Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F28 I0 R1
|
140 |
172.9 |
3477528 |
97.9% |
3404499 |
226.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
433,649 |
T→G |
15.2% |
G65G (GGT→GGG) |
ribD → |
fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 433,649 | 0 | T | G | 15.2%
| 234.9
/ 7.8
| 147 | G65G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/71); new base G (22/3); total (72/75) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.63e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.57e-01 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
AAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCG‑CTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCG > NC_000913/433414‑433882
|
aaGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCg < 2:1328924/239‑1 (MQ=255)
aaTTTGGCGAAGGGACCGCGGCCCGGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGAGGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGAcc < 1:221893/239‑1 (MQ=255)
tttGGCGAAGGGAGCGCGCGCGTGGAGGACTAAGCCGTGAAGGACGAGTATTACATGCCGCGGGCGGTAAACCGGCCGCACCGAGGAGTTTTTACCACGCTTCCCACCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGAGGGCGAAATTGTCGGTGAAGTTTACCTCCAGCGGGCGGGTGACCCACATGCCGAAGTCCCCGCTTTGCGTATTGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGc < 1:1289335/239‑1 (MQ=255)
tgggCGAAAAGATCGGCCGCCTGGAGGACAAGGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCAAAAGCTGGCACAACGAGGACGTTTTACCCCGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGAGGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCACCGTGCGGGTGACCCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGcc < 1:618901/237‑1 (MQ=255)
tGGGGAAGAGATCCGGCGCCTGGAGGGCGAAGCCGTGCAGGACGATTTTTACAGGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTCCCACGCATCCCACCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTAAAAGAGGGCGAAATTGTCGGTAAAGGTTACCACCAGCGTGCGGGTGACCCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCt < 1:1658065/239‑1 (MQ=255)
tGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGGAAAACCCAAAGGGGAGACCGcc > 2:49045/1‑238 (MQ=255)
aaGAGATCGCGCGCCTGGGGGCCGAAGCCGTCCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGTTAAAGCTGGCGCACAGAGGACGTTTTCCCCCGCATCCCAACCCGAATGCCGGGGGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCGGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGt < 1:49045/238‑1 (MQ=255)
gcgcgcCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCCCGCATCCCACCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCg < 2:688045/238‑1 (MQ=255)
tGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACAACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGTAGAAAGCCCAAGGGGGGCCCGCCCATGTCccaccccgaccacgt > 1:606733/1‑228 (MQ=255)
gaggaCAAGGCCGTGCAGGGCAAGTATTACAGGGCGCGGGCGCAAAAGCGGGCGCAACGAGAACGTTGTACCACGCATCCCACCCCAAGAGTGGGGCGCGTAATTGTGAAAGATGGCGAAATGGTTGGTGAGGGTTACCACCAACGGTGGGGTGACCCACAGGCCAAAGTACCCGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTa < 1:1101883/238‑1 (MQ=255)
cTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCcatc > 2:464919/1‑239 (MQ=255)
aaGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAACCAAAAGAGCGACCGCCCATGTCACACTCCAAACCCGTCGCcatcat > 1:1597970/1‑239 (MQ=255)
ccGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATgg < 2:395473/238‑1 (MQ=255)
tGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGt > 2:474553/1‑239 (MQ=255)
tGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTCTGTCACACTCGAACCCTTTAGCCATCATGGGCGt > 2:1453007/1‑239 (MQ=255)
gCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCCAAGGGGCCGCCCCCCATGTCCCACCCCAACCCCGTAGCcacccaggtcct > 1:428890/1‑228 (MQ=255)
cGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCACCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCAAAATTGTCGGTGAGGGTTACCACCAACGGGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCa < 2:502459/238‑1 (MQ=255)
cGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCa < 2:1068413/238‑1 (MQ=255)
cGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGAGCGACCCCCCATGTCACACCCGCACCCTGTAGCCATCATGGTCGTAccccc > 2:793251/1‑237 (MQ=255)
attATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCGGGCGCAACGAGAACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGAGGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTCCCCCCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCAcc < 1:480216/236‑1 (MQ=255)
gTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTCTGTCACAATCGAACCCTGTAGCCAGCATGGTCGTACGGCCCCGt > 2:532481/1‑239 (MQ=255)
gTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGt > 2:717509/1‑239 (MQ=255)
gTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAGCCAAAGGCGCGGACGACCATCTCACACCCGAACCCCGGAGGCACCACGGGCGTACCCCAccc > 1:539647/1‑237 (MQ=255)
aTTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGGGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTg < 2:1209906/238‑1 (MQ=255)
aCATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCtgt > 2:613352/1‑239 (MQ=255)
ggCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTATCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAACCAAAAGTGGGACCCCCCATTTCACACTCGCACCCCGTAACCAACATGGTCGtcctccccccggctttggc > 1:665177/1‑220 (MQ=255)
ggCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGAc > 2:828005/1‑238 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGGAAAAGCCAAAAATGCGACCGCCCAAGGCAAACCCGAACCACGTAGCCAGCCTGGTCGTACGCCACCgcgcgttggccg > 1:964342/1‑230 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGGAAAAACCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACCCGCACCCCGTAGCCCTCATGGGCGTACGGCCCCGGGCCGTGACgg > 1:1021939/1‑237 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAACCAAAAGTGCTACCGCCTATGTCCCACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGCGCTGTGACGc > 2:1550867/1‑238 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAACCAAAGGGGCGACCCCCCATGTCACACCCCCACCCCGTAGCCATCCAGGGCGTAACCCAcccggctcgtacgc > 1:213364/1‑226 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGc > 2:831776/1‑238 (MQ=255)
cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAACCAAAAGGGCGACCGCCTCTGTTCCACTCCAACCCTCGAGCCATCACGGGCGTACGCCCCCCGGCCGGGACGc > 1:1139514/1‑238 (MQ=255)
cgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGa < 2:423593/194‑1 (MQ=255)
cgcAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCg < 2:1055010/177‑1 (MQ=255)
cGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAgcgcg < 2:382073/239‑1 (MQ=255)
aCGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCCTTTTCACACTCCAACCCCGTAGCCATCATGGTCGTAGCCCACCGGGCTGTGACGCACACACCCCCGCCGGGGACGCGCGCgggg > 1:332075/1‑239 (MQ=255)
tACCCCGCATCCCAACCCGAAGTGCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATGGTCGGTGAAGGTTCCCACCAACGGGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCTTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCt < 2:501540/239‑1 (MQ=255)
tACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCt < 2:161320/239‑1 (MQ=255)
ccACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTAAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCg < 2:1273443/239‑1 (MQ=255)
cGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAACCAAAGGTGCGACCGCCCCAGTCACACTCGAACCCCGGAGCCCTCCTGGGCGGACCCCACCCTGCTGTGCCGCACTCATCGCCGCCGGCGTAGCGCGCGGGGTTGCCTCGCTg > 1:545038/1‑239 (MQ=255)
cGCATCCAAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGAGGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATg < 2:665177/239‑1 (MQ=255)
ctgcccAACCGGAAGGTGGGGTGCGTCATGGGCAAAGATGGCGAAATGGTCGGTGAGGGTACCCACCAACGTGCGGGGAACCCACATGCAGAAGTCCACGCTTTGCGTAGGGCGGGTGAAAAAGCAAAGGGTGCGCCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 1:406876/236‑1 (MQ=255)
caccccAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGACCCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTAGGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 2:1422965/236‑1 (MQ=255)
cATCCCAACCCGAATGGCGGGTGCGTCATTTTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 2:332075/239‑1 (MQ=255)
aataccAACCCGATTGTCGGTTGCGTCTTTGTCAAGTATGGCAAAATGGTCGGTGAAGTTTACCCCCAGGGTGCGGGTAAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGTTGAAAAGGCCAAAGTTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 1:1386713/235‑1 (MQ=255)
accccAACCGGAAGGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTGGGTGAAGGTTACCACCAGCGGGGGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTGGCGTATGGGGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 1:161495/236‑1 (MQ=255)
aTCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAACCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGGTGCCTCGATGCaa > 2:481400/1‑239 (MQ=255)
aTCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATTTCACACTCGAACCCTGTAGCCACCATTGTCGGACGCCACCGTGCTGTGACGCACCCCTCGCCGCCTGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGGTGcca > 1:1422965/1‑237 (MQ=255)
aTCCCAACCCGAAGGGCGGGGGCGTCATTGCAAAAGAGGGCGAAGTTGGGGGTGAAGGTTACCACCACCGGGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 1:472877/238‑1 (MQ=255)
ccacAACCCGAAGGTGGGGTGCGTCATGGTGAAAGAGGGGGAGAGGTGGGGCGAGGGTTCCCCCCGCCGTTCGGGGGAACCACTGGCCGAACTCCGCGCGTTGGGTATGGCGGTTAAAAAAGCAAAAGGCGCGCCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCa < 1:306603/234‑1 (MQ=255)
cccAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTc < 2:1278042/230‑1 (MQ=255)
ccaaaCCCGAAGGGCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGAAAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAGCGGGGGGGTAAACCACAGGCCGAAGTACACGGGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAACCCAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCa < 1:705220/177‑1 (MQ=255)
aaCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTCTAGCCCTCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATcg > 2:791503/1‑199 (MQ=255)
aaCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGTGGGACCCCCCATGTCACACTCGAACCCCGTAGGCCTCATGGGCGGACGCACCCGTGCTGTGACGCAACCACCGCCGCCGGCGGAGCGCCGCCGGGTGGCTCGGTGCAAGATc > 1:1511411/1‑238 (MQ=255)
aaCCCGAATGGGGGGTGCGTCATTGTCAAAGGGGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAGCGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGAATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATcc < 1:1069532/239‑1 (MQ=255)
aTGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGGCGGCGAAGGTTACCACCACCGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAGAAAGCCAAACGCGGGGCCGCCGTTGTCAACCTCGAAACCTGTAGGCATCAGTGGCGTACGCCCGCTGGCTGTGACCCCCACCACGCCCTCGGTGTGACGGGCGGCGGTGCCTCCATTCAAGATACTAAcccc > 1:1242128/1‑238 (MQ=255)
gTCGGGTGCGTCGTGGTCAAAGAGGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAACGTGGGGGTGAACCAAATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCa < 2:132275/239‑1 (MQ=255)
gCGTCATTGTAAAAGATGGCGAAATGGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGGGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCG‑c < 2:1472567/238‑1 (MQ=255)
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gCGTATGGGGGGTGAAAACGCCAAAGGTGCTGCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCG‑CTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATa < 2:28098/239‑1 (MQ=255)
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aaaGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCG‑CTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATgcg < 2:606733/239‑1 (MQ=255)
|
AAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCG‑CTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCG > NC_000913/433414‑433882
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
