Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A47 F60 I1 R1
|
14 |
120.0 |
4052012 |
98.6% |
3995283 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,815,883 |
+C |
coding (667/687 nt) |
rph ← |
truncated RNase PH |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,815,879 | 1 | . | C | 96.5%
| 309.7
/ 2.3
| 86 | coding (671/687 nt) | rph | truncated RNase PH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base C (38/45); total (38/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAAC > NC_000913/3815741‑3816018
|
cAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAACATCAGTTTGCCACCGCAGCCTTCTGAGTCGCTACAATGgattcgatt‑c > 2:872794/1‑140 (MQ=255)
aaCTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑c‑c‑c‑cct < 2:1175871/140‑3 (MQ=255)
ggCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCggg > 2:1775081/1‑140 (MQ=255)
ggCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCggg > 2:1127346/1‑140 (MQ=255)
ggCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCATTCTGCGTCGCAACCATGGATACGATTCC‑C‑C‑CTCggg > 1:882465/1‑140 (MQ=255)
gcgcTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGc > 2:1692991/1‑140 (MQ=255)
gcgcTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGc > 2:1448864/1‑140 (MQ=255)
gcgcTGATATGGTTTCATGCCTGCGCTCCTCATCTTACTCTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGc < 2:714848/140‑1 (MQ=255)
cgcTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGcc > 2:1267418/1‑140 (MQ=255)
cgcTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGcc > 2:1321418/1‑140 (MQ=255)
cTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGGTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCag < 1:498924/140‑1 (MQ=255)
cTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAATTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCag < 1:90072/140‑1 (MQ=255)
atatGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGAC‑AAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGcc < 2:1656919/140‑1 (MQ=255)
atGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCca < 1:1856261/140‑1 (MQ=255)
ttCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAg < 1:305764/140‑1 (MQ=255)
ttCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAg < 1:279857/140‑1 (MQ=255)
ttCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAg < 1:1321418/140‑1 (MQ=255)
tCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGc < 2:344806/126‑1 (MQ=255)
tCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGc > 1:344806/1‑126 (MQ=255)
aTGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCagag < 2:1494839/129‑1 (MQ=255)
aTGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCagag > 1:1494839/1‑129 (MQ=255)
aTGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATg > 1:1727320/1‑140 (MQ=255)
aTGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATg > 2:260437/1‑140 (MQ=255)
aTGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATg > 2:405001/1‑140 (MQ=255)
aTGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATg > 2:1467498/1‑140 (MQ=255)
aTGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATg < 1:1467498/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTCCTCATCTTTCTTTTCCACAGACTAAAAAAAAGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAg < 1:899510/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAATAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAg < 2:746872/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAg < 1:1127346/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAg < 1:1652104/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAg < 2:91066/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGACCAGAGCCAACAAGATGAGTAg > 1:744371/1‑140 (MQ=255)
tCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCagag < 2:1659756/123‑1 (MQ=255)
tCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCagag > 1:1659756/1‑123 (MQ=255)
tCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAg < 2:1859961/131‑1 (MQ=255)
tCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAg > 1:1859961/1‑131 (MQ=255)
cGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGct < 2:1818515/140‑1 (MQ=255)
tcctcATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCtt < 2:1866835/140‑1 (MQ=255)
ctcATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCa < 2:1956600/140‑1 (MQ=255)
cATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCcaacaa < 2:1582353/122‑1 (MQ=255)
cATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCcaacaa > 1:1582353/1‑122 (MQ=255)
ttCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGc > 1:1691831/1‑140 (MQ=255)
tCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCt > 2:1667051/1‑140 (MQ=255)
aGACAAAAAATAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACCACATGAGTAGCTTTTCAGCGGTGAACCGCTCGCCt > 2:947723/1‑140 (MQ=255)
aaaaaaaaGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCCGAGCCAACGAGATGAGTAGCTCTTCGTGGGAGAACGGCTCGCCTTCTg > 2:574020/1‑140 (MQ=255)
aaaaaaaaGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTg < 2:1691831/140‑1 (MQ=255)
aaaaaaGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGcc > 2:1338547/1‑140 (MQ=255)
aaaaaaGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGcc < 2:1727320/140‑1 (MQ=255)
aaaGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTc < 1:1621864/140‑1 (MQ=255)
aGGCGACTCATCAGTCGCCTTACAATTCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTccc < 1:872794/140‑1 (MQ=255)
aGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTccc < 1:1267418/140‑1 (MQ=255)
ggCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTcccc < 1:1448864/140‑1 (MQ=255)
ggCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAAACAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTcccc < 1:1692991/140‑1 (MQ=255)
cGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTg < 2:1709250/140‑1 (MQ=255)
cGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTg < 1:260437/140‑1 (MQ=255)
aCTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGGTGAGTAGCACTTCATGAGTGAACGGGTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGcc > 2:728969/1‑139 (MQ=255)
aCTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCa > 2:1926614/1‑140 (MQ=255)
tCGCCTTAAAAATCACTTTGCCCGCCCCGTCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAatga < 1:728969/140‑1 (MQ=255)
cGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAatgat > 2:1672373/1‑140 (MQ=255)
gCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGATCGGCTCGCCTTCTGTCGTCCCCTGCACTTCAatgatg > 1:860784/1‑140 (MQ=255)
ccTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATgc > 1:187253/1‑140 (MQ=255)
ttAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCCTGGGTGAAGGGCTCGCTTTCTGCCGGCCCCAGCACTTCAATGATgcgc > 2:597177/1‑140 (MQ=255)
aaaaaTCAGTTTGTCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGccc > 1:2012345/1‑140 (MQ=255)
aTCAGTTTGCCAGCGCCTCCTTTTGCGTCGCTACAATGGGTTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCt < 2:882465/140‑1 (MQ=255)
tCAGTTTGCCAGCGCCGTCTTCTGCGTCGCTACAATGGAGTCGATT‑C‑CTC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCtt < 2:860784/140‑1 (MQ=255)
tCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCtt < 1:72300/140‑1 (MQ=255)
aGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg > 1:1946790/1‑140 (MQ=255)
aGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg > 1:1704883/1‑140 (MQ=255)
tttGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGt > 2:1765327/1‑140 (MQ=255)
tgtcAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtca < 2:2012345/137‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca < 1:1775081/140‑1 (MQ=255)
aGCGCCGCCTTCTGCCTCGCTACAAAGGACTCGATT‑CTC‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCAc < 1:574020/140‑1 (MQ=255)
aGCGCCGCCTTCTGCATCGCTAGAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCAc < 1:947723/140‑1 (MQ=255)
cgccgcCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCt < 1:414008/127‑1 (MQ=255)
cgccgcCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCt > 2:414008/1‑127 (MQ=255)
cgccgcCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTa > 1:247411/1‑140 (MQ=255)
cgccgcCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTa < 2:247411/140‑1 (MQ=255)
gccgccTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAc < 1:1926614/140‑1 (MQ=255)
ccgccTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGt < 1:1450679/130‑1 (MQ=255)
ccgccTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGt > 2:1450679/1‑130 (MQ=255)
tCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATg < 1:1672373/140‑1 (MQ=255)
tCTGCGTCGCTACAATGGATTCCATC‑C‑C‑CTCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATg < 1:780923/140‑1 (MQ=255)
tGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGTCCGGCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTc > 1:828914/1‑140 (MQ=255)
cGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGtct > 2:320019/1‑140 (MQ=255)
gCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGAGGCGCCCGGCTTCGGTCTTCACTACGTTCATGTCGGtctc > 2:678654/1‑140 (MQ=255)
aCAATGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCC‑TCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCg < 2:122470/140‑1 (MQ=255)
tGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCa < 2:350560/140‑1 (MQ=255)
tGGATTCGATTCC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCa < 1:1765327/140‑1 (MQ=255)
gattcgattcC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCaga < 1:347844/140‑1 (MQ=255)
gaatcgaat‑c‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCagag > 1:1450324/4‑140 (MQ=255)
tcgattcC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTc > 2:1817901/1‑140 (MQ=255)
tcgattcC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTc > 1:706764/1‑140 (MQ=255)
tcgattcC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTc > 1:55305/1‑140 (MQ=255)
tcgattcC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGATCATCACTACGTTCGTGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTc > 1:583938/1‑140 (MQ=255)
tcgattcC‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCCCCCGTCTTAGGTGATCGCTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTc > 2:590858/1‑140 (MQ=255)
t‑c‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAAc < 2:1450324/140‑1 (MQ=255)
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CAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑C‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAAC > NC_000913/3815741‑3816018
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
