Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F159 I0 R1
|
879 |
305.9 |
9588012 |
96.6% |
9262019 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,906 |
C→A |
22.5% |
Q433K (CAA→AAA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,906 | 0 | C | A | 22.5%
| 214.0
/ 19.0
| 95 | Q433K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/53); new base A (17/5); total (37/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463758‑2464055
|
tGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCa < 1:3337169/150‑1 (MQ=255)
gtagtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCaa < 2:3475807/150‑1 (MQ=255)
gtagtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCaa < 2:3475824/150‑1 (MQ=255)
tagtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCaaa < 1:1566878/150‑1 (MQ=255)
agtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAg < 2:675847/150‑1 (MQ=255)
agtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAg < 2:675762/150‑1 (MQ=255)
taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAaaaaaa > 1:2318142/1‑150 (MQ=255)
taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTTTAAAAATATTTAAATaa > 2:1609288/1‑150 (MQ=255)
tctcTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAAt < 1:3058128/150‑1 (MQ=255)
ctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTATAAAAAAATTaaaaaaaaaaaa > 1:1856866/1‑146 (MQ=255)
ctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTTTTTATAAAAAAATTTAaaaaaaaaaa > 1:2816289/1‑146 (MQ=255)
tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAg < 1:4170324/150‑1 (MQ=255)
ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTAAATT‑TAAAAAAATAaaaaaaaaaaaaaa > 1:4682225/1‑144 (MQ=255)
tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTAATTTATAAAATAAATGAAAGAAAACAAGaaaa > 2:4361244/1‑150 (MQ=255)
aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAAATCAAAGAAATAAAGaaaaaaa > 2:3555879/1‑147 (MQ=255)
aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAATAAATAAAAACaaaaa > 2:3555652/1‑147 (MQ=255)
tatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAACaaaaaaa > 1:4445399/1‑145 (MQ=255)
aaTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTaa < 1:3727048/150‑1 (MQ=255)
aTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTaaa < 2:4384528/150‑1 (MQ=255)
tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGATATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATTTaaaaaac > 1:4264164/1‑146 (MQ=255)
tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTAATTTTTAAAATAAAAAAAAAAAATAAAAACAAAAGCGATGTAAAGCAc > 2:2040012/1‑150 (MQ=255)
tgtgTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGAAGTAAAGCaaaa > 1:2151977/1‑147 (MQ=255)
tCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGtt < 2:836576/150‑1 (MQ=255)
tCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGtt < 2:1118531/150‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGttt < 1:2900399/150‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGttt < 1:817429/150‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGttt < 1:816005/150‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGttt < 1:509337/150‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGttt < 1:4455974/150‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGttt < 1:4455878/150‑1 (MQ=255)
cGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTAAACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAAAAAAGAAAAAATCGATGTAAATAAC‑TAATTTTAAATTga > 2:1562580/1‑149 (MQ=255)
gAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGATTTAAAGCAC‑AAAATTTAAATTtcgcgc > 2:3096691/1‑150 (MQ=255)
aaGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAGATGTAAAAAACAAAAATTTAAATT‑CGCGcc > 2:1593930/1‑150 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCa < 1:3427359/150‑1 (MQ=255)
ggATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAAATTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGATTTAAAACAC‑AAAATTTAAATTTAGCGccca > 2:3665515/1‑148 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAAt < 1:2550157/150‑1 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAAAAAAAATCGATGTAAAGCAC‑GAATTTTAAATTTCGCGCCAATCAAGgc > 2:1177430/1‑150 (MQ=255)
agaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgcg < 2:3837810/150‑1 (MQ=255)
aagtaTTTATTTGGAATTTATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAATTAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCt < 2:3365638/150‑1 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtata < 2:1860235/150‑1 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAAAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAACTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtata < 2:1860248/150‑1 (MQ=255)
tttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAACAAAAAAAAAACCATGTAAATCAC‑AAAGTTTAAATTTCGCGCCAAACAATGCGCGCACAACCAataaaaaaa > 2:3081514/1‑145 (MQ=255)
ttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTTTAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGTAAAGAAC‑AAAGATTAAATTTCTCGCCAAAAAATGCGCGCACACGCTataaaaaaaa > 2:1223414/1‑144 (MQ=255)
tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAAAAAATAGCGATGTAAATCAA‑AAAGTTTTAATTTAGCGCCAATCATAGCGCCCAAAACCTATAAAACCaaa > 2:4141258/1‑149 (MQ=255)
gattGTATTTTTCGTTCTACCTTTGCTTATACATAACTGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCt < 1:1111178/147‑1 (MQ=255)
gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCt < 1:1571132/150‑1 (MQ=255)
gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCt < 1:1571129/150‑1 (MQ=255)
tatttATTTTTGGTTCGACCTTTTCTTATACATAACATTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTa < 1:1677638/146‑1 (MQ=255)
aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTTTTTATAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAACAGCTTTAAAGCAA‑AAAATTTATATTTAGCGCCAAACATGTCGCGCACCACCAATAAAAACAAccaa > 2:1369151/1‑148 (MQ=255)
ttATTTTTCGTTCGCCCTTTGCTTATAAATACCAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATAAAAATAAAACAAGACATTCGCGATGTAAAGCAA‑TAATTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 1:4603994/149‑1 (MQ=255)
gTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 2:3208889/150‑1 (MQ=255)
ttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACGATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtctc < 1:3541400/150‑1 (MQ=255)
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aCCTTTGCTTATAAATAACTGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:4192412/150‑1 (MQ=255)
aCCTTTGCTAATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTAGAAAATAATTCAAAGAAAACAAGACAATCGCGATGTAAAGCAC‑TAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:4192413/150‑1 (MQ=255)
ttGCTTATACATAACCGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAAGCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 2:1997607/150‑1 (MQ=255)
ataCATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACtata < 2:3961427/150‑1 (MQ=255)
cATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtct < 2:3070335/150‑1 (MQ=255)
aaCAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGAAAATCGCTATGTAAAGCAC‑TATGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCt < 1:563345/150‑1 (MQ=255)
actttttt‑ttttttAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGAAATTAGCTATTTAAATAAA‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCAGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTg < 1:508910/143‑1 (MQ=255)
aatttctt‑ttttttAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAATACAATAGCGATTTAAAGCAA‑TAATTTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTg < 1:1268726/143‑1 (MQ=255)
aCAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTg < 2:4061975/150‑1 (MQ=255)
aCAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTg < 2:4061837/150‑1 (MQ=255)
aGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGAt < 2:3440791/150‑1 (MQ=255)
aGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGAAAAAAGCGATTTAAATCAC‑TAATTTTAAATTTAGCGCCAATCATTGCGCGCACAATCAATAATAACAAACTAAATTATCCTCATCATATTGTGTCTATAtatcattgt > 2:4482243/1‑145 (MQ=255)
gTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGACAATAGAGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTTCGCGCCCCTCATTGCGCGCACAAGCTATAAAACCAACCAAATTTATCCTCCTCTTAGATTGACTATATATCAAGATa > 1:1039176/1‑150 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg > 2:3502972/1‑150 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 1:3555879/150‑1 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 1:3555652/150‑1 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg > 2:151738/1‑150 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg > 2:2544919/1‑150 (MQ=255)
tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg < 2:497843/150‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 2:2722138/150‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 2:2723268/150‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg > 2:411552/1‑150 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg > 2:411163/1‑150 (MQ=255)
tataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 2:373707/1‑150 (MQ=255)
tataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATATCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 2:206056/1‑150 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc < 1:3116445/150‑1 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 1:3578497/1‑150 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCAGATAGAATTGCGGTATTGAc > 1:2697218/1‑150 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa < 2:4365216/150‑1 (MQ=255)
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aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt < 2:2733968/150‑1 (MQ=255)
aaaTAATTAAAATAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt < 1:4702344/150‑1 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 1:2212388/1‑150 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa < 1:3081514/150‑1 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 2:3404193/150‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:2936684/1‑150 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:2936698/1‑150 (MQ=255)
ttCAAATAAATCAATACAATAGCGATTTAAAGCAC‑TAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 1:2076309/150‑1 (MQ=255)
ttCAAATAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 1:436102/150‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg > 1:2294443/1‑150 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg > 1:4692045/1‑150 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 1:3444367/150‑1 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 1:3443833/150‑1 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 1:3558764/1‑150 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:4508075/1‑150 (MQ=255)
|
TGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAC‑TAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463758‑2464055
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
