Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,906 |
C→A |
17.0% |
Q433K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,906 | 0 | C | A | 17.0%
| 429.8
/ 16.8
| 176 | Q433K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/96); new base A (31/4); total (76/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
AGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATG > CP009273/2463761‑2464053
|
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agtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCaa > 2:2451063/1‑148 (MQ=255)
taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTAATTTTTTAAAAAATTTaaaa > 1:309635/1‑147 (MQ=255)
ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaaa < 1:129221/148‑1 (MQ=255)
ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaaa < 1:3239096/148‑1 (MQ=255)
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tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCa < 2:2630524/148‑1 (MQ=255)
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ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTATAAAATAATTaaaaaaaaaaaa > 1:140484/1‑144 (MQ=255)
tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAg < 2:1627098/148‑1 (MQ=255)
tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAc < 2:1300685/148‑1 (MQ=255)
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gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATaaaaaaaa > 2:736745/1‑143 (MQ=255)
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ctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCCAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 2:1524184/148‑1 (MQ=255)
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ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAAAAAACAAAAAAGAGATTTaaat > 2:625969/1‑147 (MQ=255)
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gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTATTAAAAAATTGAAATAAATAAATAAAAAATAGCTGTAAAGcgag > 1:2473742/1‑145 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAAAAAAGAAAAAAACCCAGTAAATCACAAAG‑t > 2:2520624/1‑148 (MQ=255)
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ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAGATTTAAATAACTAAT‑TTTa > 2:1231922/1‑148 (MQ=255)
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aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTgcgcgc < 1:1312747/148‑1 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTgcgcgc < 1:1312798/148‑1 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGAAAAAATAGATGTTAAACACAAAA‑TTTATAtttggcgg > 1:2083384/1‑142 (MQ=255)
ggATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACAAAATACAAGATAAGCACAAAGTTTTAAATTgtgaac > 1:829374/1‑143 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCa < 2:1730330/148‑1 (MQ=255)
atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAGAAATAAAGAAAAAATCCCTTTAAAGCACGAAG‑TTTTAATTTAGCGccca > 2:3212939/1‑146 (MQ=255)
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agaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTAAATTATAAAAAAAATAAAAAAAAACAAAACAAAAACGATGTAAATCACTAAT‑GTTAAAATACGCGCCAAACAAgg > 2:2891843/1‑148 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAAAAAAGAAAAAATACAATTAAAAAACAAAT‑TTTAAAATTCGCGCCAAACAAGgcg > 2:820152/1‑148 (MQ=255)
caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACaa < 2:362142/148‑1 (MQ=255)
caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTTTAAAAAAAATAAAATAAATCAAGAAAAAAACGATGTTAAGCAAAAAG‑GTTATATTTAGCGCCAAAAAGGGCGCCCACaa > 1:1667237/1‑148 (MQ=255)
agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGc < 2:1803242/148‑1 (MQ=255)
agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTTTAAAATAATTGAAATAAAAAAAAACAAAATCGATGTAAATCAAAAAG‑TTTTAATTTCGCGCCCAGCATGGCGCGcaccacc > 1:3013022/1‑144 (MQ=255)
gcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAAATTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAGATTTAAAGCAAAAAG‑TTTAAATTTTGCGCCAAAAAATGCGCGCACaaaca > 2:1027520/1‑145 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACATTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCta < 2:2006372/148‑1 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTAATTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCGGTAAAGAAATAAA‑TTTTAATTTAGGGCCCATCAATGCGCGCCCaaccaa > 2:7856/1‑144 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtat < 2:51009/148‑1 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtat < 2:2477933/148‑1 (MQ=255)
ttatttGTAATGTATTTTTCGTTCGACTTTTGCTTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa < 1:2360114/148‑1 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:1882217/148‑1 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:1680805/148‑1 (MQ=255)
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tttttCTTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 1:796893/148‑1 (MQ=255)
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ttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 1:1103146/148‑1 (MQ=255)
ttcgttcgACCTTTTCTAATACAAAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtctc < 1:154645/148‑1 (MQ=255)
tcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTAATTTATAAAAAAAATTAAACAAAAAAAAAAAAAATCCCTTTAAAGCAACAAA‑TTTGAATTTCGCGCCAACAAATGCGCCCACAAAAACTAATAACAACCTAATTTatccacca > 2:1443662/1‑147 (MQ=255)
ccTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAAACAAGACAAAAGGGTAGTAAAGCCCTAAG‑TTTAAATTGCGCGGCAAAAATTGCGCGCACAACCGATAATAAAAACCAAAATTTTCCTACTCTTa > 2:2704628/1‑148 (MQ=255)
cTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAATCAAGAAAAAAGCGATGTAAATCAATAAT‑TTTAAATTTAGCGCCAATCATGGGGCGCACCAGCTATAAAACCAACCAAATTTCTACTACTCGTag > 2:2758250/1‑148 (MQ=255)
cTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTAAAAAAAAAATAAAAGAAAACAAGACAAAATCCATTTAAAGCACGAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAAACATGTCGCGCACAACCTATAATACCAACCAAAATTAACCTCCTCTTag > 2:1107457/1‑148 (MQ=255)
cTTTGATTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:2736168/148‑1 (MQ=255)
atttGATTATACAAAACCGTCTT‑TTTTTTAATTTAAAAAATAATTAAAATAAATAAACACAATAGCTATTTAAAGAACTAAG‑TTTAATTTGCGCGCCAATATTGGCGCCCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:296487/147‑1 (MQ=255)
ttGCTTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 1:1810565/148‑1 (MQ=255)
gattATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 1:2425621/146‑1 (MQ=255)
ataCATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGAAATAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 1:2029254/148‑1 (MQ=255)
tAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAG‑TTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtct < 1:2562733/148‑1 (MQ=255)
gTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGa < 2:555439/148‑1 (MQ=255)
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cGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACGATATCTCCTGATa > 2:1309774/1‑148 (MQ=255)
t‑ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:831850/148‑1 (MQ=255)
t‑ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:455733/1‑148 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAT‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 2:1119798/148‑1 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCCATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 1:1467860/1‑148 (MQ=255)
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tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt > 1:2431654/1‑148 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt > 2:823589/1‑148 (MQ=255)
ttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAtt < 2:3013022/148‑1 (MQ=255)
ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc > 1:1821063/1‑148 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 1:3067025/1‑148 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt < 2:2280316/148‑1 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg > 2:639604/1‑148 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATCGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa < 1:3293567/148‑1 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 1:2770409/1‑148 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 2:668230/1‑148 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATTTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc < 1:3202992/148‑1 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 1:274125/1‑148 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt > 1:3266903/1‑148 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:407242/1‑148 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:744575/1‑148 (MQ=255)
atTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:638699/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGACTAGCGGTATTGAGTATCaa > 2:2150337/1‑148 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 2:2417136/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 2:2178949/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 2:2807674/148‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 2:1319496/148‑1 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg > 1:2919492/1‑148 (MQ=255)
|
AGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATG > CP009273/2463761‑2464053
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
