Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A28 F60 I1 R1
|
11 |
82.5 |
2813942 |
99.0% |
2785802 |
138.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,815,883 |
+C |
coding (667/687 nt) |
rph ← |
truncated RNase PH |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,815,879 | 1 | . | C | 96.1%
| 177.1
/ ‑0.5
| 51 | coding (671/687 nt) | rph | truncated RNase PH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (18/31); total (20/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
CAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTC > NC_000913/3815741‑3816012
|
cAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGgattcgatt‑c < 1:1107376/140‑1 (MQ=255)
aTAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑c‑c‑c > 2:944835/1‑140 (MQ=255)
gcgcTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGc < 1:190897/140‑1 (MQ=255)
tGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCaga < 2:1098092/140‑1 (MQ=255)
gagacagTTTCATGCCTTCGCTACTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCagag < 1:458184/134‑1 (MQ=255)
gATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCagag < 2:765060/140‑1 (MQ=255)
tatGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGcc < 2:697518/140‑1 (MQ=255)
atGGTTTCATGCCTTCGCTCCTTATCTTACTTTTCCACACACAAAAAAGAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCca < 2:438709/140‑1 (MQ=255)
atGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCca < 2:734430/140‑1 (MQ=255)
ttCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAg < 1:1213391/140‑1 (MQ=255)
ttCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAg < 2:1382310/140‑1 (MQ=255)
ttCATGCCTTCGCTCCCCATCTGACTTTTCTACAGTCAAAAAAAAGGCCACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAg < 2:644584/140‑1 (MQ=255)
tCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACTATGGATTTGATC‑C‑CACCTCGGTCCAGAGCCAACAAGa > 1:417353/1‑140 (MQ=255)
aTGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATg > 2:905520/1‑140 (MQ=255)
aTGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑CAC‑CATCGGGCTAGAGCCAACAAGATg > 1:644584/1‑140 (MQ=255)
tGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGa < 1:563804/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCACGGGTCAGAGCCAACAAGATGAg < 1:944835/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAg < 1:1363269/140‑1 (MQ=255)
cGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATGCGAAT‑C‑CACCTCGGGCGAGAGGCAACAAGATgctgtctc > 2:458184/1‑133 (MQ=255)
ctcATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCa > 2:860720/1‑140 (MQ=255)
cTTTTCTACAGACAAAATAAAGTCGACTCATAAGTTGCCTTAAAAATCTGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAAc < 2:417353/140‑1 (MQ=255)
tCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCt > 1:1295631/1‑140 (MQ=255)
cTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGGTTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTc < 1:897210/140‑1 (MQ=255)
aCAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGc > 1:154472/1‑140 (MQ=255)
cAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGcc < 2:1295631/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCg > 1:1184215/1‑140 (MQ=255)
aGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTccc < 1:713079/140‑1 (MQ=255)
aGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTccc < 2:1184215/140‑1 (MQ=255)
ggCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTcccc > 1:168456/1‑140 (MQ=255)
cGACTCATCAGTCGCCTTAAAAGTCAGTTTGGCAGGGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTg < 2:616818/140‑1 (MQ=255)
cGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTg < 2:168456/140‑1 (MQ=255)
aCTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCa < 1:997322/140‑1 (MQ=255)
aCTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGGGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCa > 1:596886/1‑140 (MQ=255)
tcaGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCa < 1:905520/140‑1 (MQ=255)
ccTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAAGGGCTCGCTTTCAGCAGTCCCCGGCACTTCAATGATgc > 1:396256/1‑140 (MQ=255)
ccTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATgc > 2:1080064/1‑140 (MQ=255)
ccTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATgc > 2:1009272/1‑140 (MQ=255)
ttAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCa > 2:795965/1‑126 (MQ=255)
ttAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCa < 1:795965/126‑1 (MQ=255)
aaaaaTCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCGCGCCTTCCGCCCGCGCCTGCACTTCAATGATGCGccc > 1:667469/1‑140 (MQ=255)
cAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTc < 1:860720/140‑1 (MQ=255)
aGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg > 2:827262/1‑140 (MQ=255)
ttGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtc > 2:153606/1‑140 (MQ=255)
tGCCAGCGCCGCCTTCTTCGTCCCTACAATGCATTCGATTCC‑C‑CCTCGCGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtca < 2:396256/140‑1 (MQ=255)
gcgcCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACt < 2:154472/140‑1 (MQ=255)
cgccgcCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACt > 2:1392502/1‑139 (MQ=255)
cgccgcCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACt < 1:1392502/139‑1 (MQ=255)
cgccgcCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACt > 2:1345424/1‑139 (MQ=255)
cgccgcCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACt < 1:1345424/139‑1 (MQ=255)
gCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCg < 1:153606/140‑1 (MQ=255)
cAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCg > 1:1224517/1‑140 (MQ=255)
cAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCg > 1:157899/1‑140 (MQ=255)
ggATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCag < 1:1009272/140‑1 (MQ=255)
ggATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCag < 2:1224517/140‑1 (MQ=255)
tcgattcC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAATAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGACTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTc > 1:945329/1‑140 (MQ=255)
|
CAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTC > NC_000913/3815741‑3816012
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
