Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F10 I0 R1
|
85 |
228.3 |
8665814 |
85.8% |
7435268 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,915 |
C→A |
12.8% |
Q436K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,915 | 0 | C | A | 12.8%
| 331.7
/ 10.3
| 119 | Q436K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/73); new base A (13/7); total (39/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCG > CP009273/2463771‑2464063
|
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tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGa < 2:1388425/149‑1 (MQ=255)
ttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATTAAAAAATTAAAAAAAAAAAAGaa > 1:874442/1‑148 (MQ=255)
ggAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACaa < 1:3162774/149‑1 (MQ=255)
gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAt < 1:3911587/149‑1 (MQ=255)
atCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCg < 2:1505078/149‑1 (MQ=255)
aaTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTa < 2:217275/149‑1 (MQ=255)
tttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATTATTAAAATAAATAAAGACAATAGAGATGttatt > 2:2719369/1‑145 (MQ=255)
ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGc < 2:2994991/149‑1 (MQ=255)
aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAc < 2:581193/149‑1 (MQ=255)
gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAAAAAATAAAAAATCGAAGTAAAacacaa > 2:4227648/1‑147 (MQ=255)
tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTaa < 1:4231307/149‑1 (MQ=255)
tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTaa < 1:4231377/149‑1 (MQ=255)
tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATGTTAAGAACaaa > 1:530838/1‑149 (MQ=255)
aTTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑ttt < 2:3966790/149‑1 (MQ=255)
tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTaaa < 1:2057125/149‑1 (MQ=255)
tCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAAtt < 1:1919188/149‑1 (MQ=255)
cGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTg < 1:1894695/149‑1 (MQ=255)
ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTgc < 1:3468926/149‑1 (MQ=255)
gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAATAAAAAAACACAAAATCGATTTAAATCACAAAA‑TTTaaaattag > 2:2966177/1‑144 (MQ=255)
gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAAAAAAAAAAAAATCGATGTAAATCAAAAAA‑TTTAAAtttag > 2:2870319/1‑146 (MQ=255)
gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAACAACACAAAAGAGATGGTAAGCACAAAG‑GGTaaaattgg > 1:2659273/1‑144 (MQ=255)
ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTgcgc < 1:1010683/149‑1 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑cc < 2:1983375/149‑1 (MQ=255)
tataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATc < 2:1838550/149‑1 (MQ=255)
tataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATc < 2:1838378/149‑1 (MQ=255)
tataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATc < 2:3720552/149‑1 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATgg < 2:142435/149‑1 (MQ=255)
agaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGgc < 2:1726538/149‑1 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGgcgc < 2:3186789/149‑1 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGgcgc < 1:2208182/149‑1 (MQ=255)
tttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAATCAATAAAAAATACATGTAAAGAACAAAA‑TTTAAATTTGGCG‑CCAATAATGgcgcg > 2:360173/1‑149 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATTTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATAAATAACTGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATAATGGCGCGCACaa < 1:1532253/149‑1 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACaa < 2:3505855/149‑1 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAAAAAAGAAAAAATAGATGTAAATAACAAAC‑TTTAAATTGAGCG‑ACAAACATGTAGCGCACaa > 2:3427700/1‑149 (MQ=255)
aagcaTTTATTTTGATTGTATTTTTCGTTAGACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAACTAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CAAATCATGGCGCGCACAAGc < 2:3332587/149‑1 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGTAATTTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGc < 2:3332539/149‑1 (MQ=255)
gcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCta < 2:2664374/149‑1 (MQ=255)
tttatttGGATTTTATTTTTCTTTCGACATTTGATTATAAATAACTGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGAAAATAGCGATTTAAACAACTATT‑TTTAATTTGCGCG‑CCAATCTGGGCGCGCACAAGCTataa < 1:856294/149‑1 (MQ=255)
tttatttGGATTGTATTTTTCGTTCGACCTTTTATTATACATAACTTTCTTTTTTTTAATTTATAAAATATTTCAAATAAATAAAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAAT‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa < 1:856310/149‑1 (MQ=255)
ttatttGGAATTTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTataat < 2:89508/149‑1 (MQ=255)
ttatttGGAATGTTTTTTTCTTTCCACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAAGACAATAGCGATTTAAAGCACTATG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTataat < 2:782506/149‑1 (MQ=255)
tttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAAAAATAAAAAAAAAAGAGATGTAAAGCACAAAG‑TTTAAATTTAGCGCCCAAAAATGG‑GCGCACAAGCAaaaataac > 2:474281/1‑147 (MQ=255)
tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTTTAAAATAATTAAAATAAATAAAGAAAAAAGAGATGTTAATAACTAAG‑TTTAAATTGAGCG‑CCAATCATTGCGCGCACAAGCTagaaaaaaaa > 2:3159055/1‑143 (MQ=255)
aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAAAAAATAAAATATCGATTTTAAACACTAAT‑TTTAAAATTAGCG‑CCCATCAATGGGCGCACAAGCAataataaaaaacg > 2:2110713/1‑142 (MQ=255)
aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAAAAATCAAGAAAAAACCCCTGTTAAGCAAAAAGTTTTAAATTGCG‑G‑CCAAAAATGGGGCGCCCCAGCGGAAATAcccaaca > 2:1878765/1‑144 (MQ=255)
tATTTTTCGTTCTACCTTTGATTATAAATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGACAATAGCGTTGTAAAGCAATAAT‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 1:2329141/149‑1 (MQ=255)
tATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAGAAAACAATAAAAAATCGATGTAAACCACAAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCCAACAATGCGCGCACAACCAATAAAAACAAACAAAtt > 2:3716356/1‑149 (MQ=255)
tATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCTCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 1:3461611/149‑1 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 2:1462714/149‑1 (MQ=255)
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gttcgACCTTTGATTATAAATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATAAAAATAAATAAATAAAATCGCGTTGTAAAGCACTATT‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 1:2571902/149‑1 (MQ=255)
tcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAAAATAGATGTAAATCACTAAG‑TTTAAATTTAGCG‑CCAAAAATGGCGCGCCCAAGCGATAAAACAAACCAAAATTctactcctc > 2:2450014/1‑149 (MQ=255)
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cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 2:2809575/149‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGATTATAAATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATCGCGATGTAAAGCAATAAG‑TTTAATTTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 1:839286/149‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGATTATAAATAACAGTAGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 2:3890347/149‑1 (MQ=255)
gACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCtt < 1:3133168/149‑1 (MQ=255)
aCCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAAAAATTCAAAGAAATCAAAACAAAATCGATGTAAAGCACAAAA‑TTTAAATTTCGCG‑CCAAACATGGCGCGCACAAGCAATAAAACCAACCAAAATTATCCAACTCTTa > 2:3875232/1‑149 (MQ=255)
cTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACATTAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTaga < 1:1012698/149‑1 (MQ=255)
atttGCTTATACATAACCTTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAATAAT‑TTTAATTTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTaga < 1:3389451/148‑1 (MQ=255)
taaaTAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACtata < 1:727452/146‑1 (MQ=255)
aaTAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtc < 2:718859/148‑1 (MQ=255)
aaCAGTCTTTTTTTTAATTTAAAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGAAAACCACTAAT‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTcc < 1:848150/149‑1 (MQ=255)
aCAGTCGTTTTTTTAATTTATCAAATAATACAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGAAAAGCACTAAG‑TTAAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCt < 1:852071/149‑1 (MQ=255)
ttCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATTTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGAt < 1:1727301/148‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAg > 1:4205564/1‑149 (MQ=255)
cGTATTTTTAATATATAAAATAATTCACAGACAACCAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TATAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAGCTCCTGATAg < 2:3909394/149‑1 (MQ=255)
gTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:88791/1‑149 (MQ=255)
gTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:2870319/149‑1 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 1:2591210/1‑149 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt < 2:2926445/149‑1 (MQ=255)
taaaTTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg < 2:3252834/147‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt < 2:4047843/149‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATTTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt < 1:1881455/149‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt < 2:3638317/149‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATAAAAATAAATAAAGAAAATAGCGATTAAAACCAATAAT‑TTAAAATTGCGCC‑CCAAACATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt < 1:2949556/149‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 2:2083107/149‑1 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 2:2488599/1‑149 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt < 1:1060380/149‑1 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa < 1:3159055/149‑1 (MQ=255)
aaaTAATACAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa < 1:2956258/149‑1 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 1:433435/1‑149 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 2:2044855/1‑149 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 2:2044881/1‑149 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 1:3979494/1‑149 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTACGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 2:3146601/1‑149 (MQ=255)
taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 2:2545983/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:3565709/1‑149 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa > 2:2439493/1‑149 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAATAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCTGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 1:4227328/149‑1 (MQ=255)
taaaaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 1:3782551/147‑1 (MQ=255)
tCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 1:3129145/149‑1 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 1:3128209/149‑1 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 1:430698/1‑149 (MQ=255)
aaaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 2:2051745/1‑149 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:4269982/149‑1 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt < 1:2510604/149‑1 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt > 1:3305277/1‑149 (MQ=255)
cAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCg < 1:2734337/149‑1 (MQ=255)
|
TTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCG > CP009273/2463771‑2464063
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
