Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F142 I0 R1
|
859 |
274.6 |
8723680 |
96.4% |
8409627 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,906 |
C→A |
21.6% |
Q433K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,906 | 0 | C | A | 21.6%
| 221.0
/ 20.0
| 115 | Q433K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/68); new base A (22/7); total (40/75) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463768‑2464055
|
ctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAtaaataaa > 2:2301976/1‑150 (MQ=255)
tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAc < 2:4253089/150‑1 (MQ=255)
ttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACa < 1:561427/150‑1 (MQ=255)
tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATTAAAAAATTAAAAGAAATAAAGaaaa > 1:140890/1‑150 (MQ=255)
ggAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAt < 2:3632165/150‑1 (MQ=255)
gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATa < 2:3653568/150‑1 (MQ=255)
aTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG‑ATGTaaa > 1:2090012/1‑150 (MQ=255)
ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCa < 2:3693429/150‑1 (MQ=255)
ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAAACAAAATCG‑ATGTAAATCa > 2:1057150/1‑150 (MQ=255)
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gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAATAATAAAAAGAAAACAAAAAAAAAACG‑ATGTAAAGAACaaa > 2:2315783/1‑150 (MQ=255)
tCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGtt < 2:826789/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATTAAATAATTAAAAGAAATAAAGACAATATAG‑ATGTAAAGAACAAATTTTa > 2:2307041/1‑150 (MQ=255)
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cGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTgc < 1:3687493/150‑1 (MQ=255)
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gAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAATAAATAAAAAAAAAAGCG‑ATTTAAAGCACAAAGTTTAAATTtagcgc > 2:2019362/1‑150 (MQ=255)
gAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAACAAAAACG‑AAGTAAAACACAAAGTTTAAATTtagcgc > 2:191808/1‑150 (MQ=255)
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ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAATTAAAAGAAATAAAAACAAAATCG‑ATTTAGATCACAAATTGTAAATTTGGCGCCAAACaa > 2:556500/1‑149 (MQ=255)
taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAATAAAAAAAGAAAAAAGAG‑ATTTTAATCACAAATTTTAAATTTCGCGCCAAACaat > 2:2317762/1‑148 (MQ=255)
agagATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTATTTTATAAAATAAATCAAAGAAATAAAGACAAAAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTTAGCGCCaataattg > 2:3184996/1‑148 (MQ=255)
agagATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTAAAATAAATAAAATTAATAAAGACAATAACG‑ATTGAAATCGAGAATTTTTAATTTGGCGCCAGACATgg > 2:447740/1‑150 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgc < 1:1077333/150‑1 (MQ=255)
agaTTTAAGCAAGCATTTATTTTGAATGTATTTTTCGTTCGAACTTTGCTTATTCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgcg < 2:2563226/150‑1 (MQ=255)
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tAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGATAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGcac < 1:2071023/150‑1 (MQ=255)
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caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGc < 1:4341469/150‑1 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAAAAAATCAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAG‑ATGTAAATCACTAAGTTTAAAATTAGCGCCCATCAAGGCGCGCACaaccg > 2:614061/1‑147 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAGAAAACAAAAAAAAATCG‑AAGTAAAACACAAATTTTAAATTTCGCGCCCAAAAAGGCGCGCACCATCtata > 2:3179887/1‑150 (MQ=255)
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aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTa < 2:1043904/150‑1 (MQ=255)
aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTa < 2:1043979/150‑1 (MQ=255)
aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTAATAAAATAATTCAATGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAATTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTa < 1:66299/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTCTTTCGACCTTTGATTATAAATAACAGTTTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAACCAAATCGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 1:523397/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTCGTTCGACATTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTATGTTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 1:523539/150‑1 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtct < 2:2753126/150‑1 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtct < 2:2753361/150‑1 (MQ=255)
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tttCGTTCGACATTTGATTATACATAACATTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGACAATAGCT‑TTTTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 2:2192921/150‑1 (MQ=255)
tcgttctACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctc < 1:2757257/150‑1 (MQ=255)
gttcgACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTATTTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcct < 1:1305956/150‑1 (MQ=255)
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cTTTGCTTATACATAAAAGTCGTTTTTTTAATATATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 2:3639196/150‑1 (MQ=255)
cTTTGCTTATAAATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 2:3639152/150‑1 (MQ=255)
attttattATACATAACTGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATATTTAAAATAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTATGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 1:2728402/144‑1 (MQ=255)
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gCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGAc < 2:795299/150‑1 (MQ=255)
aCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtc < 1:635171/150‑1 (MQ=255)
aCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtc < 1:3600976/150‑1 (MQ=255)
cATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATCGCG‑TTGTAAAGCACTATTTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtct < 1:81887/150‑1 (MQ=255)
aTAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtctc < 2:2306131/150‑1 (MQ=255)
aaCAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCt < 1:4288372/150‑1 (MQ=255)
gTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCCTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATa > 1:1720834/1‑150 (MQ=255)
gTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATa < 1:1057150/150‑1 (MQ=255)
cttttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 2:2257776/148‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:2742384/150‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGACAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:3679477/1‑150 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATGGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:571496/150‑1 (MQ=255)
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ttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc > 1:125907/1‑150 (MQ=255)
ttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc < 2:1483958/150‑1 (MQ=255)
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tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg < 2:3103808/150‑1 (MQ=255)
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ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCgg < 2:2314820/150‑1 (MQ=255)
ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCgg < 2:2314745/150‑1 (MQ=255)
ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTCCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCgg > 1:1922916/1‑150 (MQ=255)
tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATAATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTATCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 1:2392046/1‑150 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa < 2:4154861/150‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 2:2774961/150‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 2:2774945/150‑1 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCGATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc < 2:1355927/150‑1 (MQ=255)
taAAATAATACAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCAGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt < 1:1149629/150‑1 (MQ=255)
aaatTATTTCAATTAAATCAAGACAATTTCG‑ATGTAACGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCGAATCATGGCGCGCACTAGCTATAATACCAACCTAATGTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa < 2:1937230/150‑1 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa < 2:62374/150‑1 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGAATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa < 2:1937266/150‑1 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:4303197/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:4303207/1‑150 (MQ=255)
aataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 2:1896991/1‑150 (MQ=255)
aataatTAAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc < 1:2317762/150‑1 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 2:2739565/1‑150 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 2:1283032/150‑1 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 1:1751498/1‑150 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 2:91755/1‑150 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 2:3111053/150‑1 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 2:1903277/1‑150 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 2:3426996/1‑150 (MQ=255)
|
CTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCG‑ATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463768‑2464055
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
