Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,906 |
C→A |
20.9% |
Q433K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,906 | 0 | C | A | 20.9%
| 549.0
/ 25.5
| 215 | Q433K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/109); new base A (53/2); total (104/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-19 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TTGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463757‑2464055
|
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tGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCa < 1:4208689/150‑1 (MQ=255)
tagtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCaaa < 1:1106035/150‑1 (MQ=255)
tagtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCaaa > 2:848265/1‑150 (MQ=255)
tagtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATaaaa > 1:765263/1‑150 (MQ=255)
agtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAg < 2:3372843/150‑1 (MQ=255)
gtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa > 2:2459763/1‑150 (MQ=255)
tctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTaaaattaaaaa > 2:1605068/1‑143 (MQ=255)
ttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAATAAATC‑AAGaaa > 2:2057375/1‑148 (MQ=255)
gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATa > 2:1450518/1‑150 (MQ=255)
aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAg < 1:669871/150‑1 (MQ=255)
aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAATAAATA‑AAAACAAAAg > 1:1347805/1‑150 (MQ=255)
tatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCg < 1:3412110/150‑1 (MQ=255)
tatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCg < 2:4070536/150‑1 (MQ=255)
atCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAATA‑AAGACAATAgaga > 1:2987346/1‑150 (MQ=255)
cAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTa < 2:467512/150‑1 (MQ=255)
aaTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAAACAAAATCGATGTaa > 2:872688/1‑150 (MQ=255)
aTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAAAC‑AAGACAAAAGCGATTTaaa > 1:273288/1‑150 (MQ=255)
aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACt > 2:4608842/1‑150 (MQ=255)
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gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTaa < 2:47527/150‑1 (MQ=255)
tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAATA‑AAAACAAAAGCGATGTAAATCACAAAg > 1:1774655/1‑150 (MQ=255)
tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTCAAAAAAATA‑AAGACAATATCGAAGTAAAGCACTAAg > 1:2942780/1‑150 (MQ=255)
gtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGt > 2:4162481/1‑150 (MQ=255)
gtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAATA‑AAGACAAAAGAGATGTAAAGCACTAAGt > 2:1373383/1‑150 (MQ=255)
tCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGtt < 1:2457593/150‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACAAAGttt > 2:2664652/1‑150 (MQ=255)
aTTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATA‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTa > 2:3223965/1‑150 (MQ=255)
tCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAAAC‑AAGACAAAAGCGATGTAAAGCACGAAGGTTAAAttt > 1:3458524/1‑149 (MQ=255)
ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATTAAATAATTAAAATAAATA‑AAGAAAAAAGCGATTTAAAGCACAAATGTTAAAATggg > 1:4482686/1‑148 (MQ=255)
aaGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATA‑AAGAAAAAATAGATGTAAATCACAAAGTTTAAATTGAGCGcc > 2:2085460/1‑150 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAA‑AATACAAAAGAGAAGTAAAGAAAAAATTTTAAATTTAGCGCCa > 1:1368503/1‑150 (MQ=255)
tataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCa < 1:1007586/150‑1 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCAt < 1:3052464/150‑1 (MQ=255)
agagATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATA‑AAGACAAAAACGATGTAAATCACTAATTTTAAATTTCGCGCCAATCATgg > 2:1842839/1‑150 (MQ=255)
agagATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAGAAATC‑AATACAATAGCGATGTAAATCACGAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCAAgg > 2:2495319/1‑150 (MQ=255)
gataTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgc < 2:3021669/147‑1 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgc < 1:3929371/150‑1 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgc < 2:3021626/150‑1 (MQ=255)
agaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTAATTATAAAATAAATCAAAGAAATA‑AAGAAAAAAGCGATGTTAAACACTAAGTTTAAAATGAGCGCCAAtaaatgcg > 2:1609677/1‑143 (MQ=255)
agaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATC‑AAGAAAAAAGCGAAGTAAAGCACTAATGTTTAATTTCGCGCCAATCATGgcg > 2:2275258/1‑150 (MQ=255)
gaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATA‑AAGACAAAAGCGGTGTAAAGCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCATGgcgc > 2:4417185/1‑150 (MQ=255)
gaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAGAAATC‑AAGACAAAAGCGATGTAAAGCACAAATTTTAAATTTCGCGCCAATCATGgcgc > 2:4078080/1‑150 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAATAATTAAAAGAAATA‑AAGACAAAAGCGATGTAAAGCACTAAATTTTAAATGCGCGCCAAACATGgcgcg > 2:2007323/1‑150 (MQ=255)
agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCta < 1:2958720/150‑1 (MQ=255)
agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCta < 1:2066288/150‑1 (MQ=255)
gcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtat < 2:3400920/150‑1 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa < 1:2631297/150‑1 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa < 1:2631260/150‑1 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAAAA‑AATACAAAAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCATTGCGCGCACAAGCTataa > 2:2409546/1‑150 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATATATAAAATAAATAAAAGAAATC‑AAGACAAAAGCGAAGTAAAGCAAAAAGTTTAAATTTCGCGCCAATAATTGCGCGCACAAGCTataa > 2:2210530/1‑150 (MQ=255)
ttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATC‑AAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataata > 2:2939653/1‑150 (MQ=255)
ttatttGGAATGTATTTTTAGTTCGACCTTTTCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:3800326/150‑1 (MQ=255)
tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc > 2:3064671/1‑150 (MQ=255)
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ggAATGTATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 1:2377016/150‑1 (MQ=255)
gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCt < 2:3279629/150‑1 (MQ=255)
aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATAAAAATAAAAC‑AAGAAAAAAGCGATGTAAAGCAAAAATTTTAAATTTCGAGCCAATCAAGGCGCGCCCAAACAATAATTCCAACCTa > 1:1529196/1‑150 (MQ=255)
tATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAAAA‑AAGACAAAAGCGAAGTAAAGCACAAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCAAGGCGCGCCCAAACAAAAATAAAAACCAAAatt > 1:3862357/1‑150 (MQ=255)
aTTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 2:4245727/150‑1 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAATAAATC‑AAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATAATGGCGCGCACAAGCTATAATAACAACCTAAtttat > 2:717753/1‑148 (MQ=255)
gttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcct < 1:4295412/150‑1 (MQ=255)
gttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAAAC‑AAGACAATAGCGATGTTAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAAACAAGGCGCGCACAAGCAATAATACCAACCTAATTTcacctcct > 2:3460759/1‑150 (MQ=255)
gttcgAACTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcct < 2:4022506/150‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCtt < 2:1572723/150‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCtt < 2:1572663/150‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATA‑AAGACAAAAGCGATGTAAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCACTCAATGCGCGCCCAAGCGATAATAACAACCGAATTTATCCACCGCtt > 1:324780/1‑150 (MQ=255)
gACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTa < 2:4215199/150‑1 (MQ=255)
cTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAATC‑AAGACAAAAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAATTCGCGCCAAAAATGGCGCGCACAAGCTAAAATACCAACCTAATTTATACTCCTCTTagag > 2:651463/1‑150 (MQ=255)
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ttATACATAAAAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 2:4283445/150‑1 (MQ=255)
ataCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACtata < 1:1949368/150‑1 (MQ=255)
taCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTGAAAGAAAAA‑AATACAAAAGCGATTTAAAGCACAAAGTTTAAAATTCGCGCCAATAATGGCGCGCACAAGCTATAATAACAACCGAATTTATACACCACGTATAGTGAcaaaaa > 2:885702/1‑145 (MQ=255)
cATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtct < 2:1774655/150‑1 (MQ=255)
cATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtct < 2:1223224/150‑1 (MQ=255)
aTAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtctc < 1:1923822/150‑1 (MQ=255)
tAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTcc < 1:950879/150‑1 (MQ=255)
aaCAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCt < 2:173578/150‑1 (MQ=255)
gTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATa < 1:720773/150‑1 (MQ=255)
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tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataa < 1:3636288‑M1/150‑47 (MQ=255)
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aaaaTAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 2:2814171/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 2:2299550/1‑150 (MQ=255)
aataatTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc < 2:3949197/150‑1 (MQ=255)
aataatTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 1:651367/1‑150 (MQ=255)
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aatTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa > 2:2702974/1‑150 (MQ=255)
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atTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 1:1015328/150‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg > 1:319189/1‑150 (MQ=255)
ttCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg > 2:2587931/1‑150 (MQ=255)
|
TTGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463757‑2464055
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
