Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F26 I0 R1
|
94 |
331.7 |
11075696 |
93.7% |
10377927 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,906 |
C→A |
23.5% |
Q433K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,906 | 0 | C | A | 23.5%
| 352.8
/ 31.1
| 148 | Q433K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/67); new base A (36/4); total (77/71) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-09 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
TTGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463757‑2464055
|
ttGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTc < 1:3349358/150‑1 (MQ=255)
agtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAg < 2:1105118/150‑1 (MQ=255)
gtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 1:4194979/150‑1 (MQ=255)
gtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 2:4299224/150‑1 (MQ=255)
gtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 2:4298810/150‑1 (MQ=255)
taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaa < 2:2288025/150‑1 (MQ=255)
taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaa < 1:3673330/150‑1 (MQ=255)
taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATTAAAAAATTAaaaaaa > 1:2566100/1‑150 (MQ=255)
tctcTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTAtaaaaaaaataaaaaaaaa > 1:3559586/1‑149 (MQ=255)
tctcTGTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAAt < 2:3413648/150‑1 (MQ=255)
ctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTAtaaaaaaaataaaaaaaaaaaa > 1:3292256/1‑146 (MQ=255)
tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAg < 1:3984082/150‑1 (MQ=255)
tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAg < 1:3983986/150‑1 (MQ=255)
ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGa < 1:696492/150‑1 (MQ=255)
tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAc < 1:2469075/150‑1 (MQ=255)
tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTAAAATAATTAAAAGAAAAAAATACaa > 2:2180150/1‑150 (MQ=255)
tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTTTTTTTATAataaataaaataaataaaaaaaa > 1:1529590/1‑145 (MQ=255)
ctatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGc < 1:3018582/149‑1 (MQ=255)
tttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTTTTAAATTATTAAAATAAATAAAAACAAAATCGCTG‑Ttaata > 2:586350/1‑148 (MQ=255)
ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCa < 1:3419643/150‑1 (MQ=255)
gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTaa < 2:3150875/150‑1 (MQ=255)
tttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTaa < 2:2742688/150‑1 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTaaa < 1:1760514/150‑1 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAATAAATACAAAATAGATG‑TAAATCACTAAGTTTaaa > 2:4152162/1‑150 (MQ=255)
tCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTg < 2:3587495/150‑1 (MQ=255)
tCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTg < 2:3587430/150‑1 (MQ=255)
ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTAATTATAAAAAAATTAAAAAAAAACAAAACAAAAAAGATG‑TAAATCACAAATTTTTAAtttag > 1:905276/1‑147 (MQ=255)
ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAAAAAATACAAAATAGATG‑TTAATCAATAATTTTAAAtttag > 2:5485385/1‑147 (MQ=255)
gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAAACAAGACAAAATCGAAG‑TAAAGCACAAAATTTAAATTtcgc > 2:875271/1‑150 (MQ=255)
gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAATAAAAAAATACAAAAGAGATG‑TAAAGCAAAAATTTTAAATTtcgc > 2:2956245/1‑150 (MQ=255)
ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAATAAAATATAGTTG‑TTAAGCAATAAGTTTATAtttaggg > 2:3227704/1‑145 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCa < 2:88611/150‑1 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTAAAATAATTAAAATAAATAAAAACAAAATCGATT‑TAAAGAACACAGTTTAAAATGATCGCCaca > 2:1010432/1‑148 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAATAAATACAAAAGAGATG‑TAAAGAAAAAAGTTTAAATTTAGCGCCaaa > 2:1010312/1‑149 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAGAAAAAAAAAAAAAATCGATT‑TAAAGGACAAATTTTTAATTTAGAGCCAATCaa > 1:356803/1‑149 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATAAAAAGAAAAAAAGAAAATATCGATG‑TAAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCCAACAt > 2:743027/1‑150 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTGTTTTTTTAAAATAATTAAAATAAATAAATAAAAATTCGATT‑TCAATCACAGAGTTTTTATTTGGCGCCAATCATGgc > 2:660414/1‑150 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgcgcg < 1:5295626/150‑1 (MQ=255)
tAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAAACAAAAAAATAGAGATT‑TAAAGAACAAATTTTAAATTTAGCGCCAAACAATGCGCGcac > 2:824956/1‑150 (MQ=255)
tttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAATTAAAAAAAATAAAGAAAAAAACGATT‑TAAATCACTAAGTTTAAAATTAGCGCCCAACAAGGCGCGCACAAGcaaaaaa > 1:359513/1‑144 (MQ=255)
tatttGGAATTTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc < 2:2556497/150‑1 (MQ=255)
tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTTTAAAATAAATAAAATAAAACAAGACAATAGAGATG‑TAAAGCCATAAGTTTTAAATTAGCGCCCAACAATGCGCCCCCAAGCTataaaaa > 2:3898578/1‑147 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAAATAATCAAGACAAAAACGAAT‑TTAAGCACTAATTTTAAATTTCGCGCCACTAATTTCGCGCACAATCTATAATAcc > 2:3469202/1‑150 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATTAATAAATACAAAAGCGATG‑TAAATCACGAAGTTTTAATTTGGGGCCCATAATGGCGCGGACCCGCCAAAATAcc > 2:3606211/1‑150 (MQ=255)
tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAAAAAAAAAAAAAGCGATG‑TAAATCACAAAGTTTAAAATTCGCGCCAATAATGGCGCGCACAAACCATAAAAACaaa > 2:4370022/1‑149 (MQ=255)
aTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTaa < 2:4028368/150‑1 (MQ=255)
aTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAATAAAAAAAAAAACCAAG‑TAAATCACAAATTTTAAAATTAGCGCCAATAATGGCCCGCCCAAACGATAAAAACAACCaaa > 2:2492634/1‑150 (MQ=255)
tGTATTTTTCGTTGGAAGTTGTGTTATACTATACAGTGGTTTTTTTTATTTATAAAATATTAAAAATAAATATAGAAAATAGCGATG‑TAAAGAAATAAGTTTATTTTGGGCTCCATTAATGGCGAGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 1:1203619/150‑1 (MQ=255)
tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACTGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATATTTCAAAGAAATCAAGAAAATAGCGATG‑TAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 1:1057217/150‑1 (MQ=255)
tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAACAAATAAATACAAAAGCGATG‑TAAATAACAAAGTTTAAATTGAGCGCCAAACAATGCGCCCACAAGCAAAAAAAACAACCaaaa > 2:2844882/1‑149 (MQ=255)
tGTATTTTTAGTTCGACCTTTGCTTATACAAAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAATACAATAGCGATG‑TAAAGAAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 2:45018/150‑1 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtct < 1:5038396/150‑1 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTAGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtct < 1:2627732/150‑1 (MQ=255)
tcgACCTTTGCTTATAAATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 2:2566100/150‑1 (MQ=255)
agACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATATAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCAAAAGCGCTT‑TAAAAAACAAAGTTTAAAATTCCCGCCAATCCTGTGGAGCACAAGCTATAAAACAAAACCAATTTCTGCACATCtt > 2:2680353/2‑150 (MQ=255)
gACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTa < 2:1161446/150‑1 (MQ=255)
acatttGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:1220415/147‑1 (MQ=255)
aCCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:4135074/150‑1 (MQ=255)
ttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 2:5334432/150‑1 (MQ=255)
gCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGAc < 2:2395278/150‑1 (MQ=255)
tttATAAATAACTGTTTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGAAAATAGCGATT‑TAAAGAACTATTTTTAAATTGCGCGCCAATCTGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACt < 1:1889995/149‑1 (MQ=255)
cTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACt < 2:3577883/150‑1 (MQ=255)
ttATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 2:3668898/150‑1 (MQ=255)
ataCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACtata < 2:2290738/150‑1 (MQ=255)
aCATAACAGTCGTTTTTTTTAATTATAAAAAAAATAAAAGAAATAAACAAAAAATCGATGTTAATACAAAACTTTTAAATTGC‑CGCCAAAAATTGGGCGCACCAGCAATAATAAAAACCAAATATATACACCACTTATCGTGTCTatata > 2:3820185/1‑149 (MQ=255)
aaCAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCt < 2:187095/150‑1 (MQ=255)
aaCAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCt < 2:4880465/150‑1 (MQ=255)
aGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAAAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATAATGGCGCGCACAAGCTATAATAACAACCAAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGAt > 2:5253883/1‑150 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:995513/1‑150 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:995607/1‑150 (MQ=255)
gTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 2:3499875/1‑150 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAtt > 2:5419969/1‑150 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 2:2465036/150‑1 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 2:2950249/150‑1 (MQ=255)
tttttAATTTAAAAAATAATACAAAGAAATCAAGACAATATCTATG‑AAAAGAACAAAGTTTAAATTGCGAGCCACTCATGGCGCGCACAAGCAATAATACAAAACTAATATCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTACAGATATAATTg > 1:3295753/1‑150 (MQ=255)
tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg > 2:2023343/1‑150 (MQ=255)
ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCgg > 2:5114436/1‑150 (MQ=255)
ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCgg > 2:123785/1‑150 (MQ=255)
tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 1:1293596/1‑150 (MQ=255)
tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt < 1:1705792/150‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa < 2:3246476/150‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:5234623/1‑150 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:3128456/1‑150 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATATCTCCTCCTCTGAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:5320705/1‑150 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg < 2:4479678/150‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg < 2:1714028/150‑1 (MQ=255)
tataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 1:4832780/1‑150 (MQ=255)
tataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 1:4832747/1‑150 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 1:499807/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 2:439593/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:989168/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt < 2:1471821/150‑1 (MQ=255)
aataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc < 1:5281479/150‑1 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 1:2105626/1‑150 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAGTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 1:2139050/1‑150 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 2:3576636/150‑1 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 2:2009453/1‑150 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCATCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGAGGTATTGACTATCAAATga > 1:3754072/1‑149 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:276255/1‑150 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:1404446/1‑150 (MQ=255)
|
TTGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463757‑2464055
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
