Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,049,740 |
C→A |
31.4% |
L47L (CTC→CTA) |
fau → |
5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,049,740 | 0 | C | A | 31.4%
| 449.8
/ 218.2
| 297 | L47L (CTC→CTA) | fau | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (99/104); new base A (49/45); total (148/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.44e-01 |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
TCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATGAGC > CP009273/3049592‑3049888
|
tCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTc > 2:333031/1‑149 (MQ=255)
tCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTATTCCGCTCTTTTGATGGCGAACTc > 2:2119906/1‑149 (MQ=255)
aaTGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATATGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACAccc > 2:4401591/1‑149 (MQ=255)
aaTGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTGTTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACAccc > 1:2854441/1‑149 (MQ=255)
aTGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCa > 2:3525979/1‑149 (MQ=255)
gATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGc > 2:2607668/1‑149 (MQ=255)
ggCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTATTGCTCTCTTTTGATTGCGAACTCGACACCCAGCCAcgc > 1:1879068/1‑147 (MQ=255)
cAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGGATTCCACTCATTTTATGGCGAAAACCACacccacccccacaa > 1:23459/1‑143 (MQ=255)
gtcgtGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGaacaa < 2:2216860/149‑1 (MQ=255)
gtcgtGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGaacaa > 2:91279/1‑149 (MQ=255)
cGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGGATTCCTCTCTTTTTTTGGCGAACACGACACCCACCCACACATAGAACAACACTgg > 1:833090/1‑149 (MQ=255)
tAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACGAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGgcgc > 2:1863073/1‑149 (MQ=255)
aCGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCGGgcgcgc > 1:4731232/1‑149 (MQ=255)
gCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACACAGGCGCGCCg > 1:1972047/1‑149 (MQ=255)
ccGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACACGACACCCAGCCACACAAAGAACAACACTGGCGCGCCgg > 2:1683560/1‑149 (MQ=255)
cGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGt < 2:3208782/149‑1 (MQ=255)
ggATCAACAGCAGGAATTGGGTAAACATGCCGCTTCCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTTATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTa < 1:3489300/149‑1 (MQ=255)
ggAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGAAACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTa > 1:3575258/1‑149 (MQ=255)
aacaacAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGTTGGCGAACTCGACACCCAGCCACACATATAACAACTCTGGCGCGCCGGTact > 1:3179032/1‑147 (MQ=255)
agcagGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGAACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGta < 1:2314817/149‑1 (MQ=255)
cagGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGtata < 1:3374379/149‑1 (MQ=255)
gAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCt < 2:300867/149‑1 (MQ=255)
aaaTGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCtt > 2:3798203/1‑149 (MQ=255)
aaaTGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCtt > 2:4310126/1‑149 (MQ=255)
aaTGGGTCAACCAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTc < 1:686541/149‑1 (MQ=255)
aaTGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTATTCCTCTCTTTTTATGGCGGACACGACACCCACCCCCACAAAGAACAACACTTGCGCGCCGGTAAACGCGtatacacag > 1:1002110/1‑144 (MQ=255)
gggTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAg < 1:1845774/149‑1 (MQ=255)
ggTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGt < 1:1042402/149‑1 (MQ=255)
gTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGtt < 2:774255/149‑1 (MQ=255)
gTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTACTCTCTTTTGTTGGCGGACAAGACACCCAGCCACAAAAAAAACAACAAGTGCGGCCCGGTTAGCGCGTATAAATTCCACtt > 1:4152718/1‑149 (MQ=255)
caacaaGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGtttt < 1:1196742/149‑1 (MQ=255)
caacaaGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGtttt < 2:4168461/149‑1 (MQ=255)
acaaGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTTTTCCTCTCGTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCCTAGAACAACACTGGCGCGCCCGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGc > 1:2785643/1‑149 (MQ=255)
caaGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTGTTGCTCTCTTTTGTTTGGGTACACGACACCCACCCCCACAAAGAAAAACACTGGCGCGCCGGTAAGCGCGGATATATTACACTTTTTCa > 1:862672/1‑149 (MQ=255)
aGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATc < 1:2548180/149‑1 (MQ=255)
aGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATc > 2:2721626/1‑149 (MQ=255)
aGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATc < 1:2109295/149‑1 (MQ=255)
aGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATc > 2:3932180/1‑149 (MQ=255)
aGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCCGCCCCTCCTCGAACAACTCTGGCGCGCCGGTACGCGCGTATATCTTCCCGGTTTGCATc > 2:1515554/1‑149 (MQ=255)
ccGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATccc < 2:4035719/149‑1 (MQ=255)
cGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCt < 1:3283141/149‑1 (MQ=255)
cGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCt < 2:288593/149‑1 (MQ=255)
gCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCtt < 1:517105/149‑1 (MQ=255)
gCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCtt < 2:191808/149‑1 (MQ=255)
tACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTa < 2:4781864/149‑1 (MQ=255)
aCCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACCCCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTACAGTTTTTCATCCCTTTAg > 2:4676591/1‑149 (MQ=255)
aCCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAg < 2:1789076/149‑1 (MQ=255)
cccGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCGTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGGTTTGCATCCCTTTAGt > 2:656984/1‑149 (MQ=255)
ggATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATTGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGcc > 2:3485592/1‑149 (MQ=255)
tgatgaCTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTTATTGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAAAAACTATGGCGCGCCGGTAAGCGCGGATATATTCCAGTTTTTCATACCATTAGTGCCGGt > 1:1105406/1‑149 (MQ=255)
tgatgaCTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGt < 2:516924/149‑1 (MQ=255)
atgaCTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTGCTCTCTTTTTTTTGCGAACACGACAACCAGCCACACATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGGAAGCGCGGATATATTCCAGTTTTGCATCCCGTTAGTGGCGGtta > 2:1234697/1‑147 (MQ=255)
tgaCTTATGCCGGGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTTTATTGCTGTCTTTTTTTGGCGAACTAGACTCCCTGCCTCTGATAGTACCACTCGGGCGCGCGGGTAAGAGCGTATATGGTGCAGTTTTGCATCGCTTTAGTGCCGGTAAt < 2:4432480/149‑1 (MQ=255)
aCTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAAttt < 1:1527024/149‑1 (MQ=255)
aCTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAAttt < 1:4478813/149‑1 (MQ=255)
cTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGTTTGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATATAACAACACTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTACAGTTTTGCATACCGTTAGTGCCGGGAATTTg > 1:2746727/1‑149 (MQ=255)
ttATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGc < 2:23434/149‑1 (MQ=255)
ttATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGc < 1:4297822/149‑1 (MQ=255)
tctCCCCCGGTGGGGCAGGCACCTCCGGACGCTCTAGTCCTCTCTTGTGATGGCGAACGCGACCCCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGGATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCt < 2:2682470/147‑1 (MQ=255)
aTCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTTTTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAAAAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGGTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTCATTTGCTg > 2:742348/1‑149 (MQ=255)
aTCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGTTGGCGAACTCGACACCCAGCCCCTCAAAGAAAAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTg > 2:3028757/1‑149 (MQ=255)
cccccGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGtt < 1:4241956/149‑1 (MQ=255)
cccccGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGtt < 2:397819/149‑1 (MQ=255)
ccccGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTATAAACCCAGCCACTCATAGAACAAATCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATATTACAGTTTTTCATCCCTTTAGTGCCGGTAAttttcttttc > 2:3483128/1‑149 (MQ=255)
cccGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGAAGGCGAACACCACACCCCGCCCCACAAAGAACAACACTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCGTCCAGGTTTGCATACCATTAGGGCCGGGAAATTGCTGTTcc > 2:3702206/1‑149 (MQ=255)
ccGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCt < 1:3848348/149‑1 (MQ=255)
cGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTTATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACACTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCGTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTg > 2:2258784/1‑149 (MQ=255)
gtggtgATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTATCTTTTTATGGCGAACACGACACCCAGCCACTCATATAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATATTACAGTTTTTCATACCATTAGTTCCGGTAATTTGCTTTTCCTGaa > 2:469070/1‑149 (MQ=255)
ggtgATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAtt < 1:2230260/149‑1 (MQ=255)
gATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTAcc < 1:1644662/149‑1 (MQ=255)
aTGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTTATGGCGAACTCGACACCCAGCCACACATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTACTGAATTAACa > 2:240074/1‑149 (MQ=255)
aTGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCa < 2:388997/149‑1 (MQ=255)
tGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCATTTTATGGCGAACAAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACACTGGCGCGCCCGTAAGCGCGTATATCTTACAGTTTTTCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTAACaa > 2:1312109/1‑148 (MQ=255)
ggTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGGAATTTGCTGTTCCTGAATTACCAACCGCAAAGCg > 2:3546693/1‑149 (MQ=255)
gTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGa < 1:3009063/149‑1 (MQ=255)
gTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGa < 1:3760712/149‑1 (MQ=255)
cGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAAc < 1:1491685/149‑1 (MQ=255)
cTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTg > 1:3340122/1‑149 (MQ=255)
tGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTgg > 2:1032549/1‑149 (MQ=255)
gTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGt > 1:634782/1‑149 (MQ=255)
tATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGtg < 1:3091534/149‑1 (MQ=255)
aTTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGtga > 2:1436984/1‑149 (MQ=255)
ttCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGtgat < 2:4605175/149‑1 (MQ=255)
ttCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGtgat > 2:4756834/1‑149 (MQ=255)
ttCCTCTCTTTTGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGtgat > 1:4013555/1‑149 (MQ=255)
tctctTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAAc < 1:3851368/149‑1 (MQ=255)
ctctTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACa < 1:2119906/149‑1 (MQ=255)
ttttGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGt < 2:2487083/149‑1 (MQ=255)
tGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGa < 1:1797224/149‑1 (MQ=255)
gATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGaa > 1:746795/1‑149 (MQ=255)
gATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGaa < 2:3574828/149‑1 (MQ=255)
gATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGaa < 2:34540/149‑1 (MQ=255)
ggCTAACTCGACACCCATCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGAGTATATCTTCCAGTATTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGTTTGAAGAt < 2:1379938/149‑1 (MQ=255)
ggCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGAt > 1:3682081/1‑149 (MQ=255)
gCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATc < 2:1987197/149‑1 (MQ=255)
gAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCa > 1:4051870/1‑149 (MQ=255)
aaCTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCAt < 1:1905997/149‑1 (MQ=255)
aaCTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCAt > 2:3397013/1‑149 (MQ=255)
aCTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATg < 1:2670482/149‑1 (MQ=255)
cTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATGa < 1:2512084/149‑1 (MQ=255)
|
TCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATGAGC > CP009273/3049592‑3049888
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
