Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
748 |
32.0 |
1685426 |
92.6% |
1560704 |
103.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,664,363 |
(G)6→7 |
coding (256/729 nt) |
gadW ← |
transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 97.2%
| 124.9
/ ‑3.6
| 36 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (17/18); total (18/18) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑T‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGG > NC_000913/3664222‑3664483
|
tATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑T‑ggg < 2:556401/139‑1 (MQ=255)
aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑T‑gggg > 1:69165/1‑139 (MQ=255)
tGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑T‑gggggg < 2:6370/139‑1 (MQ=255)
aGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑T‑gggggggtgac < 2:69165/139‑6 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGt < 2:133048/139‑1 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGt < 1:719566/139‑1 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGt > 1:464068/1‑139 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:639080/139‑1 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑T‑ggg > 1:152812/1‑112 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑T‑ggg < 2:152812/112‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:550507/139‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:423938/1‑139 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:232838/1‑139 (MQ=255)
agaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCt > 1:97914/1‑139 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:423938/139‑1 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:635378/139‑1 (MQ=255)
gTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:232838/139‑1 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat < 2:341593/139‑1 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑t > 2:99550/1‑68 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑t < 1:99550/68‑1 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata < 2:645458/139‑1 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 2:341998/1‑139 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGACA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTgtgt > 1:721746/1‑109 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGACA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTgtgt < 2:721746/109‑1 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑T‑gggggggt < 1:704644/75‑3 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑T‑gggggggt > 2:704644/1‑73 (MQ=255)
cTCAGTATCGGTGAATTTACCTCGGCTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGTGGCACG‑GGGGGGTGACTCGGTGATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGTTAGCTGACGAATAttt > 2:607317/1‑139 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 2:307375/1‑80 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:307375/80‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 2:531772/1‑139 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:147726/1‑90 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:226849/1‑90 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:226849/90‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:147726/90‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTa > 2:1928/1‑92 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTa < 1:1928/92‑1 (MQ=255)
gATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGtta < 2:86920/58‑1 (MQ=255)
gATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGtta > 1:86920/1‑58 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGt > 2:395627/1‑82 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGt < 1:395627/82‑1 (MQ=255)
cAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtc > 2:585913/1‑139 (MQ=255)
cAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtc < 1:585913/139‑1 (MQ=255)
tCGCCGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTcgcg > 1:554108/1‑139 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCg > 1:220440/1‑71 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCg < 2:220440/71‑1 (MQ=255)
cACCAGCGGCA‑TGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCgg > 1:385541/1‑139 (MQ=255)
|
TATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCA‑T‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGG > NC_000913/3664222‑3664483
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
