Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,915 |
C→A |
13.5% |
Q436K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,915 | 0 | C | A | 13.5%
| 718.0
/ 27.9
| 256 | Q436K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/145); new base A (36/7); total (104/152) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTC > CP009273/2463768‑2464062
|
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tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCa < 2:1818990/148‑1 (MQ=255)
ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTTGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCaa < 2:2025573/148‑1 (MQ=255)
ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCaa < 1:312488/148‑1 (MQ=255)
gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACaa < 1:232014/148‑1 (MQ=255)
aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAATAAAACAAGACaaa > 2:423518/1‑147 (MQ=255)
aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAt < 2:340256/148‑1 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAATAAAAAAAAAAAAGaaaaaaacc > 1:1122669/1‑143 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAGaaaaaaaac > 1:2456290/1‑143 (MQ=255)
tcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAATAAATAAATACaaaatagat > 2:2845621/1‑141 (MQ=255)
cAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATg < 2:2123809/148‑1 (MQ=255)
aaTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGt < 1:3627878/148‑1 (MQ=255)
aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCa < 1:3368352/148‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTTTTTATTAAATAATTAAAAGAAAAAAAGAAAAAAGAGATTTAAATAACTTAG‑t > 2:3271989/1‑148 (MQ=255)
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ttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTaaa < 1:173996/148‑1 (MQ=255)
tCGGGGAATGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAAt < 2:2465463/148‑1 (MQ=255)
tCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAAt < 2:831436/148‑1 (MQ=255)
gAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTAAAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATTTAAATAAAAAAA‑TTTAAAtttagc > 1:937472/1‑144 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCa < 2:2193963/148‑1 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTATTTTTTAAAATAATTAAAATTAATCAAGAAAAAAGAGATGGTAAGCACAAAG‑TTTTTATTTCGCGCGaaac > 2:3321336/1‑146 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAATAAACAAAAAAACGATTTAAATCACAAAT‑TTTAAATTTAGCCCCaaaa > 2:1760050/1‑146 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATCAAAGAAATAAAGAAAATAGAGCTGTTAATCACTAAT‑TTTAAATTTGGCGGCaaaa > 2:3649753/1‑146 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATg < 2:3130509/148‑1 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGgcg < 2:1173029/148‑1 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGgcg < 2:1302155/148‑1 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGgcg < 1:1928057/148‑1 (MQ=255)
agcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATTAAATAATTAAAATAAATAAAGAAAATATCGGAGTAAAGAACTAAGTTTTAAATTAGGGGCCAAACATggggggcc > 2:2263292/1‑142 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGcaca < 1:1247150/148‑1 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGcaca < 2:498027/148‑1 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAATAAAACAAGACAAAATCGAAGTTAATCAAAAAG‑TTTTAATTTGGCGCCCAACATTGCGCGCCCaaa > 2:2410644/1‑147 (MQ=255)
agcaTTTTTTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGc < 2:515742/148‑1 (MQ=255)
agaatttatttGTAATTTATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAAAATTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCAAATCATGGCGCGCACAAGc < 1:3753456/145‑1 (MQ=255)
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caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAAAAAAGAAAAAAACCATTTAAAACACAAAG‑TTTATATTTCGCGCCCAAAATTGCGCGCACAAGCta > 2:1558287/1‑148 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATCAAATAAATAAAAAAAATAACGATTTAAAGCACAAAA‑TTTAAATTTCGCGCCAAAAAAGGCGCGCACaaacaa > 2:1247584/1‑144 (MQ=255)
tttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtata < 2:2143112/148‑1 (MQ=255)
tttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAGATTTAAAAAACAAAC‑TTTAAAATTACCGCCAAACAAGGCGCGCaaaacaaaaa > 2:731792/1‑142 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAATAAAAAAAGACAAAATCGAAGTAAATAAAAAAT‑TTTTAATTTAGCCCCAATAATTGCGCGCACAAGCGataata > 2:2741406/1‑148 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAATACAAAAGCGATTTAAAGCACTAAG‑TTTAAAATTGGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCAataata > 2:2239935/1‑148 (MQ=255)
ggattttATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCaa < 1:1272845/142‑1 (MQ=255)
gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAATAAATAAAGAAAAAAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTTCGCGCCCATCAAGGCGCGCCCAACCGCTAATACCAAc > 2:2476365/1‑148 (MQ=255)
gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTAGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAc < 2:2596027/148‑1 (MQ=255)
gTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAACAAAAAAAAAAAAAAGCGAAGTAAAACACAAAA‑TTTAAATTTCGCGCCAAACAAGGAGCGCCCAACCTAAAAAAACaaacaaa > 2:2661677/1‑143 (MQ=255)
tATTTTTCGTTCGACCTTTGATTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 1:2054041/148‑1 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 2:1927223/148‑1 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 1:2502818/148‑1 (MQ=255)
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tttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtct < 1:1905727/148‑1 (MQ=255)
tttCGTTCGACCTTTGATTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtct < 1:2468331/148‑1 (MQ=255)
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ttcgttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtctc < 2:1480833/148‑1 (MQ=255)
ttcgttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtctc < 2:3382675/148‑1 (MQ=255)
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gttctACCTTTTCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctc < 1:3055164/148‑1 (MQ=255)
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tcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcct < 2:542808/148‑1 (MQ=255)
cTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAATAAATACAAAATCGATGTAAATCAATAAT‑TTTTAATTTCGCGCCAAACCTGGCGCGCACAAGCGATAATAACAAACGAATTTATCCTCCGCtttg > 2:3767403/1‑146 (MQ=255)
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ttGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 1:3388040/148‑1 (MQ=255)
gCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 2:742995/148‑1 (MQ=255)
cTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAAAAAATACAATATCGGTGTAAAGAACTAAG‑TTTAAATTTCGCGCCAATAATTGCGCGCCCCACCAATAATAACAACCTAATTTATACTCCACTTATAGTgg > 2:3481317/1‑147 (MQ=255)
tataAATAACAGTTTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCTTTGTAAAGAACTATG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCTGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACt < 1:349575/148‑1 (MQ=255)
aaCAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtctc < 2:1420200/148‑1 (MQ=255)
tCGTTTTTTTAATTTTTAAAATAATTAAAAGAAAACAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAC‑TTTAAATTTCGCGCCAAACATGGCGCGCACAAGCTAAAAAACCAAACTAATTTATACTCCACTTAGCGTGACTATATCTCATGAt > 2:2996046/1‑148 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 2:2759752/148‑1 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:665852/1‑148 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:2870939/1‑148 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:2774959/148‑1 (MQ=255)
tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTgag > 2:81198/1‑146 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCgg > 2:2516628/1‑148 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa < 1:1575080/148‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa < 1:2799388/148‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt > 1:2197323/1‑148 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt < 1:84180/148‑1 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 2:3506345/1‑148 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 2:236635/1‑148 (MQ=255)
aataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa < 2:384758/148‑1 (MQ=255)
taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 2:932872/1‑148 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa < 1:89891/148‑1 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGACTTGCGGTATTGACTATCaact > 2:2163391/1‑146 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:3058587/1‑148 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:3192339/1‑148 (MQ=255)
aaaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 1:709535/148‑1 (MQ=255)
aaaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 1:585378/1‑148 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACTATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc < 2:3573661/148‑1 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:2571719/1‑148 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:1378879/1‑148 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:2077164/1‑148 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:183887/148‑1 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 1:1610563/1‑148 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGAGGTAAAGCACGAAG‑TTTAAATTGCGCGCCCCGCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATATCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 1:27003/1‑148 (MQ=255)
gAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt < 2:858403/148‑1 (MQ=255)
aaaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAAGCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg < 1:2977042/148‑1 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGa < 2:640983/148‑1 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCAGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGa < 1:423518/148‑1 (MQ=255)
aTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt > 1:102083/1‑148 (MQ=255)
aTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt > 1:101671/1‑148 (MQ=255)
cAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTc > 2:1984141/1‑148 (MQ=255)
|
CTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTC > CP009273/2463768‑2464062
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
