Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,915 |
C→A |
14.4% |
Q436K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,915 | 0 | C | A | 14.4%
| 505.9
/ 21.4
| 184 | Q436K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/99); new base A (29/3); total (82/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-09 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTC > CP009273/2463769‑2464062
|
tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCa < 2:2603432/148‑1 (MQ=255)
ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCaa < 2:2402080/148‑1 (MQ=255)
tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAg < 2:1627098/148‑1 (MQ=255)
tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAc < 2:1300685/148‑1 (MQ=255)
gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACaa < 1:2261457/148‑1 (MQ=255)
aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAGaaaaa > 2:294002/1‑147 (MQ=255)
ttttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAACAAAAT‑AGATG‑Taa > 1:1648737/1‑148 (MQ=255)
ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAg < 1:1946872/148‑1 (MQ=255)
aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAACAATAG‑AGATG‑TAAAGCa > 2:1325869/1‑148 (MQ=255)
gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAATAAAAACAAAAC‑AGATG‑TAAACCAca > 2:3202898/1‑147 (MQ=255)
gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATTAAAAAATTGAAATAAATAAATAAAAAAT‑AGCTG‑TAAAGcgag > 1:2473742/1‑145 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGt < 2:2497419/148‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGt < 2:1102234/148‑1 (MQ=255)
aTTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGtt < 1:1078722/148‑1 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTa < 1:923789/148‑1 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAATAAAAAAAAAAT‑AGATT‑TAAATAACTAATTTTa > 2:1231922/1‑148 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTTAAATAAATAAAAGAAAAAAAAACAAAAT‑AAATG‑TTAATCACTAAGTTTa > 1:2939013/1‑148 (MQ=255)
tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTaa < 1:2320192/148‑1 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTgcgcgc < 1:1312798/148‑1 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTgcgcgc < 1:1962445/148‑1 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGAAAAAAT‑AGATG‑TTAAACACAAAATTTATAtttggcgg > 1:2083384/1‑142 (MQ=255)
ggATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGACAAAAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAAATTAGCGcc > 2:2736168/1‑148 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCa < 2:1730134/148‑1 (MQ=255)
atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAGAAATAAAGAAAAAAT‑CCCTT‑TAAAGCACGAAGTTTTAATTTAGCGccca > 2:3212939/1‑146 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATc < 1:1455898/148‑1 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAAAAAAGAAAAAAT‑ACAAT‑TAAAAAACAAATTTTAAAATTCGCGCCAAACAAGgcg > 2:820152/1‑148 (MQ=255)
tAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgcgcgc < 2:2879299/148‑1 (MQ=255)
tAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgcgcgc < 2:611658/148‑1 (MQ=255)
caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACaa < 2:362142/148‑1 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AGAAG‑TAAATCACCAAATTTTAATTTATCGCCAATACAGGCGCGcaccac > 1:1309120/1‑145 (MQ=255)
agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTAAAATAATTGAAATAAAAAAAAACAAAAT‑CGATG‑TAAATCAAAAAGTTTTAATTTCGCGCCCAGCATGGCGCGcaccacc > 1:3013022/1‑144 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTAATTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑CCCGG‑TAAAGAAATAAATTTTAATTTAGGGCCCATCAATGCGCGCCCaaccaa > 2:7856/1‑144 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtat < 2:51009/148‑1 (MQ=255)
ttatttGTAATGTATTTTTCGTTCGACTTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa < 1:2360114/148‑1 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:1880832/148‑1 (MQ=255)
tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCATTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCa < 2:834918/148‑1 (MQ=255)
aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAATTAAAAAAAAACAACACAAAAGACGA‑G‑TAAACCACTAAGGTTAAATTTCGCGCCCAACAAGGCGCGCCCAAGCCATAATACCAAcc > 2:711134/1‑148 (MQ=255)
aTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAATATTCAAATAAATAAAGAAAAAAT‑CCTTG‑TAAATCACAAAGTTTAAATTTAGCGCCAATCATGTCGCGCCCAACCGATAAAAACAAccc > 2:2404542/1‑147 (MQ=255)
aTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAGACAAAAT‑CGATG‑TAAATCACTAAGTTTAAATTTGGCGCCCATCAATGCGCGCCCCACATAAAATAACAAcca > 2:745029/1‑147 (MQ=255)
tttttttCGTTCGACATTTTATTATAAATAACTTTTTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGAAAATCG‑CTATT‑TAAAGCACTATTTTTAAATGGCGCGCAAATCATGGCGCCCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 1:1146249/146‑1 (MQ=255)
tttttCTTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAAAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 1:796893/148‑1 (MQ=255)
ttttCTTTCGACATTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 1:1102851/148‑1 (MQ=255)
ttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 1:1103146/148‑1 (MQ=255)
ttcgttcgACCTTTTCTAATACAAAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtctc < 1:154645/148‑1 (MQ=255)
ttcgttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAATAAATAAAAAAAAAAG‑CCATGTTAAAACA‑AAATGTTAAATTTCGCCCCAAAAATTGCGCGCAAAACCCATAAAAAAAACCAAAtttatg > 2:2133066/1‑145 (MQ=255)
ttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 2:2658068/148‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGTTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATATTTCAAATAAATAAATAAAATAG‑CTATG‑TAAACAAATAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:1863733/148‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGTTTATACACAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATAAAAATAAATCAAGACAATAG‑CGATT‑TAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCAAATCTGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:3069935/148‑1 (MQ=255)
ccTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTAAAAAAATTAAAAGAAAACAAAAAAAAAC‑CGATG‑TTAAGCACAAATTTTAAATTGCGCGCCCCAAAATGCGCGCCCAAACAATAATAAAAACCAAAATTATCCTCCTCttt > 2:1052532/1‑147 (MQ=255)
cTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAATCAAGAAAAAAG‑CGATG‑TAAATCAATAATTTTAAATTTAGCGCCAATCATGGGGCGCACCAGCTATAAAACCAACCAAATTTCTACTACTCGTag > 2:2758250/1‑148 (MQ=255)
cTTTGATTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:2736168/148‑1 (MQ=255)
atttGATTATACAAAACCGTCTTTTTTTTAATTTAAAAAATAATTAAAATAAATAAACACAATAG‑CTATT‑TAAAGAACTAAGTTTAATTTGCGCGCCAATATTGGCGCCCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:296487/147‑1 (MQ=255)
ttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAACACAATAG‑CTATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 1:1811246/148‑1 (MQ=255)
gattATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 1:2425621/146‑1 (MQ=255)
tAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CTATG‑TAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtct < 1:2562733/148‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCAGATa > 2:1309250/1‑148 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACGATATCTCCTGATa > 2:1309774/1‑148 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:1914931/1‑148 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:831850/148‑1 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:455733/1‑148 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:2742279/148‑1 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAG‑CTATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:2892229/148‑1 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 2:1119798/148‑1 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 1:1467877/1‑148 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 1:2108446/148‑1 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 1:2846094/148‑1 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt > 1:2431654/1‑148 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt > 2:823589/1‑148 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 1:3067025/1‑148 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:2114054/1‑148 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt > 2:694348/1‑148 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt < 2:2280316/148‑1 (MQ=255)
tataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt > 2:1515250/1‑148 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg > 2:639604/1‑148 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATCG‑CGATG‑TAAAGCACTACGTTTAAATTGCGCGCCAATCAGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa < 1:1767646/148‑1 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATCG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa < 1:3293567/148‑1 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 1:2770409/1‑148 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 2:668230/1‑148 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAATAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCAGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc < 1:3202898/148‑1 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt > 1:3266903/1‑148 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:744575/1‑148 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:407242/1‑148 (MQ=255)
atTCAAATAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:638699/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:2812859/1‑148 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 2:2417141/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 2:2178949/148‑1 (MQ=255)
atTAAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:638673/148‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 1:3230660/148‑1 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:272359/1‑148 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc < 1:736745/148‑1 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATCG‑CGATG‑TAAAGCACTATGTTTAAATTGCGCGCCATTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:2598078/148‑1 (MQ=255)
aaaTCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg < 1:822773/148‑1 (MQ=255)
aaaTCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg > 2:166848/1‑148 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGAGGTATTGACTATAAAATTCCCTGa > 2:646453/1‑148 (MQ=255)
aaTCAAGAAAATAG‑CGATT‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCTGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGa < 1:1506807/148‑1 (MQ=255)
aTCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt > 2:1785258/1‑148 (MQ=255)
aTCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt > 2:1785289/1‑148 (MQ=255)
tCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAtt > 2:1332175/1‑148 (MQ=255)
tCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAtt > 2:1578389/1‑148 (MQ=255)
cAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTc > 2:3118624/1‑148 (MQ=255)
|
TTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAG‑CGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTC > CP009273/2463769‑2464062
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
