Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F17 I0 R1
|
115 |
121.7 |
2441348 |
96.4% |
2353459 |
231.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
433,649 |
T→G |
25.8% |
G65G (GGT→GGG) |
ribD → |
fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 433,649 | 0 | T | G | 25.8%
| 95.5
/ 16.6
| 93 | G65G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/46); new base G (20/5); total (42/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.79e-01 |
ATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCGCAC > NC_000913/433418‑433885
|
aTTGGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAGGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCACCCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑Ac < 1:874513/237‑1 (MQ=255)
tGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAG‑CCAAAAGGGC‑G‑AACGccc > 1:930611/1‑238 (MQ=255)
gaaagaaTCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTGTTACATGGCGCGGGCGCTAAGGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCACCCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTCCCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGt < 1:468082/233‑1 (MQ=255)
cgcgcgCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAG‑CCAAAAGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCCCACTCg > 1:506017/1‑239 (MQ=255)
gcgcgcCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGGTTATTACAGGGCGCGGGCGCTAAAGCGGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGGCGGGGGCGTCATTGGCAAAGATGGCGAAATTGTCGGGGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGGGAACCACATGCCGAAGTACACGCGGTGCTTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGa < 2:770723/239‑1 (MQ=255)
gccgggcgggaggaCAAAGCCGGGCAGGACAAGTTTTCACGGGCGCGGGCGCTAAAGCGGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCACCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTAAAAGATGGCAAAATTGTGGGTAAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGa < 2:506017/231‑1 (MQ=255)
ccTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAG‑CCAAAGGGGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACCCGAACCCt > 1:663408/1‑239 (MQ=255)
tGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAG‑CCAAAGGGGC‑G‑AACGCCTATGTTACACTCGGACCCTGt > 1:307970/1‑239 (MQ=255)
ggaggaCTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTAAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTa < 1:728583/239‑1 (MQ=255)
gaggaCTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTa < 1:1165723/238‑1 (MQ=255)
ctagtcctggCAGGACGAGTTTTCAAGGCCGGGGGCGCAAAAGCTGGCGCAACGAGGACTTTTTACCACGCACCCCAACCG‑GAATGTCGGGGGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAC‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCGTTGCGTTTGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCcat < 2:223663/229‑1 (MQ=255)
gaggCCGTGCGGGACGATTAATACAGGGCGCGGGCTGTAAAGCTGGCGCAACGAGGAGATTTTACCACGCATCCCACCCC‑GAATGGCGGGGGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGGAAAGGTTCCCACCAA‑CGTGGGGGTGACCCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCcatca < 2:113017/236‑1 (MQ=255)
cGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATgg < 1:1066040/237‑1 (MQ=255)
tGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAA‑CCAAAGGGGC‑G‑GCCGCCCATGTCACACCCGCACCCCGTAGCCCTCAAGGTCGt > 2:836279/1‑239 (MQ=255)
tGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAA‑ACAAAGGGGC‑G‑ACCCCCTACGACACCCTCGAACCCGGTAAccgccactgtgc > 2:149473/1‑228 (MQ=255)
tGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATTTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGt > 1:492185/1‑239 (MQ=255)
cGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCACCCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTCCACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCa < 1:866675/238‑1 (MQ=255)
cGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAA‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCa > 1:362530/1‑238 (MQ=255)
gAGTATTACGTGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTTTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGGGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCAcc < 2:239354/239‑1 (MQ=255)
gTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAAG‑CC‑AAGGGGC‑G‑GCCCCCGCCGTCCCACACCTACCCTGTAGCCACCACGGGCGTACGCCAcac > 2:1101172/1‑236 (MQ=255)
gTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGGGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGt > 1:838831/1‑239 (MQ=255)
gTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑GCCGCCTATGTCCCACTCGAACCCTGTAGCCCACATGGTCGTACGccca > 1:888673/1‑234 (MQ=255)
tATTACATGGCGGGGGCTCTGAAGCTGGGGCAACGAGGCCGTTTCGCCGCGCAGCCCACCCC‑GAAGTGCGGGTGCGACATTTTGAAAAAGGCCGAAATGTTCGGTGAGGTGTCCCACCAC‑CGGGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCTTTGCTTATGGC‑GGGGAAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCGCCGTg < 2:1135782/239‑1 (MQ=255)
aCATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTAAGCCACCGGGCtgt > 1:799548/1‑239 (MQ=255)
aCATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGGGC‑G‑ACCGCCTATGTCACAACCGAACCCTGTAGCCATCATGGGCGTACGCCACCGTGCtgt > 1:1183365/1‑239 (MQ=255)
cATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGGGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGGCGTACGCCCCCGGGCtgtg > 1:1064158/1‑239 (MQ=255)
cATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGCGGGAAAG‑ACAAAGGGGC‑G‑AACACCCCTGTCCCACTCGGACCCTGTAGCCACCAGGGGCggcagccacacggcttgg > 2:419630/1‑222 (MQ=255)
tGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAA‑CCAAAGGGGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCCGTAGCCATCATGGTCGTACGCCCCCGGGCCGTGAc > 1:943661/1‑239 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGGAAAAG‑CCAAAAGCGC‑G‑GACCCCCATGTTCCCATCGCACCCTGTAACCAACCTGGGCGTACGCCCCCGGGCTGAGACGc > 2:199789/1‑238 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAG‑GCCCAGGGGC‑G‑AGCGCCCATCTCACACAATCACCCAGTAGCCATCCTGGACGTAAGCccccctccgttggccc > 2:1020116/1‑226 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAG‑CCAAAAGGGC‑GAACCGCC‑ACGTCTCCCTCCAAACCCTCAGCCCTACTGGGGGTACGGCACCGTGCTCGGACGc > 2:190287/1‑238 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGAGAAAAAG‑CCAAAAGGGC‑G‑ACCGCCTATGTAACACTCGAACCCTGTAGCCATCCTAGTTGTACCCCACCCTGCTGTGagcg > 1:30810/1‑235 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGCGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGAGTTGCGTATGGC‑GGGTGGCAAAG‑GCAAAAGTGG‑T‑ACCACCTATTGAACAATCCGACCCAGTAGCCCTCATGGGAGCACGCCAcccggcttgggagc > 2:383864/1‑226 (MQ=255)
gcgcTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGGAAAAG‑CCAAAGGGGG‑G‑ACCGCCCATTTCCCCCCCGACCCCTGTTGCCCTCATGGGTGTGACCCGCCCGGCTGTGACGCACtac > 2:375549/1‑236 (MQ=255)
gcgcTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGGGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCCGTAACCATCATGGTCGTAAGCCCCCGTGCTGTGACGCAcccc > 1:686502/1‑235 (MQ=255)
aaccgggcaaccAACCCGGAAGGTGGGGTGCGTAATTGCAAAAGAGGGCGAAATGGGGGGTGAAGGTTACCCCCAA‑CGGGCGGAGGAACCACAGGCCGAAGTACACGCGTGGCGTAGGGC‑GGGGGAAAAAG‑CAAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCt < 2:486480/229‑1 (MQ=255)
aCCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAG‑CCAAAAGGGC‑G‑ACCGCCTATGTTACACTCGAACCCTGTAGCCCTCATGGTCGTAAGCCCCCGCGCTGTGCCCCACCCATCGCCCCCGGCCTAGCGCGCGCGGCTGccc > 2:1218492/1‑237 (MQ=255)
ccACGCATCCCACCCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGAGGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTGGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCg < 1:168112/239‑1 (MQ=255)
cGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCCCGGGCGTAGGGCGCGCGGTTGCCTCgcg > 1:867633/1‑236 (MQ=255)
tagcacAACCA‑GAAGGGCGGGGGCGTCATTGTAAAGGAGGGCAACATTGGCGG‑GAAGGGTTCCCCTAAGCGGGGGGGTAAACCACAGGCCGAAGTACCCGCTTTGGGTGTGGC‑GGGCAAAAACG‑CAAATGGGGC‑G‑GCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 2:960454/234‑1 (MQ=255)
atcccatccc‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATGGCCGGTGAAGGTTCCCCCCAA‑CGGGGGGGGGAACCACATGCCGAAGTCCCCGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 1:149473/238‑1 (MQ=255)
aTCCCAACCC‑GAATGTCGGGGGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 1:221561/238‑1 (MQ=255)
aTCCCAACCC‑GAATGGCGGGTGCGTCATTGACAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTCCCACCAA‑CGTGCGGGTGACCCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAC‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 1:865485/238‑1 (MQ=255)
gAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCCCTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCCATGCAAGATCCTAAc > 1:829843/1‑238 (MQ=255)
aTGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGA‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCCTCATGGTCGTACGCCACCGGGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGCGGGTGCCTCGGTGCCAGATCCCAAccc > 1:356264/1‑238 (MQ=255)
aTGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAG‑CCCAAAGTGC‑G‑ACCGCCTATTTGCCACTCGAACCCCGTTGCCATCATGGTCGGACGCCCCCGTGCTGTGACTCCCCCATCCCCCCGGGCGTAGCCCGCGCGGGTGTCCCGagtccaaaccttcaccc > 2:385548/1‑222 (MQ=255)
ggTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑CGCGCCTATTGCACACTCCAACCCCGGAGGCATCACGGTTGGACGCCACCGCCGCGAGTCGCACCCATCGCCCCTGCCGTCGCGCGCGCGGCTTCCCCGACGGAACAACCTAAccccccgct > 2:1059824/1‑232 (MQ=255)
gCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAC‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGc < 1:971098/238‑1 (MQ=255)
gCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATGGTCGGTGAAGGTTACCACCAC‑CTTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGGGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGc < 1:1020116/238‑1 (MQ=255)
cATTGTAAAAGTAGGCTAAATGGACGGTGAGCGTGCCCGCAAC‑CGTGGGGGTGAACCAAATCCGGAAGTACGCGGGTTGGGTAGGGC‑GGGTTAAAAGC‑CCAAGGGGTC‑C‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGc < 2:861966/239‑1 (MQ=255)
cATTGGAAAGGAGGGCGAAATTGTGGGTGAAGGTTACCCCCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGc < 1:940914/239‑1 (MQ=255)
ttGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCTTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGt < 1:987729/239‑1 (MQ=255)
tCAAAGAGGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAgcgcg < 1:230321/190‑1 (MQ=255)
cgtagcgaatgtgtgtggaaaGGATCCCCCCAG‑CGTGGGGGTGACCCCCACGCCGGAGTACACTCTTGGCG‑GTGGG‑GGGTGGAAAAGCCCAAAGGTGC‑G‑CCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTa < 2:324680/220‑1 (MQ=255)
tGGCGAAATTGTGGGTGAAGGTTCCCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGG‑GGGTGAAAAAC‑CCAAGGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTa < 1:1218492/237‑1 (MQ=255)
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|
ATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAG‑CCAAAGGTGC‑G‑ACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCGCAC > NC_000913/433418‑433885
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
