Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A24 F80 I1 R1
|
18 |
118.6 |
4166156 |
93.9% |
3912020 |
141.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_pae_tpiA |
4,604,632 |
C→A |
A186E (GCA→GAA) |
bglJ → |
bgl operon transcriptional activator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,604,632 | 0 | C | A | 99.1%
| 383.6
/ NA
| 116 | A186E (GCA→GAA) | bglJ | bgl operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (63/51); total (65/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ACCGACCGACTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTC > NC_000913_3_pae_tpiA/4604487‑4604777
|
agcgaccggcTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGGCGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATCTTGCGCTTTCTGTCGCGAGGCCACTCGATGACACAAATTGCCTAGCAGCTTCAACGCAAAATCAAAACAGACCGTGaaca > 2:1070478/3‑149 (MQ=255)
ggacGGAACAATCAGTGGTACATTAGCCGAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTTAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAAtt < 2:1671183/148‑1 (MQ=255)
acTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTa > 2:1451183/1‑149 (MQ=255)
cTGAACAATTAGTGGTACATTAATCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTaa < 2:1635844/149‑1 (MQ=255)
tGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAAGATCAAAACGATCCGTGGACATAAATTTAAt > 1:4805/1‑149 (MQ=255)
aaCAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGCCGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAAtgt > 2:790649/1‑149 (MQ=255)
aaCAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCAAGCCGTCCACAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTAAACATAAATTTAAttt > 1:1543337/1‑147 (MQ=255)
aaTCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATCGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAACATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGAt > 2:1524534/1‑149 (MQ=255)
tCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTCAACGCCATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTATGGTGATGt > 2:15501/1‑149 (MQ=255)
tGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGaa > 2:2054299/1‑149 (MQ=255)
gTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGACGAGTTAAATATTGCGCTTTATTTCGCGTGGCTAGTAAATGACACAAATTGCCGAACAGCTTAAACCACAAATCCAAACAATCCGTGAAACAAAATTTAATTTGATTTccgaac > 2:20379/1‑144 (MQ=255)
aCATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTg < 2:1543337/149‑1 (MQ=255)
aCATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGAACCGCGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACta > 2:1399845/1‑148 (MQ=255)
cATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTgg < 1:1826745/149‑1 (MQ=255)
cATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTgg < 1:1399293/149‑1 (MQ=255)
aTTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTc < 1:785924/140‑1 (MQ=255)
aTTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTc > 2:785924/1‑140 (MQ=255)
aTTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTggg > 1:1154978/1‑149 (MQ=255)
aaCCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGt < 1:1253028/149‑1 (MQ=255)
ccAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCa > 1:329775/1‑149 (MQ=255)
cAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAg > 1:1718494/1‑149 (MQ=255)
aaaGGCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGt > 2:898164/1‑149 (MQ=255)
aaaGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGGGTCAGt > 1:405054/1‑149 (MQ=255)
cGGACGTTAAGCCCGACGGGGAGAGAATTTTTGCGCTTTATGTCGGGTGGATACTCAATGGCACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAGCGATCCGTGAACTTAAATTTAATGGGATGTCGAAGCTGGGCGTGAGTTCTGa < 2:515147/149‑1 (MQ=255)
aCGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAACTTGCCGAACAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGCAACTGGGCGTCAGTTCAGACGc > 1:86553/1‑149 (MQ=255)
ttAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAgg < 2:326028/149‑1 (MQ=255)
aGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgtt < 2:329775/149‑1 (MQ=255)
cccGACGGATAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGGGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgt < 2:945411/149‑1 (MQ=255)
ccGGCGGAGAGTGACATCTAGCGCGTTGTGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGCTCCGTGAACATAACTTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgtt < 2:1574145/149‑1 (MQ=255)
ccGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgtt < 1:1565297/149‑1 (MQ=255)
cGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTAGACCTCAGTTCTGACGCAGGGttgttg > 1:794323/1‑149 (MQ=255)
cGGAGAGAGAAATAGTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAg < 2:2005387/149‑1 (MQ=255)
agagaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGa < 1:678917/143‑1 (MQ=255)
agagaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGa > 2:678917/1‑143 (MQ=255)
agaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGCCGCAGGGGTGTTGGAGGCCGCAg > 1:1321136/1‑149 (MQ=255)
agaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGccg > 2:641675/1‑147 (MQ=255)
agaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGCCAGTTCTGACGCAGGCTTGGTGGCGGCCGCAg > 2:786959/1‑149 (MQ=255)
atTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTc > 1:152344/1‑149 (MQ=255)
atTGCGCTGTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATTAAAACGATCCGTGAACATACATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTc < 2:1606808/149‑1 (MQ=255)
ttGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCt > 2:395272/1‑149 (MQ=255)
tgggcTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAATCTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTg < 2:1392697/146‑1 (MQ=255)
tGCGCTTTAGGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTg < 2:1151517/149‑1 (MQ=255)
gcTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTta > 1:760473/1‑149 (MQ=255)
gcTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTta < 1:1233742/149‑1 (MQ=255)
cTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGACGTCAGTTCTGCAGCAGGGCTGTTGGACGCCGCCGATACTCTGTtat > 2:1485839/1‑149 (MQ=255)
gttATGAGGCGTGGCTACTCAATCACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGGTCCGTGAACATAAATTTAATGGGATGTCGAAACTGGGCGTCATTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTtatg < 2:1840009/148‑1 (MQ=255)
aTGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTg > 1:1973263/1‑96 (MQ=255)
aTGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTg < 2:1973263/96‑1 (MQ=255)
gTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGc > 2:1773170/1‑149 (MQ=255)
cTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGaaa < 1:676424/149‑1 (MQ=255)
tCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCCGTATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGCTGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTCGAGGACGCAGATATCCTGTTATGTATGCGGCATTGCCAAAc > 1:739933/1‑149 (MQ=255)
tCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAACACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGATGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAAc > 2:1449452/1‑149 (MQ=255)
tCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAGCTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGata > 1:1126323/1‑121 (MQ=255)
aaTGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACaa < 1:1760756/149‑1 (MQ=255)
aaTGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACAAAGGCTCAGTGGTGACGCAGGGTTGTCGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACaa < 1:1956207/149‑1 (MQ=255)
tGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGt < 2:1224490/149‑1 (MQ=255)
acacAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGc > 2:883162/1‑78 (MQ=255)
acacAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGc < 1:883162/78‑1 (MQ=255)
cacaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGCAACAAGTGAt > 1:647334/1‑149 (MQ=255)
cacaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAAt > 1:647335/1‑149 (MQ=255)
acaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATGTTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAAtg > 2:1190835/1‑149 (MQ=255)
acaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTta > 2:656293/1‑121 (MQ=255)
acaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTta < 1:656293/121‑1 (MQ=255)
acaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAAtg > 2:1732481/1‑149 (MQ=255)
acaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGAAGATATTCTGTGATGTATGCGGCATAGCGAAACagatgatg > 1:1048697/1‑142 (MQ=255)
caAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAAtgt < 1:1338419/149‑1 (MQ=255)
caAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAAtgt > 1:781183/1‑149 (MQ=255)
aTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGtt < 1:468141/149‑1 (MQ=255)
aTTGCCGAGAAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCGGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGtt < 2:735885/149‑1 (MQ=255)
cGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGa > 2:1527488/1‑93 (MQ=255)
gAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATcc < 1:1773170/149‑1 (MQ=255)
gAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATcc > 2:1671475/1‑149 (MQ=255)
agcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTAt < 2:1293331/149‑1 (MQ=255)
gcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGACGTACGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGAATGCGGCATAGCGAAACAAGTAATGTGTAGCATCCCTAtt > 1:1234502/1‑149 (MQ=255)
ttAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTaa < 1:1451183/149‑1 (MQ=255)
tAAACGCAATATCAAAACGATCCGTCAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCATATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAAt < 1:2053290/149‑1 (MQ=255)
aaaCGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATc < 1:2054299/149‑1 (MQ=255)
aaaCGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACACAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTATGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAATTAATGTGTTGCATCCCTATTAATc > 1:144669/1‑149 (MQ=255)
aCGTAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGGGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGTGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCg < 2:876191/149‑1 (MQ=255)
cGCAATATAAAAACGATCAGTGAACATAAATTTAATGTGATGTAGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATGCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAAttcac > 2:1185009/1‑145 (MQ=255)
gCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCa < 2:188322/149‑1 (MQ=255)
gCAATATCAAAACGATAAGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCa > 2:1708252/1‑149 (MQ=255)
atCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTg < 1:423971/90‑1 (MQ=255)
cAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCa < 2:687693/102‑1 (MQ=255)
cAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCa > 1:687693/1‑102 (MQ=255)
cAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAAtgt < 2:741774/120‑1 (MQ=255)
cAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAAtgt > 1:741774/1‑120 (MQ=255)
aaaCTATCCGTTAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGTCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGTGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCgg < 2:1214295/149‑1 (MQ=255)
aaaCGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCgg > 2:3869/1‑149 (MQ=255)
aaCGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGGTGTTGGAGGCTGCAGCTATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTACTCCGCATGATGcgtgg > 1:66658/1‑145 (MQ=255)
gATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGa < 1:918231/75‑1 (MQ=255)
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gATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGttt > 2:1118489/1‑149 (MQ=255)
aTCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGa > 2:356114/1‑74 (MQ=255)
aTCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGa < 1:356114/74‑1 (MQ=255)
tCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCggggaagt > 1:480861/1‑144 (MQ=255)
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cGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCa > 1:420817/1‑132 (MQ=255)
cGTGAACATAAATGTAATTTGAGGTCGAGACTGGGCGTCAGGTCCGGCGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGGAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACtt < 2:752342/149‑1 (MQ=255)
gTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTc > 2:512036/1‑149 (MQ=255)
|
ACCGACCGACTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTC > NC_000913_3_pae_tpiA/4604487‑4604777
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
