Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,906 |
C→A |
25.1% |
Q433K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,906 | 0 | C | A | 25.1%
| 261.3
/ 18.3
| 130 | Q433K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/66); new base A (30/8); total (56/74) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATG > CP009273/2463760‑2464053
|
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aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 2:1448114/148‑1 (MQ=255)
aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 2:2296003/148‑1 (MQ=255)
ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTTTTTATAAAAAAAATAAAAGaaa > 2:1377107/1‑148 (MQ=255)
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tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCa < 1:3193699/148‑1 (MQ=255)
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ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTTTTTTTAAAaaaaataaaaaaaataaa > 1:2779267/1‑148 (MQ=255)
tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAAACAAg > 2:2607992/1‑148 (MQ=255)
ttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGa < 2:2297600/148‑1 (MQ=255)
ttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGa < 2:2963399/148‑1 (MQ=255)
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aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAt < 2:472893/148‑1 (MQ=255)
atatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAtaaataaaaaaaaaa > 2:265924/1‑141 (MQ=255)
atCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAATACaaaatc > 2:2453069/1‑144 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCg < 2:1162553/148‑1 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCg < 2:1578472/148‑1 (MQ=255)
ctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTTTTTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAACaaaaaaga > 1:3354154/1‑142 (MQ=255)
cAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATg < 1:2923804/148‑1 (MQ=255)
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ttttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAATAAAGACAAAAGCGAAGTaa > 2:437933/1‑148 (MQ=255)
ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAAATTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGACAATATCGATGTAAAg > 2:280575/1‑148 (MQ=255)
tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTATTAAATAATTCAAAGAAAAAAAAACAATATCGATTGAAAGc > 1:3221842/1‑148 (MQ=255)
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ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATATATAAAATAAAAAAAAAAAAAAACGATGTAAAGAACAAAGttat > 2:676301/1‑146 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTa < 1:3082677/148‑1 (MQ=255)
tCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAt < 2:1690119/148‑1 (MQ=255)
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gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAATTCAAAGAAATCAAGACAAAATCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTTCGCGccc > 2:3180987/1‑147 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTTTTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGTAAAGCACAAAATTTAAATTTCGCGCCa > 1:3378612/1‑148 (MQ=255)
atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCaa < 1:2406622/148‑1 (MQ=255)
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ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAAATTATAAAAAAATTGAAAGAAATAAACAAAAAAGCGATGGTAAACACTAAGTTTTAATTGCGGGCCAAta > 2:3268436/1‑147 (MQ=255)
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tAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAAATTATAAAATAATTAAAATAAAAAAATAAAAAAACGAAGTAAAGCACAAATTTTAAAATTCGCGCCAAACAAGtcgcgc > 2:3213656/1‑148 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAATAAAAAAAAAAAAAATATATTTAAAGAAAGAAATTTATATTTAGGGCCAAACATGGGGCGccca > 1:815341/1‑148 (MQ=255)
caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAGAAAAAAATAAAAAAGCGATTTTAATCACTAAGTTTAAAATTAGCGCCAATAATTTCGCGCCCaa > 2:3442173/1‑148 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTGGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAg < 2:1089744/148‑1 (MQ=255)
aagaaTTTATTTGGATTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAg < 2:1089854/148‑1 (MQ=255)
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caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAGACAATAGCTATGTAAAGAAATAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCta < 1:1416532/148‑1 (MQ=255)
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aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 2:563802/148‑1 (MQ=255)
tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTa < 2:728640/148‑1 (MQ=255)
tATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAATTGAAAAAAAACAAGACCAAAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTTCGCGCCACACATTGCGCGGACAACAGATAATAACaaacaaca > 2:2179503/1‑142 (MQ=255)
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ctttcgACATTTGATTATACATAACATTGTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcct < 1:1568243/146‑1 (MQ=255)
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tcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTATAAAATAATTCAAAAAAATAAACACCATATCGATGTAAAGCACGAAGTTTAAAATTAGCGCCAAAAAAGGCGCGCACAAGCTATAAAACCAACCTAAATTatactcct > 2:3222347/1‑148 (MQ=255)
ctacattttCTTATACATAACATTCGT‑TTTTTTATTTTATAAAATAATAAAAATAAATCAATAAAATAGCGATGTAAAGCACTATTTTTAATTTGCGCGCCAATATTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:972274/143‑1 (MQ=255)
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cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:280575/148‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGATTATAAATAACAGTGTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:2707360/148‑1 (MQ=255)
cgAACTTTGCTTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:2706734/148‑1 (MQ=255)
tttGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATTAAAAAATTAAAATAAATCAAGAAAAAAGAGATTTAAATCACTAACTTTAAATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAACAAACAAAATTATACACATCTTaga > 2:3459530/1‑148 (MQ=255)
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tGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGt < 2:275684/148‑1 (MQ=255)
ataCATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 1:1672191/148‑1 (MQ=255)
aTAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtc < 2:3457641/148‑1 (MQ=255)
tAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtct < 2:3060068/148‑1 (MQ=255)
aCAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTcc < 2:2769761/148‑1 (MQ=255)
tctt‑ttttttAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGAt < 1:3283516/145‑1 (MQ=255)
t‑ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 2:2919352/148‑1 (MQ=255)
t‑ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:1719151/1‑148 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 2:935873/148‑1 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 2:2099576/1‑148 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 1:2341208/1‑148 (MQ=255)
tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 1:1564146/148‑1 (MQ=255)
ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc > 2:971379/1‑148 (MQ=255)
tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg > 1:3382031/1‑148 (MQ=255)
ttACAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt > 1:1407123/1‑148 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg > 1:1622338/1‑148 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg > 1:1622337/1‑148 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg < 2:3414208/148‑1 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg < 2:3415822/148‑1 (MQ=255)
taAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa < 1:1377107/148‑1 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 1:3320331/1‑148 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc < 1:422500/148‑1 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTACTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc < 2:3009133/148‑1 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt < 2:2561426/148‑1 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt > 2:1956878/1‑148 (MQ=255)
taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 1:2397013/1‑148 (MQ=255)
taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 2:2194660/1‑148 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 1:1512880/1‑148 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:488529/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:488546/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTAAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATCCCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:488576/148‑1 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 1:2991309/148‑1 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 2:1047813/148‑1 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 2:1049417/148‑1 (MQ=255)
|
TAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATG > CP009273/2463760‑2464053
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
