Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,915 |
C→A |
16.4% |
Q436K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,915 | 0 | C | A | 16.4%
| 481.6
/ 29.6
| 191 | Q436K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/100); new base A (33/4); total (87/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-09 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
TCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTC > CP009273/2463767‑2464062
|
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atatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAg < 2:2821641/149‑1 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 1:4142881/149‑1 (MQ=255)
tcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATg < 1:313455/149‑1 (MQ=255)
tcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATg < 2:4026155/149‑1 (MQ=255)
aaTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGAAAAAATCGATGtt > 1:1059966/1‑148 (MQ=255)
ttttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TGTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAAGAAAAAAAAACAAAATCGAAGTaaa > 1:2226369/1‑149 (MQ=255)
ttttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TGTTTTTAATTTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCATGTaaa > 2:440891/1‑149 (MQ=255)
ttttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGACATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTaaa < 1:1918838/149‑1 (MQ=255)
tgtgTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACt < 2:3227351/149‑1 (MQ=255)
gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTa < 1:1241132/149‑1 (MQ=255)
tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTTTAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGGACGaa > 2:3592164/1‑149 (MQ=255)
tCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGt < 2:4776370/149‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGtt < 1:1304658/149‑1 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAAAAAAAATCGATTTAAAGCAAAAATTTTaa > 2:1977882/1‑149 (MQ=255)
gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTAAAAAAAAAATAAAAAAAAACAAGACAAAAGCGAAGTAAACCACAAAGTTTAAATTgcg > 2:3472149/1‑149 (MQ=255)
ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAGTAAAAAATACAATAAAGATGTAAAGCACTAATTTTAAAttttgc > 2:4582320/1‑145 (MQ=255)
ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATATAAAAAATAAATAAAAAAAATAAAGACAAAATAGATGTTAATCACTAACTTTTAAtttaga > 2:181914/1‑145 (MQ=255)
ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAAATTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAAAAACGATGGAAAGCACAAATTTTAAATTgcgc > 2:181238/1‑149 (MQ=255)
ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAAATTATAAAAAAATTAAAATAAATAAAAAAAAAAGAGATTTAAAGCACAAAGTTTAAATTgagc > 2:1985975/1‑149 (MQ=255)
gAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTTATTTATAAAATAATTCAAATTAATAAAGACAAAAGCGATGTTAATCACGGAGTTTAAAATgcggg > 2:1007166/1‑147 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAAGAAAACAAAAAAAAAACGATTTAAAGCACGAAGTTTTAATTTAGCGcc > 1:4724858/1‑149 (MQ=255)
atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TGTTTTTAATTTTTAAAATAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGATTTAAATAACGAAGTTTAAATTTCGCGCCaca > 1:4209927/1‑147 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCa < 2:1769911/149‑1 (MQ=255)
taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAAATCAAATAAATCAAGACAATAGAGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCAt > 2:1152747/1‑149 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATgg < 2:2409905/149‑1 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATgg < 2:2475253/149‑1 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGAATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATgg < 2:2411959/149‑1 (MQ=255)
agcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAAATTATAAAATAAATAAAATAAATCAAGAACATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCCCAGCATGGCGCGcaca > 2:346700/1‑149 (MQ=255)
caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAATAAAGAAAAAAAACATGTAAATCACTAATTTTAAATTTAGCGCCAATAAAGGCGCGCACaaa > 2:521502/1‑148 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAAATTATAAAAAAAATCAAAGAAATAAACACAAAATCGAAGTAAAGCACGAAGTTTAAATTTCGCGCCAAACAATGCGCGCACaaac > 2:2328539/1‑147 (MQ=255)
agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCt < 2:2280258/149‑1 (MQ=255)
agcaTTTATGTGGATTGTATTTTTCTTTCGACCTTTGATTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCt < 2:4585987/149‑1 (MQ=255)
gcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAATTAATAAATACAAAAGCGATTTAAAGCACGAATTTTTTATTGCGAGCCAATAATTTCGCGCACAAgaga > 2:3573069/1‑146 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtata < 2:734376/149‑1 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtata < 2:2289014/149‑1 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATATCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGAGCGCCAATCATGGCGCGCACAACCtata > 2:2330286/1‑149 (MQ=255)
atttTGAATTTATTTTTCGTTCTACGTTTGATTATAAATAACAGTCT‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc < 1:2635221/149‑1 (MQ=255)
tttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCT‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAcc < 2:3244638/149‑1 (MQ=255)
tttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TGTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAACAAAAACGAATTAAAAAACAAAGTTTTAATTTAGCGCCAAACAGTGGGCGCCCAACCAaaaataac > 1:1559799/1‑147 (MQ=255)
ggAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAGAAATAAATAAAATATCGATGTAAAGCACAAAGTTTAAATTTAGCGCCAAAAAATGCGCGCACAATCGATAAAACCAAc > 2:3514398/1‑149 (MQ=255)
ggAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAGAAAAAAAAACAAAATCGATTTAAAACACAAATTTTAAAATTGGCGCCAATAAATGCGCGCCCAACCTataaaaaacac > 2:237121/1‑142 (MQ=255)
gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 2:1813477/149‑1 (MQ=255)
tttATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTaa < 2:432519/147‑1 (MQ=255)
tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTaa < 2:4551998/149‑1 (MQ=255)
gTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 2:3816174/149‑1 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 2:3627603/149‑1 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAGAAAACAATAAAAAAAAGAAGTAAATCACAAAGATTAAAATTAGCCCCAAACATTGGGCGCACAACCAAAAATAAAAAACAAAttta > 2:4131156/1‑148 (MQ=255)
ttggtcgtgcgACCTTGGCTTATACATAACCGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 1:320088/145‑1 (MQ=255)
ttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTGT‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtct < 2:1205532/149‑1 (MQ=255)
gttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAAATTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATTTAAACCACAAACTTTAAAATTCGCGCCAATAATGGCGCGCACAACCGAAAATAACAACCAAAATActccacc > 2:64704/1‑149 (MQ=255)
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tGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 1:3719666/149‑1 (MQ=255)
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tataCATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 1:2700781/149‑1 (MQ=255)
taCATAACAGTCT‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGAACTAAGTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACtata < 1:2054443/149‑1 (MQ=255)
aaaTAACAGTCT‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTatat < 1:3018226/147‑1 (MQ=255)
cATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtc < 2:4255425/149‑1 (MQ=255)
aCAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAATAAAATAGCGATTTAAATCACAAAGTTTAAATTTAGGGCCAAACATTGCGCGCACAAACTATAATAACAAACAAATTTATAAAACTCTTAGTGTTTCTatatatact > 2:284488/1‑144 (MQ=255)
gTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAAACAAGAAAAAATCGATGTAAATCACTAAGTTTATATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTAAAATAACAACCTAATTTCTACTACTCTTAGAGTGACTATATATCCTGAt > 2:3002043/1‑149 (MQ=255)
gTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAAAATCGATGTAAATCACAAATTTTAAATTTCGCGCCCATCAATGCGCGCACCAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCGATTAGAGTGTATATATATCCTGAt > 2:660144/1‑149 (MQ=255)
tCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAAACAAGACAAAAGCGATGTAAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCAAAATTCTCCTCCACTTAGAGTGACTATATCTCCTGATa > 1:703982/1‑149 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 2:3835433/1‑149 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 1:2834485/1‑149 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt < 1:1048289/149‑1 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt > 1:1491048/1‑149 (MQ=255)
ttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 1:3319511/149‑1 (MQ=255)
tttAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc < 1:911349/149‑1 (MQ=255)
tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc < 2:4483500/149‑1 (MQ=255)
tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATCGCGATTTAAAGCACTAAGTTTAAATGGCGCGCCAATCAGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCgg < 1:2106447/149‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 2:3058226/1‑149 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 1:3158892/1‑149 (MQ=255)
aaTTTAAAAAATAATACAAATAAATCAAGAAAATAGCTATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt < 1:3808060/149‑1 (MQ=255)
tttATAATATAATTCAAAGAAATCAAGACTATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt < 1:4521971/149‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt > 1:167007/1‑149 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt < 2:946441/149‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCTATGTAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt < 1:4521982/149‑1 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt < 1:3472149/149‑1 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt < 1:2117587/149‑1 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCGCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt < 1:3471735/149‑1 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa < 1:2528510/149‑1 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc < 2:1956086/149‑1 (MQ=255)
taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 2:2747477/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:873426/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATATCCTGATAGAATTGCGGTATTGTCTATCaa > 2:2533495/1‑149 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa > 2:2599912/1‑149 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 2:4696372/149‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 1:1980623/149‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:1344078/1‑149 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:824242/1‑149 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 2:53524/149‑1 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:494393/1‑149 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:1715055/1‑149 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 1:3702811/1‑149 (MQ=255)
aaaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGa < 2:2111382/149‑1 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt > 1:2134255/1‑149 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt > 2:2929455/1‑149 (MQ=255)
aaTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt > 2:2071085/1‑149 (MQ=255)
aTCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAtt < 2:1102352/149‑1 (MQ=255)
tCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTc > 2:1833761/1‑149 (MQ=255)
|
TCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTC > CP009273/2463767‑2464062
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
