Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,906 |
C→A |
23.8% |
Q433K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,906 | 0 | C | A | 23.8%
| 152.1
/ 16.9
| 75 | Q433K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/39); new base A (14/6); total (30/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463758‑2464055
|
tGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAATAAATCa > 2:4241659/1‑150 (MQ=255)
gtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTATTTTTTAAAAAAAATaaaata > 1:2441104/1‑148 (MQ=255)
ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTAtaaaaaaaataaaaaaaaaa > 1:4246751/1‑148 (MQ=255)
tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAAataaaataaaaaaaaaa > 2:1696467/1‑143 (MQ=255)
tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAGaaaa > 2:956003/1‑150 (MQ=255)
tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAACaa > 2:2916345/1‑150 (MQ=255)
ggAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAt < 1:2593804/150‑1 (MQ=255)
gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATa < 2:4229282/150‑1 (MQ=255)
gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAACaaaa > 1:454671/1‑148 (MQ=255)
atCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 1:2868048/150‑1 (MQ=255)
atCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 1:2869296/150‑1 (MQ=255)
aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACt < 1:1967409/150‑1 (MQ=255)
gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTaa < 1:676391/150‑1 (MQ=255)
tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAg < 2:1433458/150‑1 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaaa < 1:812258/150‑1 (MQ=255)
tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAt < 1:3686873/150‑1 (MQ=255)
tCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAGCTGTAAAAAACtaaatttaaattt > 2:4176047/1‑149 (MQ=255)
ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTgcgcg < 2:998707/150‑1 (MQ=255)
aaGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAGCCAATTAAATCACAAAGTTTAAATTGAGCG‑cc > 2:2766077/1‑150 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCa < 1:496737/150‑1 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTAAAAATAAATAAAATAAAAAAAAAAAAAATCGAAGTAAAAAACTAAAGTTAAATTTGGCG‑CCaca > 2:3197466/1‑148 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAAt < 2:1469408/150‑1 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAAAAAAAACAAAAGCGATGTAAATAAATAAGTTTAAATTGAGCG‑CCAAt > 2:764046/1‑150 (MQ=255)
agaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAATAAATAAAAAAAAAATAGAATTAAATCAAAAAGTTTTAATTTAGCG‑GCAAACAAGgcg > 2:4645283/1‑150 (MQ=255)
agcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTAATTTTAAAAAAATTAAAATAAATAAATACAAAATCGAGGTAAAACACTAAGTTTAAATTTCGCGCCCAAACA‑GGCGCGCACaa > 2:2641296/1‑150 (MQ=255)
agcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCATGTAAAAAAAAAAAGTTAAATTTAGCG‑CCCAACAAAGCGCCCACaa > 1:4782734/1‑150 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAAATCAAATAAATCAAGACAAAAGAGATGTAAAGCACAAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCAATGCGCGCACaac > 2:2386608/1‑149 (MQ=255)
ttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAATAAAGACAATAACGAATTAAAGAACAAAGTTTTAAATTAGCG‑CCAATAAATGCGCCCACAAACAAAAAAACCaa > 2:3485516/1‑150 (MQ=255)
ttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAAAAATAAATAAAAAAGCGAAGTAAAAAAAGAAGTTTAAATTTCTCG‑CCCAACAAGTCGCGCCCAACCAagaataaaaa > 2:3484289/1‑146 (MQ=255)
tgtattttATTTTTCGTTCGACCTTTGATTATAAATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAc < 1:1932529/143‑1 (MQ=255)
tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTATGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAc < 1:1578662/150‑1 (MQ=255)
ggATTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTATTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGTTGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 2:2582632/150‑1 (MQ=255)
ggAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTGGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 2:152928/150‑1 (MQ=255)
aTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGAAGTAAATGACCAAGTTTAAAATTTGCG‑CCAAGAACGGGGCGCCCAACCAAAAAAAACAACCaaa > 1:4356341/1‑150 (MQ=255)
ttATTTTTCGTTCGACCTTTGATTATAAATAACTGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAAGACAATAGCGTTGTAAAGCAATAATTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 1:2236936/149‑1 (MQ=255)
gTATTTTTCGTTCGACATTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 1:3541199/150‑1 (MQ=255)
tATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 2:550221/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTCGTTCTACATTTGATTATACATAACATTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGAACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 1:1066924/150‑1 (MQ=255)
tttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 2:3198516/150‑1 (MQ=255)
tttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 2:3197930/150‑1 (MQ=255)
ttcgttctACATTTGATTATAAATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAATACAATAGCTATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcct < 1:4349162/150‑1 (MQ=255)
ttcgttcgACCTTTGATTATACATAACTTTCTTTTTTTTAATTTATAAAATATTAAAAATAAATAAAGACAATAGCGTTTTAAAGCAATAATTTTAATTTGCGCG‑CCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcct < 1:1289896/150‑1 (MQ=255)
cgttctACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGAAATAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 1:4698177/150‑1 (MQ=255)
cgttcgACCTTTTCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 1:4698169/150‑1 (MQ=255)
gttcgACTTTTTATTATACATAACTGTATTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGACAATAGCTTTTTAAAGAACTATTTTTAAATTGCGCG‑CCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcct < 1:4508345/150‑1 (MQ=255)
gttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATGGCGCG‑CCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcct < 1:4319994/150‑1 (MQ=255)
tctacttttGATTATACATAAAATTATTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGAAAATAGCGATTTAAAGCAATAATTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 1:2536181/144‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CAAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCtt < 2:454671/150‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCtt < 2:2888215/150‑1 (MQ=255)
acatttGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTATGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:3073903/147‑1 (MQ=255)
tGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGa < 2:4319970/150‑1 (MQ=255)
tGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGa < 2:4318847/150‑1 (MQ=255)
ttATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 2:2728573/150‑1 (MQ=255)
ttATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 2:297751/150‑1 (MQ=255)
taCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTAAAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATTTAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTatat < 1:3038940/150‑1 (MQ=255)
aGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAAACAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCAATAATACCAAACTAATTTCTCCTCCTCTTAGATTTACTATATATCCAGAt > 2:2418306/1‑150 (MQ=255)
aGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAAACAAAAAAATATCGATGTAAAGCACAAAGTTTAAATTTCGCG‑CCAAAAATTGCGCGCAAAACATATAAAAACAAACAAATTTCTACAACAATTAGAGTTAAAATATAACCTGAt > 2:4293806/1‑150 (MQ=255)
tcttttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAAAATAGCTATTTAAAGCAATAATTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAg < 1:2132144/147‑1 (MQ=255)
acttttttttAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAATAAAATAGCTATGAAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCAGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAg < 1:9857/147‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:4650759/1‑150 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:4650725/1‑150 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAtt < 1:4241659/150‑1 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAtt > 2:4633646/1‑150 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg > 1:1629364/1‑150 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 2:3475749/150‑1 (MQ=255)
tttAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAATACAATACCGATGTAAATCACTAATTTTAATTCCCGCG‑CCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg < 1:614506/150‑1 (MQ=255)
tAATTTAAAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt < 1:3372524/150‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt > 1:963784/1‑150 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 2:2383416/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 2:2017082/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 2:2037725/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 2:2037727/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 2:2037761/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 2:54635/1‑150 (MQ=255)
aataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 1:885033/1‑150 (MQ=255)
aataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 1:884895/1‑150 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 2:3193930/150‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 1:3099535/150‑1 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:534323/1‑150 (MQ=255)
|
TGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463758‑2464055
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
