Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F1 I1 R1
|
759 |
71.0 |
3673240 |
91.5% |
3361014 |
104.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,664,363 |
(G)6→7 |
coding (256/729 nt) |
gadW ← |
transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 96.7%
| 413.6
/ 4.8
| 120 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base G (57/59); total (59/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
ATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664223‑3664479
|
aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAt > 1:264590/1‑135 (MQ=255)
aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAt < 2:264590/135‑1 (MQ=255)
aaaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggtg < 1:564438/139‑4 (MQ=255)
gTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACt < 1:377680/139‑1 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 2:1263651/1‑139 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggg > 2:1805834/1‑130 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggg < 1:1805834/130‑1 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAAc > 2:1515319/1‑139 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAAc > 1:1466095/1‑139 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggtg > 1:27660/1‑122 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggtg < 2:27660/125‑4 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGAATGGgtaaataaaa > 2:878801/1‑137 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt < 2:126925/124‑1 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 1:126925/1‑124 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:949361/1‑139 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:382068/131‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 1:382068/1‑131 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:718364/139‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:1441972/1‑139 (MQ=255)
aaaaCA‑CGATAAACCAGAAAAGTAAGGCAAAATTCCTAAGAACCGTTGATTTTACCCGGGTTCCATGGAACCAATAAAAAACCGCCGTC‑CCAGCCGGATT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:781578/139‑1 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:1451614/139‑1 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:949361/139‑1 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:1263651/139‑1 (MQ=255)
cGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 1:1507241/1‑118 (MQ=255)
cGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 2:1507241/118‑1 (MQ=255)
aTAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACt > 2:887347/1‑103 (MQ=255)
aTAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑ggg < 2:1566765/94‑1 (MQ=255)
tAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaa > 2:408171/1‑139 (MQ=255)
tAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggtga > 2:1756555/1‑96 (MQ=255)
aaaCAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaaa < 2:362469/139‑1 (MQ=255)
gAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGt > 2:1549667/1‑139 (MQ=255)
aaaGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCATCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTg > 1:319009/1‑139 (MQ=255)
gTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:1441972/139‑1 (MQ=255)
gTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:676377/139‑1 (MQ=255)
gagC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑g > 1:1299760/1‑76 (MQ=255)
agC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGa < 2:1826610/139‑1 (MQ=255)
gC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTg > 2:636292/1‑81 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:863622/1‑99 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:863622/99‑1 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCAGTAACCAG‑CGGCATGGGGGGGAGACTGGTTAATTAAAACACGGTCTTTGCTGTGTAATCCTAAATTGAGTGGTAGCTGACGAat > 1:1826610/1‑139 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:1136802/1‑98 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:1136802/98‑1 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGaa > 1:1525909/1‑137 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggg > 2:1371806/1‑74 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAatat > 2:30455/1‑139 (MQ=255)
cTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATAttt > 1:687102/1‑139 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaaa > 2:1656447/1‑112 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgt > 2:1668790/1‑139 (MQ=255)
gTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgta < 2:1241410/139‑1 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 1:1671432/1‑85 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCt < 1:1755576/97‑1 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaa > 1:1362711/1‑139 (MQ=255)
cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 1:805022/1‑82 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:1738159/1‑85 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:1738159/85‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:1333268/95‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:1333268/1‑95 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaaa > 2:683012/1‑105 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaaa < 1:683012/105‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCg < 2:1418561/110‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCg > 1:1418561/1‑110 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 2:961286/1‑139 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt < 1:1549667/139‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 1:1672729/1‑139 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 1:411896/1‑139 (MQ=255)
aaTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc < 2:69526/139‑1 (MQ=255)
aaTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc > 1:737685/1‑139 (MQ=255)
aaTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc < 1:408171/139‑1 (MQ=255)
aTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa < 1:908086/139‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:291132/1‑85 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:1808353/1‑85 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:291132/85‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:1808353/85‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:1103724/90‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:1103724/1‑90 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:1206183/1‑90 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt < 1:1495423/113‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt > 2:1495423/1‑113 (MQ=255)
cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt < 2:1672729/139‑1 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAt > 1:1651093/1‑42 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt < 1:787397/57‑1 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 2:787397/1‑57 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAg < 1:1668790/139‑1 (MQ=255)
aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAT‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGACTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATc > 1:343251/1‑139 (MQ=255)
aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATc < 1:1649564/139‑1 (MQ=255)
ttGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCg < 2:343251/139‑1 (MQ=255)
tGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:1743247/74‑1 (MQ=255)
tGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:1743247/1‑74 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTg < 1:1063672/79‑1 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTg > 2:1063672/1‑79 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGc > 1:1093478/1‑88 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGc < 2:1093478/88‑1 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagta < 1:64144/108‑1 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc < 1:1605081/113‑1 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc > 2:1605081/1‑113 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt < 2:411896/139‑1 (MQ=255)
aaaaTCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgt < 1:1440023/139‑1 (MQ=255)
cGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGt < 1:961286/139‑1 (MQ=255)
aCCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTgg < 1:1006669/69‑1 (MQ=255)
aCCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGGCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTgg > 2:1006669/1‑69 (MQ=255)
|
ATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664223‑3664479
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
