=60)
TAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACG < SRR19973065.1096568/150‑1 (MQ=60)
CCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCAT > SRR19973065.312955/1‑150 (MQ=60)
CACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATG < SRR19973065.22536/150‑1 (MQ=60)
CTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGAC > SRR19973065.1237759/1‑150 (MQ=60)
TGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACG < SRR19973065.799945/150‑1 (MQ=60)
AAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCA < SRR19973065.1404024/150‑1 (MQ=60)
ACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATAATT < SRR19973065.770371/150‑1 (MQ=60)
ACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATAATT < SRR19973065.299336/150‑1 (MQ=60)
GTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAA > SRR19973065.2701331/1‑150 (MQ=60)
GTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAA > SRR19973065.933451/1‑150 (MQ=60)
CTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATT < SRR19973065.80656/150‑1 (MQ=60)
CTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATT < SRR19973065.80606/150‑1 (MQ=60)
GATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTAT > SRR19973065.3508597/1‑150 (MQ=60)
TTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGC < SRR19973065.2667341/150‑1 (MQ=60)
TTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGC > SRR19973065.576663/1‑150 (MQ=60)
TATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCT > SRR19973065.1182367/1‑150 (MQ=60)
ATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTC > SRR19973065.3241671/1‑150 (MQ=60)
ATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTC > SRR19973065.676522/1‑150 (MQ=60)
ACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATG < SRR19973065.2493578/150‑1 (MQ=60)
ACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATG < SRR19973065.720678/150‑1 (MQ=60)
AACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTC < SRR19973065.2024730/150‑1 (MQ=60)
AACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTC > SRR19973065.2571166/1‑150 (MQ=60)
GATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCAT > SRR19973065.2349526/1‑150 (MQ=60)
GATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCAT < SRR19973065.2077602/150‑1 (MQ=60)
GATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCAT > SRR19973065.475437/1‑150 (MQ=60)
GATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTATAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCAT < SRR19973065.3589/150‑1 (MQ=60)
ATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATT > SRR19973065.1336061/1‑150 (MQ=60)
GTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTG < SRR19973065.1803085/150‑1 (MQ=60)
TGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTG > SRR19973065.985158/1‑150 (MQ=60)
GTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGT < SRR19973065.71560/150‑1 (MQ=60)
TTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTT < SRR19973065.93634/150‑1 (MQ=60)
TATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAG > SRR19973065.1763205/1‑150 (MQ=60)
ATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGT < SRR19973065.2551828/150‑1 (MQ=60)
GGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAG < SRR19973065.1293013/150‑1 (MQ=60)
GTCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGT > SRR19973065.631072/1‑150 (MQ=60)
TCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTG < SRR19973065.982882/150‑1 (MQ=60)
TCCATTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTG < SRR19973065.1289859/150‑1 (MQ=60)
TTCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAA > SRR19973065.1310578/1‑150 (MQ=60)
TCAAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAA < SRR19973065.770851/150‑1 (MQ=60)
AAAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATC < SRR19973065.510572/150‑1 (MQ=60)
AAATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCC > SRR19973065.463648/1‑150 (MQ=60)
AATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCC > SRR19973065.10665/1‑150 (MQ=60)
AATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCC > SRR19973065.2130171/1‑150 (MQ=60)
ATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCC > SRR19973065.1182135/1‑150 (MQ=60)
ATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCC > SRR19973065.1182636/1‑150 (MQ=60)
ATGTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCC > SRR19973065.1369029/1‑150 (MQ=60)
GTAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCCCT > SRR19973065.2687235/1‑150 (MQ=60)
TAAGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCCCTG < SRR19973065.709854/150‑1 (MQ=60)
AGTTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCCCTGAA > SRR19973065.347416/1‑150 (MQ=60)
|
AATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCCCTGAA > CP009273/2181498‑2181793
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
