Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F14 I0 R1
|
127 |
310.1 |
10402230 |
94.2% |
9798900 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,915 |
C→A |
11.4% |
Q436K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,915 | 0 | C | A | 11.4%
| 568.2
/ 18.3
| 187 | Q436K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/101); new base A (22/6); total (80/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCG > CP009273/2463770‑2464063
|
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atatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTTAAATAAATAAAAGAAATAAAGAAAAAAg > 2:4106977/1‑149 (MQ=255)
atCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCg < 2:5063090/149‑1 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 2:1185246/149‑1 (MQ=255)
ttttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAAAAAAAAAAAAAACGATTTaaa > 2:541288/1‑149 (MQ=255)
tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAAAAAACAAGACAAAATCCATGTAAATCa > 2:179315/1‑149 (MQ=255)
tCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGt < 2:2237300/149‑1 (MQ=255)
tttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAAAAAACACAAAATCGATGTAAACCACGAAttttt > 2:3827591/1‑148 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaa < 1:2110408/149‑1 (MQ=255)
tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaaa < 1:161838/149‑1 (MQ=255)
tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaaa < 1:4187123/149‑1 (MQ=255)
ttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAt < 2:2734549/149‑1 (MQ=255)
cGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTg < 2:4779635/149‑1 (MQ=255)
gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTAAAATAATTAAAATAAAAAAAAACAAAAACCAAGTAAATCAAAAAATTTTAAtttag > 1:4522501/1‑146 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCaa < 2:3513674/149‑1 (MQ=255)
atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAAt < 1:904460/149‑1 (MQ=255)
taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTGAAATAAATCAATACAAAATGGATTTAAAGCAAGAACTTTTAATTGGGCGGCAATCag > 2:5181639/1‑148 (MQ=255)
taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCAt < 1:1255384/149‑1 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGTCAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATgg < 2:3485629/149‑1 (MQ=255)
tttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAAAAAATAAAAAAACGATGTAAAGAACTAATTTTAAATTTCGCGCCAAAAAAGgcgcg > 2:2912788/1‑149 (MQ=255)
agcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGcaca < 2:4747644/149‑1 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTTAAAAAAATAAAAAAAAAAAACACAAAAACGCGGTTAAGCACGAAGTTTAAATTTAGCGCCCATCATGGCGCGcacac > 1:3796258/1‑148 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATTTAAATCAAAAAATTTAAATTTAGGGCCAAACAGAGCGCGCCCaa > 1:3796025/1‑149 (MQ=255)
caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAAATATAAAAAAAATAAAATAAAAAAATACAAAACAGAAGTTAACCACAAAAGTTAAAATTAGCGCCAAACAAAGCGCGcaccaa > 2:2310605/1‑146 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGGATGGTATTTTTCTTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAATACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGc < 2:1009467/149‑1 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAATAATTAAAAGAAAACAAGACAAAATCGATTTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAAACAATGCGCGCACaacc > 2:3023323/1‑147 (MQ=255)
agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAATAAATCAAACAAAACAACACAAAAGCGATGTAAAACACAAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACaacca > 2:2969164/1‑146 (MQ=255)
tttatttGTAATTTATTTTTCGTTCGAACTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa < 2:3544118/149‑1 (MQ=255)
tttttGGATTGTATTTTTCGTTCGAACTTTGCTTACACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATCGCGTTTTAAAGCACTATTTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 1:1601742/147‑1 (MQ=255)
tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:5021838/149‑1 (MQ=255)
tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTGTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:1095175/149‑1 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc < 2:1047069/149‑1 (MQ=255)
gtattttATTTTTCGTTCGACCTTTTATTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGAAAATAGCGATGTAAAGAAATAATTTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAc < 1:1862452/143‑1 (MQ=255)
gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 2:1046386/149‑1 (MQ=255)
tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTaa < 1:4586822/149‑1 (MQ=255)
tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTAAAAAAAAATTCAAAAAAAAAAAGACAAAAACGATTGAAAACACAAATTTTAAATTTGGCGCCAAAAATGTCGCGCACCAGCTATAAAACAAACCaaa > 2:2843076/1‑149 (MQ=255)
aTTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 2:2848352/149‑1 (MQ=255)
ttctttctACATTTGCTTATACATAACTGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGAACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:3761453/149‑1 (MQ=255)
ttcgttctACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 2:4435027/149‑1 (MQ=255)
ttcgttcgACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTATTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGCAAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:1829972/149‑1 (MQ=255)
cgACTTTTGATTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAACTAAATCAAGACAATAGCGTTGTAAAGAACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATATTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 1:2717927/149‑1 (MQ=255)
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cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTCAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 2:1851927/149‑1 (MQ=255)
aCCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAATTCAAATAAATAAAAAAAAAAGGGAGTTAAACCAAGAAGTTTAAAATTCGGGCCCATCAATGCGCGCACACGCTATAATAACAAACAAATTTATCCTCCTCGTa > 2:1560621/1‑149 (MQ=255)
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ttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGt < 1:2990685/149‑1 (MQ=255)
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tGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 1:1178418/149‑1 (MQ=255)
tataCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 2:2028893/149‑1 (MQ=255)
ataCATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAATTAAAAGAAAAAAAAACAAAATCGATTTAAAAAACAAAGTTTAAATTTCGCGCCAATAATGGCGCGCACAAGCTAAAAAAACAACCTAATTTATACTCCTCTTAGAGTGACtat > 2:4691385/1‑149 (MQ=255)
tCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATa < 1:4433057/149‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGGCAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAg < 2:339497/149‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAg < 2:339641/149‑1 (MQ=255)
gTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:282592/1‑149 (MQ=255)
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tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 2:2305317/1‑149 (MQ=255)
tttttttAATATATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCTATCCAATCATGTCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAATTCTCCTCCTCATAGAGTGAAAATATCTCCTGATAGaa > 1:2508043/1‑149 (MQ=255)
ttttttAATTTAAAAAATAATTCAAATAAAACAAGACAATACCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt < 2:3981970/149‑1 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAtt > 1:273195/1‑149 (MQ=255)
ttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg > 1:69775/1‑149 (MQ=255)
tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGTTGTAACGCACTAAGTTTAAATGGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc < 1:575540/149‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt < 1:1549927/149‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 2:1734108/1‑149 (MQ=255)
aTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 1:430492/1‑149 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 1:4843206/149‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 1:1588906/149‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 2:4522786/149‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt > 2:3591672/1‑149 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt > 1:1086708/1‑149 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTCTATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt > 2:537256/1‑149 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt > 1:3166576/1‑149 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAGTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt < 2:2647931/149‑1 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc < 2:487635/149‑1 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc < 2:486095/149‑1 (MQ=255)
taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATATCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 2:4515016/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 1:3538526/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 1:3537888/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:1139252/1‑149 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 1:344703/149‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:4267252/1‑149 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 2:1665918/149‑1 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 2:1297898/149‑1 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 2:1626984/1‑149 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 1:369617/1‑149 (MQ=255)
cAAAGAAATCAACACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 1:907439/149‑1 (MQ=255)
aaaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:1107311/1‑149 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:4245188/1‑149 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt > 1:966590/1‑149 (MQ=255)
aGAAATCAAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt < 2:1833716/149‑1 (MQ=255)
gAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATGGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg < 1:3090069/149‑1 (MQ=255)
gAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg > 2:4088469/1‑149 (MQ=255)
gAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg > 2:2127180/1‑149 (MQ=255)
aaaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGa > 2:4000668/1‑149 (MQ=255)
aaTAAAGACAATTGCTTTTTAAAGCACTATGTTTAATTTGCGCGCCAATAATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt < 1:4004795/149‑1 (MQ=255)
aTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAtt < 2:719679/149‑1 (MQ=255)
aTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAtt > 2:516217/1‑149 (MQ=255)
aTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAtt > 2:1633087/1‑149 (MQ=255)
tCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTc > 2:1836073/1‑149 (MQ=255)
tCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTc > 1:2182765/1‑149 (MQ=255)
cAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCg > 2:3450888/1‑149 (MQ=255)
|
TTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCG > CP009273/2463770‑2464063
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
