Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I2 R1
|
11 |
66.9 |
2321652 |
94.7% |
2198604 |
142.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,184,542 |
C→A |
P1100Q (CCG→CAG) |
rpoB → |
RNA polymerase, beta subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,184,542 | 0 | C | A | 97.2%
| 207.8
/ NA
| 74 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base A (34/36); total (34/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
TCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGC > NC_000913/4184402‑4184682
|
tCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGc > 2:470470/1‑143 (MQ=255)
ggTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGCAAACCGCACGCCGGTAG‑CCATCGTACTGAACCAGCACGGCg > 1:595790/1‑143 (MQ=255)
ggTTAAACGCCGTATCCAGCCAGGAGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAAAGCAACCCTTTCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCAGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCg > 1:938080/1‑143 (MQ=255)
tAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc > 1:9301/1‑143 (MQ=255)
aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGt > 1:131308/1‑143 (MQ=255)
ccgtaccagtccTGGTGAAAAGATGGCAGGACGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACAACACACTCTTTCAGTTGGGCGTACCGtctc < 1:706837/133‑1 (MQ=255)
ccGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtctc > 2:576751/1‑143 (MQ=255)
cGTAGCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCg < 2:376254/143‑1 (MQ=255)
tagccAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTa < 1:331687/140‑1 (MQ=255)
aactagcgtcgagACAAGATGGCAGCTGGTCACGGTAACAATGGTGTACTTTCTAAGATCAACCCGATAGAAGATATGCCTCACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt < 1:797356/131‑1 (MQ=255)
tCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg < 2:1044239/143‑1 (MQ=255)
aGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACACCGTACTGAACCAGCGGGGCGTACCGTCTCGTATGAAc > 1:536742/1‑143 (MQ=255)
cTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCGGATCGAAGATATGGCTTAAGATGAAAACGGTACGGCGGTAG‑ACAGCGTACTGAAGCAGGTGGGCGTAACGTCGCGTAttagaatg > 2:92328/1‑136 (MQ=255)
cTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACAGCGTACTGAACCAGGTGGGCGTACCGTCTGGTATGAACAtt > 2:92329/1‑142 (MQ=255)
tGGTGACTATATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGTGTGTAATTTCTAAGATCATCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCg < 1:387283/143‑1 (MQ=255)
tGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGGTGACCCCGATCGAAGATATGCCTTACGAAGAAAACGGTACGCCGGTAC‑ACACCGGACTGGACCAGGTGGGCGTGCCGTCTCGCATGAACAACg > 1:933357/1‑143 (MQ=255)
gTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGt > 1:997656/1‑143 (MQ=255)
tGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTc < 2:755969/143‑1 (MQ=255)
ggACAAGATGGGAGGTCGTTATGGGAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGGACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTc < 2:605831/142‑1 (MQ=255)
aGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATc < 1:474876/143‑1 (MQ=255)
aGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATc < 2:1001914/143‑1 (MQ=255)
aTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACAGTAGTCCGGACGAACCTC‑TCTTGAACCAGCTGGGCGTAACGGCTCGTAGGAACATAggggcgatccc > 1:243290/1‑134 (MQ=255)
tGGCAGGTCGTCACGGTATCAAGGGTGTAAGTTCTAAGATCCACCCGATCGACGGTTAACCATGGCTTTTAAACGGTATGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 2:844923/143‑1 (MQ=255)
tGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 2:9301/143‑1 (MQ=255)
ggCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCg > 1:1153457/1‑143 (MQ=255)
gggTCGTCACGGTAACTACGGTGTAATTTCTCAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACTGTACGCCGGTAG‑ACAGCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:57033/142‑1 (MQ=255)
ggTCGTCACGGGAACAAGGTTGGAGTTTTTAAGAGCAGCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGGCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAAc < 1:973697/143‑1 (MQ=255)
gtcgtcAGGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCTGTCGAAGATATGCCTTACGAAGGCACAATAACACCTTTAG‑GAATATTCGCTCAGTGGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAAcc < 2:1154405/143‑1 (MQ=255)
cgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCa < 1:159950/143‑1 (MQ=255)
gtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGCACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAc > 1:1098282/1‑143 (MQ=255)
aaCAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTAt < 1:804091/143‑1 (MQ=255)
aaCAAGGGTGTAATTTCCACCATCAACCCGATGGAAGATATGCCTTACGATTAAAACGGCACGCCGGTAC‑ACATCGTACTGACCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTAt < 2:94098/143‑1 (MQ=255)
aaCAAGGCCGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTAt < 2:500191/143‑1 (MQ=255)
aCAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATACTCGAAACCGACCTTGGTATg > 1:922168/1‑143 (MQ=255)
aCAAGGGTGTAATTACTAAGAGCCACCCGATCGCTGTTAAAATGAGCTACGAAAACGGTACGCCGGTAG‑CCATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATg < 2:259190/143‑1 (MQ=255)
cAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACGCGATCGAAGATATGCCTTCCGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAGACCCACCTGGGTATgg > 2:1041590/1‑143 (MQ=255)
aaGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTAGGTCTGGc > 1:799643/1‑143 (MQ=255)
ggagtACTTTCTAATACCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAACACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGATCCCGCTGGTCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATTCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGc < 1:172240/140‑1 (MQ=255)
tgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGa > 1:410846/1‑143 (MQ=255)
gtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaa > 2:12259/1‑143 (MQ=255)
tAATTTCTTATATCATCCCGATCTATGATATGCCTTACGACGAATACGTTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTTGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:622452/143‑1 (MQ=255)
tAATTTCCAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCACCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 2:809448/143‑1 (MQ=255)
tAATCTCTAAGATCACCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 2:823168/143‑1 (MQ=255)
aaTTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAg < 2:660268/143‑1 (MQ=255)
aaTTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGAATGGCTGCGAAAg > 1:847546/1‑143 (MQ=255)
aaGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACATGGGTGTGCCTGGCAAAGGGATCgg > 2:493567/1‑143 (MQ=255)
gATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCTGGGTGTGGCTGCGAAAGGTCTCGGCg > 1:537834/1‑143 (MQ=255)
cccAACCCCATCGAAGAGATGCATTACCATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACGCGCTGGGCATACCGTCTCGTATGCACATCGGTAAGATCCTCGCCCCCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGa < 1:494901/141‑1 (MQ=255)
aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGa > 2:901295/1‑143 (MQ=255)
caccccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACa < 2:733699/140‑1 (MQ=255)
aCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAg < 2:1065600/143‑1 (MQ=255)
aCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAg < 1:870772/143‑1 (MQ=255)
cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGa < 1:384199/143‑1 (MQ=255)
ccGATCGAAGATATGCCTTGCGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGAt < 1:913973/143‑1 (MQ=255)
tctaaGATTTGCCTTACGATGAATATGGTATGTTGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGTGTACCGTCTCGTATGAACATTGGTCAGATCCTCTAAACCCACCTGGGTATGGCTGTGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc < 1:52220/140‑1 (MQ=255)
tCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc < 2:1056878/143‑1 (MQ=255)
gagatGCCTGACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAGGAACAGCGGTCAGAGCCTCGAAACCCACCTGGGGATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCAt < 1:457155/140‑1 (MQ=255)
ctcccGATGACACCGGCCCGCCGGCAG‑ACATCGTACTGCCCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCATATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 2:9673/139‑1 (MQ=255)
cTTACGATGAACACGGTACGCCGGTAG‑CCACCCTACCGCAGCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 1:621456/143‑1 (MQ=255)
cTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa > 2:1125577/1‑143 (MQ=255)
cTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa > 2:1107160/1‑143 (MQ=255)
ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCAGCGCCCACATCAACGcagtggtgggac > 1:393596/1‑132 (MQ=255)
tACGATGAAAACGGTACTCCGGTAG‑ACAGCGTACTGAACCAGCGGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAca < 1:632714/143‑1 (MQ=255)
cGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGCTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGAGACAGGTGTCGGCGACGAGATCGAGGCCCGGCTGAAAcacc > 1:923043/1‑141 (MQ=255)
gATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagca > 1:390272/1‑143 (MQ=255)
aTGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagcag > 2:337416/1‑143 (MQ=255)
aaaaCGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGCAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAACgcagcac > 1:852426/1‑142 (MQ=255)
aaaCGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGCACATCGGTCAGATCCCCGGAACCCCCCCGGGTATGGCTGCGACAGGTATCGGCGGCAAGATCGAGGCCATGCAGACACACGAGCaag > 1:452209/1‑143 (MQ=255)
caCGTCGGTAG‑ACAGCGTACTGTACCAGCTGGGCGCACCGTCTCGTATGAACAGCGGTCAGACCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcg < 2:680949/142‑1 (MQ=255)
ccGGTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACATGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGAGCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGACGCGaa > 2:455521/1‑143 (MQ=255)
gTAG‑ACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCGTGCAGAAACAGCAGCACGGACACGCGAAACt > 1:877330/1‑143 (MQ=255)
g‑ACCTCGTACTGAACCAGCTTGGCGTACCGCCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgcg < 1:350641/143‑1 (MQ=255)
tCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAGGACGCGAGACGGCGCGaa > 1:642543/1‑143 (MQ=255)
tCGTACTCAACTGGCTGGGCCTACCGTCTCTTCTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:1117010/143‑1 (MQ=255)
cccGCCGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAgc < 2:297585/143‑1 (MQ=255)
|
TCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAG‑ACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGC > NC_000913/4184402‑4184682
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
