Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I2 R1
|
777 |
59.2 |
2955938 |
92.5% |
2734242 |
106.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,664,363 |
(G)6→7 |
coding (256/729 nt) |
gadW ← |
transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 95.5%
| 146.9
/ ‑0.1
| 44 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (24/18); total (25/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
TTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664224‑3664479
|
ttGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggggg < 1:63499/139‑1 (MQ=255)
tAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGATGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTg > 1:424609/1‑139 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 2:935897/1‑139 (MQ=255)
ggATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGttaa < 1:557145/139‑1 (MQ=255)
tCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGttaatta > 1:616415/1‑139 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 1:44736/1‑131 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGt < 2:44736/131‑1 (MQ=255)
ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 2:616415/139‑1 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCAGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:858768/1‑139 (MQ=255)
aTGAGAAAACATCGATAAACAGGACAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggg > 1:178121/1‑108 (MQ=255)
aTGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt > 1:190087/1‑105 (MQ=255)
aTGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 2:190087/105‑1 (MQ=255)
aTGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggg < 2:178121/108‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGGTAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCACAGTATCAGTGAATTTACCCCGTATTCATTGAAGCTATCAAAAAGCGCCGTCACCGTCGGCATGGGGGGGTGACTTGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:628769/139‑1 (MQ=255)
gaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtg > 2:470613/1‑139 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:470613/139‑1 (MQ=255)
aCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTa < 2:858768/139‑1 (MQ=255)
gATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCt > 1:371813/1‑139 (MQ=255)
gAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGt > 2:298425/1‑139 (MQ=255)
aGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:1269348/105‑1 (MQ=255)
aGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 2:1269348/1‑105 (MQ=255)
agagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt < 1:1420465/139‑1 (MQ=255)
agCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGCCTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGa > 1:386553/1‑139 (MQ=255)
gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGAc < 2:1290576/139‑1 (MQ=255)
cATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt > 2:815100/1‑72 (MQ=255)
cATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:815100/72‑1 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat < 1:26436/138‑1 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat > 2:26436/1‑138 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaa > 1:487794/1‑139 (MQ=255)
tCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCGTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagt > 2:792245/1‑139 (MQ=255)
tCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCGTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagt < 1:792245/139‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 1:1259983/1‑139 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 2:1130684/1‑139 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 1:380058/1‑139 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 2:1331652/1‑139 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:1045334/90‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:1045334/1‑90 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGt > 2:1354663/1‑109 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGt < 1:1354663/109‑1 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACt < 1:720504/54‑1 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACt > 2:720504/1‑54 (MQ=255)
aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 2:823700/1‑129 (MQ=255)
aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa < 1:823700/129‑1 (MQ=255)
aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 1:298425/139‑1 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATc > 2:817849/1‑139 (MQ=255)
aTCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAg < 1:174105/139‑1 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGAc > 1:606656/1‑36 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGAc < 2:606656/36‑1 (MQ=255)
cGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGt > 2:571701/1‑139 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt > 2:1242654/1‑139 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACAGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt < 1:1242654/139‑1 (MQ=255)
|
TTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664224‑3664479
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
