Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F56 I0 R1
|
543 |
285.0 |
9366284 |
95.7% |
8963533 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,915 |
C→A |
13.6% |
Q436K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,915 | 0 | C | A | 13.6%
| 492.6
/ 16.4
| 162 | Q436K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/100); new base A (23/6); total (56/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
TTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTC > CP009273/2463769‑2464062
|
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gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAt < 1:3234557/149‑1 (MQ=255)
gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAt < 2:2571139/149‑1 (MQ=255)
aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATa < 1:3607443/149‑1 (MQ=255)
atatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTGTTTTTAAATTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAACaaaaa > 1:4555911/1‑146 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 2:2958367/149‑1 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 2:2959489/149‑1 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 2:2959485/149‑1 (MQ=255)
cAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAAATAATAAATAAAATAGAGAttt > 2:2754719/1‑147 (MQ=255)
cAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAAAAAAGACAAAAGCGATGt > 2:3804447/1‑149 (MQ=255)
aaTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAAAAAAAACAATATCGATTTa > 2:690997/1‑149 (MQ=255)
aTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAATGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATTTaa < 2:2746150/149‑1 (MQ=255)
ttttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTaaa < 1:1317785/149‑1 (MQ=255)
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ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGc < 1:1785913/149‑1 (MQ=255)
ttATGTGTCATGTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGc < 1:512652/149‑1 (MQ=255)
aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑Ac < 1:307287/149‑1 (MQ=255)
aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑Ac < 2:3531204/149‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGtt < 1:1844197/149‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTGTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAACTAATAAAAACAAAAACCATTTAAAAC‑AAAAAGtt > 2:3553287/1‑149 (MQ=255)
tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTaaa < 2:645276/149‑1 (MQ=255)
ttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAAt < 2:2452553/149‑1 (MQ=255)
cGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAGAAAACAATACAAAAGCGTTGTAAATC‑AAAAAGTTTAAAttt > 2:3308273/1‑148 (MQ=255)
cGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTGTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAAAAATCAATACAAAAACCATGTAAATC‑ACTAAGTTTAAAttt > 2:3308385/1‑148 (MQ=255)
ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAAATTATAAAAAAATTAAAAGAAAAAAAGACAAAAGCGAATTAAATC‑ACAAAATTTAAAATga > 1:386140/1‑148 (MQ=255)
gAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTTTAAAATAATTAAAAAAAAAAAATACAAAAACGATGTAAAAC‑ACAAAGTTTTAAATgcgcg > 1:3076770/1‑149 (MQ=255)
taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAAAAAAAAAAACAAATAAAGAACAAACCGCTTTAAATA‑ACTAACGTTAAAATTCGTGCCACTCaa > 2:1573744/1‑148 (MQ=255)
gagaGTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGATTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATgg < 1:261772/149‑1 (MQ=255)
gaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTTATTTATAAAATTATTAAAATAAATAAAAAAAAAATCGTTGTTAATC‑AAAAATTTTAAATTGCGCGCCAAtacaggcg > 2:1935702/1‑142 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAATAAATAAATACAAAATCGAAGTAAAGC‑ACGAAGTTTAAATTTAGCGCCAAACAAGgcgc > 2:2334428/1‑149 (MQ=255)
aagcaagcATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTGTTTTTAATTTTAAAAATAAATAAAAAAAATAAAAACAAAAAACATTTAAAACAAGAAAGTTAAAATTG‑GCGCCCAAAATGGCGCGcac > 1:2977623/1‑149 (MQ=255)
aagcaagcATTTATTTGGAATGTATTTTTCGCTCGACCTTTGATTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGcac < 1:2425477/149‑1 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACaa < 2:2760951/149‑1 (MQ=255)
caagcaTTTATTGGGAATGTATTTTTCGTTCGACATTTGATTATACATAACCGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAg < 1:291085/149‑1 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGGAATTTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGc < 2:3012748/149‑1 (MQ=255)
tgattttttttGGATTTTATTTTTGGTTCGACCTTTTATTATACATAACTGT‑T‑TTTTTTTTATTTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGAAAATAGCGATGTAAAGC‑AATATGTTTAATTTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCt < 1:1252889/145‑1 (MQ=255)
atttatttGGACTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtata < 2:283623/149‑1 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTGTTCGTTCGACCTGTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtata < 2:3735727/149‑1 (MQ=255)
tttatttGGAATGTATTTTTCGTGCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa < 2:1326597/149‑1 (MQ=255)
tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:1066583/149‑1 (MQ=255)
tttGGAATGTATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAcc < 1:722236/149‑1 (MQ=255)
ttGTAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCa < 2:3229876/149‑1 (MQ=255)
ttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAATAAATAAAGACAAAATCGATTTAAATC‑AAAAAGTTTAAATTTCGCGCCAATAAATTCGCGCACAAACAATAATACCa > 2:1487263/1‑149 (MQ=255)
ttGGAATGTATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCa < 2:3229807/149‑1 (MQ=255)
tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCaa < 2:3344816/149‑1 (MQ=255)
tATTTTTCTTTCGACATTTTCTTATACATAACTTT‑G‑TTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATTGCTATGTAAAGC‑TCTATGTTTAATTTGCGCGCCAATAATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 1:4176518/149‑1 (MQ=255)
tATTTTTCGTTCGACTTTTTATTATACATAACAGT‑C‑TTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAATACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAATTTTAATTTGCGCGCAAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 1:1276866/149‑1 (MQ=255)
tATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 1:4176535/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTCTTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 1:4584605/149‑1 (MQ=255)
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ttcgttctACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 2:3533719/149‑1 (MQ=255)
tcgttcgACCTTTGCTTAAACATAACAGT‑CTTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAAACAAGACAATAGCGATTTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:2835792/149‑1 (MQ=255)
gACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAAGTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCtt < 1:2597309/149‑1 (MQ=255)
aCCTTTGATTATACATAACAGTGT‑TTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATTGCGATGTAAAGC‑AATAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCtt < 1:855985/149‑1 (MQ=255)
tttGCTTATACATAACAGT‑C‑TTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATTTAAAGC‑ACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 1:3305032/149‑1 (MQ=255)
ttattATACATAACAGT‑C‑TTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 1:603737/146‑1 (MQ=255)
ttATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATCGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACt < 2:2784443/149‑1 (MQ=255)
ttATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATCAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAGATGTAAATC‑ACAAAGTTTAAAATTCGCGCCCAACAAGGCGCGCACCAACTATAAAACAAACCAAAATTATACACCTAATAGAGTGaat > 2:2846879/1‑147 (MQ=255)
aCATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTatat < 2:1663455/149‑1 (MQ=255)
aCATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTatat < 1:616858/149‑1 (MQ=255)
cATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTATGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtc < 1:956255/149‑1 (MQ=255)
aaCAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTcc < 2:2324110/149‑1 (MQ=255)
aaCAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTcc < 2:4039114/149‑1 (MQ=255)
aaCAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTcc < 2:4039267/149‑1 (MQ=255)
gT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAGACAAAATCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCAATAATACCAACCAAAATTCTCCTCCTCATAGAGTGACTATATCTCCTGAt > 2:3043156/1‑149 (MQ=255)
gTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:3144959/1‑149 (MQ=255)
gTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:807017/1‑149 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 1:2313082/149‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 2:2111518/1‑149 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa < 2:177952/149‑1 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 1:3367028/1‑149 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATATAATTGATGTATTGACt > 2:2780064/1‑149 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 1:3228910/1‑149 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 2:409902/1‑149 (MQ=255)
aataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:4402303/1‑149 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACCATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 2:1047600/149‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 2:3252774/149‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa > 2:1790134/1‑149 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 2:1047823/149‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGACTTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:1313221/1‑149 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 1:3100325/1‑149 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 1:2005307/1‑149 (MQ=255)
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aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt < 1:690997/149‑1 (MQ=255)
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gAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg > 1:911939/1‑149 (MQ=255)
aaaaCAAGACAATAGCTATGTAAAGA‑ACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGa < 1:2822713/149‑1 (MQ=255)
aaaTCTAGACAATAGCGTTGTAAAGC‑ACTAAGTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGa < 1:1910464/149‑1 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt < 1:2183226/149‑1 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt > 1:1450992/1‑149 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt < 1:1140720/149‑1 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt < 2:3891646/149‑1 (MQ=255)
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aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt < 1:4204231/149‑1 (MQ=255)
aTCAATACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAtt < 1:4405760/149‑1 (MQ=255)
aTCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAtt > 2:4356865/1‑149 (MQ=255)
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tCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTc < 2:3764110/149‑1 (MQ=255)
tCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTc > 1:2512059/1‑149 (MQ=255)
tCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTc > 1:170527/1‑149 (MQ=255)
|
TTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGT‑C‑GTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTC > CP009273/2463769‑2464062
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
