Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A24 F106 I1 R1
|
19 |
81.9 |
2890106 |
93.9% |
2713809 |
142.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_pae_tpiA |
4,604,632 |
C→A |
A186E (GCA→GAA) |
bglJ → |
bgl operon transcriptional activator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,604,632 | 0 | C | A | 99.0%
| 335.7
/ NA
| 101 | A186E (GCA→GAA) | bglJ | bgl operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (55/45); total (55/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GACCGACCGACTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTC > NC_000913_3_pae_tpiA/4604486‑4604777
|
gaccgaccgacTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGaac < 1:936754/149‑1 (MQ=255)
gaccgacTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGCCGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATGTTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCACTTACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATac > 1:197886/1‑148 (MQ=255)
accgacTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATaaa > 1:132443/1‑149 (MQ=255)
acgacTGAACAATCATTGGTACAGTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAAt < 2:834964/148‑1 (MQ=255)
gacTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAAttt < 2:1316967/149‑1 (MQ=255)
acTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTa > 1:972774/1‑149 (MQ=255)
acTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTa > 2:1396441/1‑149 (MQ=255)
cTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTaa > 2:1101940/1‑149 (MQ=255)
tGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGACGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAAt < 1:1005961/149‑1 (MQ=255)
aaCAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCGCAGCAACTTAAACGCAATATCCAAACGATCCGTGAACATAAATTTAAtgt > 2:231260/1‑149 (MQ=255)
aaTCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGGTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGAt < 1:897387/149‑1 (MQ=255)
aTCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATGTAATGTGATg > 1:20027/1‑149 (MQ=255)
aGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCATGAACATAAATTTAATGTGATGTCg < 1:524296/149‑1 (MQ=255)
gTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGAGGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGa < 1:1263699/149‑1 (MQ=255)
ggTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGaaa < 1:1396441/149‑1 (MQ=255)
aCATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTACGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTg > 1:1306463/1‑149 (MQ=255)
aCAGTAACCCAAGCCGGACGGTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTg < 1:185089/149‑1 (MQ=255)
ttAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGGCGGAGGGAGAAATAGTGCGTTTTATGTCGGGTGGCTACTCACTGACACAAATTGGCGAGCTGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCTGGCACATTAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGc < 2:375597/149‑1 (MQ=255)
ccAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCa > 1:315666/1‑149 (MQ=255)
ccAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCa > 2:740308/1‑149 (MQ=255)
aaaGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGc < 1:965845/143‑1 (MQ=255)
aaaGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGc > 2:965845/1‑143 (MQ=255)
cGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGa < 1:1101940/149‑1 (MQ=255)
ttAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAgg > 1:592361/1‑149 (MQ=255)
ttAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAgg < 1:1211464/149‑1 (MQ=255)
tAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGCAAATGGGCGTCAGTTCTGACGCAggg > 1:248610/1‑149 (MQ=255)
gCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttg > 1:426384/1‑149 (MQ=255)
gCCCGACGGAGAGAGAAATATGGCGCTTTATGTCGCGGGGCTACTCCATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGGTGCACTGGGGCGACACGTCTGACGCAggacgg > 1:322941/1‑145 (MQ=255)
cccGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCGGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgt < 2:292689/149‑1 (MQ=255)
cccGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgt > 1:302036/1‑149 (MQ=255)
ccGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgtt < 1:987181/149‑1 (MQ=255)
cggcGGAAAGAGAAATATTGTGCTTTATGTCGGGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAGCGATCGGTGAACATGAGTTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGttgttg < 2:1118686/146‑1 (MQ=255)
gACGGAGGGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTgg < 2:637668/149‑1 (MQ=255)
aCGGAGAGGGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGa < 2:192369/149‑1 (MQ=255)
aCGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTGGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGa < 1:1076830/149‑1 (MQ=255)
agagagaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGAAGGGTTGTTGGAGGcg > 1:186021/1‑148 (MQ=255)
agagaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGc > 1:440079/1‑149 (MQ=255)
agaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTTAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGATGTTGGAGGCCGCAg > 2:1037564/1‑149 (MQ=255)
agaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCt < 2:1070265/124‑1 (MQ=255)
agaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCt > 1:1070265/1‑124 (MQ=255)
agaAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAg > 2:571748/1‑149 (MQ=255)
agaAATATTGCGCTTTATGTAGCGTGGCTACTCAATGACAAAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAGCGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGATGTTGGAGGCCGCAg > 1:286584/1‑149 (MQ=255)
gaAATATTGCGCTTGATGGCGCGTGGCTAGTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAATGCAATATCAAAACGATCCGCGAACATAAAGTTAATGTCATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGa < 1:1187140/149‑1 (MQ=255)
atTGCGCTTTATGTCGCGGGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGTGGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAA‑TTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCt < 2:1236843/149‑1 (MQ=255)
atTGAGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTc < 1:318525/149‑1 (MQ=255)
tGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTg > 1:516782/1‑149 (MQ=255)
cgcTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAgg < 1:1241784/122‑1 (MQ=255)
cgcTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAgg > 2:1241784/1‑122 (MQ=255)
cgcTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGGCAGTTATGACGCAGGGTTGTTGGGAGCCCACGATATTCTGtt > 2:434885/1‑149 (MQ=255)
gcTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGAAGGACGCAGATATTATGttg > 1:500402/1‑148 (MQ=255)
tttATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTtatg < 2:592361/149‑1 (MQ=255)
tttATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTtatg > 1:317173/1‑149 (MQ=255)
tttATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGAGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCAGCAGATATTCTGTtatg > 1:88099/1‑149 (MQ=255)
gTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATACATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTCTGc > 1:455614/1‑149 (MQ=255)
tCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGtt < 2:1107864/140‑1 (MQ=255)
tCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGtt > 1:1107864/1‑140 (MQ=255)
tCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCg < 2:72837/149‑1 (MQ=255)
tCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCCACGATATTCTGTtatgtcggcg > 1:1049237/1‑144 (MQ=255)
gcgTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTAGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCCGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTTTGTATGCGGc > 2:849421/1‑149 (MQ=255)
tGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAAGATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGGAtt > 2:368409/1‑149 (MQ=255)
gCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTgg > 1:1165837/1‑114 (MQ=255)
gCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTgg < 2:1165837/114‑1 (MQ=255)
gCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGc < 2:926354/149‑1 (MQ=255)
tCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTAAACAGAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGaacc > 1:1004396/1‑147 (MQ=255)
tCAAAGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATATAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTACTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATCTTATGTTATGTATGGGGCATTGCGAAAc > 2:1257657/1‑149 (MQ=255)
aaggACACAAATTGCCGGGCAGCTTAAAGGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCCTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACaa < 2:617180/146‑1 (MQ=255)
aaTGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGAACCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCTGCATTGCGAAACaa > 1:1209712/1‑149 (MQ=255)
aaTGACACAAAGTGCTGAGCAGCGTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACaa < 1:662367/149‑1 (MQ=255)
aTGAAACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACTCAATATCAATACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAATCTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAg < 1:681120/149‑1 (MQ=255)
gACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTa > 2:1118985/1‑149 (MQ=255)
aaaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCg < 2:1138083/105‑1 (MQ=255)
aaaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCg > 1:1138083/1‑105 (MQ=255)
aaaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTc > 2:310147/1‑114 (MQ=255)
aaaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTc < 1:310147/114‑1 (MQ=255)
aTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGtt < 1:740308/149‑1 (MQ=255)
aTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGtt < 1:1438702/149‑1 (MQ=255)
cagcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTa < 1:1212526/149‑1 (MQ=255)
cagcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTAAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTGTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCACTa > 1:142209/1‑149 (MQ=255)
agcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCGTCCCTAt > 2:1416344/1‑149 (MQ=255)
gttAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAGCTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTa < 2:531896/148‑1 (MQ=255)
cTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTa > 2:1023488/1‑149 (MQ=255)
agcGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATcc < 2:1063342/147‑1 (MQ=255)
gctcAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGCGTTGTTGGAGGCCGCAGGTATTCTGTTATGTATGCGGCACTGCGAAACAAGTAATGTGTTACATCCCTATTAATCCg > 2:1334286/4‑149 (MQ=255)
aCGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCg > 1:1191766/1‑149 (MQ=255)
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gCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACACGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCAGCa > 1:1122146/1‑149 (MQ=255)
gCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCa > 2:537576/1‑149 (MQ=255)
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cAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAATTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCat < 1:503153/149‑1 (MQ=255)
aaTATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCatg > 2:1155299/1‑149 (MQ=255)
atatCAAGACGATCCGTGAATCTAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAATAAGTAATGTTTTGCATCCCTATTAATCCGCatga < 2:814271/149‑1 (MQ=255)
aacaCGAGCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTCGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCg < 1:138025/146‑1 (MQ=255)
aaaCGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCgg < 1:1118985/149‑1 (MQ=255)
caCGATCAGTGATCATAAATTTAATGTGATGTCGAGACTGGGGGTCAGTTCTTACGCAGGCATGTTGGAAGCCGCCGATACTCTGATAGGTATGCGGGATTGTGCAACCATCAATGCGTTGGCGCTCTACTAATCAGCATGCTGCCcgg > 2:1130645/2‑149 (MQ=255)
aaCGATCTGTGAACATAAATTTATTGTTATGTCGATACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCAGCCCTATTAATCCGCATGCTGCCggg < 2:322941/149‑1 (MQ=255)
cGATCCGGGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGtt < 1:517207/149‑1 (MQ=255)
aTCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAATTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTa > 1:382776/1‑149 (MQ=255)
gTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTc > 2:702564/1‑149 (MQ=255)
gTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTc > 1:1011942/1‑149 (MQ=255)
|
GACCGACCGACTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTC > NC_000913_3_pae_tpiA/4604486‑4604777
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
