Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I2 R1
|
760 |
67.6 |
3323148 |
92.7% |
3080558 |
109.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,664,363 |
(G)6→7 |
coding (256/729 nt) |
gadW ← |
transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 99.1%
| 391.8
/ ‑3.8
| 108 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (55/52); total (55/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664219‑3664479
|
tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:1399760/139‑1 (MQ=255)
tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 2:1443887/139‑1 (MQ=255)
tATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑ggg < 2:1289130/139‑1 (MQ=255)
aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑gggg > 1:929841/1‑139 (MQ=255)
aaaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑gggg‑‑ggggt < 1:180881/139‑4 (MQ=255)
gTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACt < 1:795929/139‑1 (MQ=255)
tAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTg > 2:1177928/1‑139 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGt > 1:298238/1‑139 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGt > 1:1179259/1‑139 (MQ=255)
aTCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGttaatt < 2:929841/139‑1 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAATGGTAGAGCATGTTGCTCAGTATCGGTCAATTTACCCCGGATTCATTGAAGTTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAAc > 1:1051717/1‑139 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAAc > 1:559100/1‑139 (MQ=255)
ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:527870/139‑1 (MQ=255)
tttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:132382/139‑1 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACgg > 1:69373/1‑139 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:1300165/139‑1 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:1394573/1‑139 (MQ=255)
cttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:270443/139‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCttt > 1:1538670/1‑139 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCttt > 2:484885/1‑139 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:1255055/1‑139 (MQ=255)
gagaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:690559/139‑1 (MQ=255)
gagaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:1177658/139‑1 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:559100/139‑1 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:61170/1‑139 (MQ=255)
cGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:774874/1‑134 (MQ=255)
cGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAAcc < 2:1538670/139‑1 (MQ=255)
gTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTa > 2:1029154/1‑139 (MQ=255)
gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt > 1:921054/1‑139 (MQ=255)
gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt > 1:765710/1‑139 (MQ=255)
agCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGa < 1:951106/139‑1 (MQ=255)
gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:693756/113‑1 (MQ=255)
gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:693756/1‑113 (MQ=255)
gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGAc > 2:88952/1‑139 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGttaa > 1:362420/1‑87 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGttaa < 2:362420/87‑1 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 1:885411/1‑139 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 1:1403245/1‑139 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 1:14141/1‑139 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGt > 1:655235/1‑123 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt > 2:1465602/1‑130 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt < 1:1465602/130‑1 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑gggg‑‑gg > 1:1271044/1‑73 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑gggg‑‑gg < 2:1271044/73‑1 (MQ=255)
cTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTgtgt > 1:856317/1‑106 (MQ=255)
cTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTgtgt < 2:856317/106‑1 (MQ=255)
cTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGa > 1:1468426/1‑133 (MQ=255)
cTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGa < 2:1468426/133‑1 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgt > 1:1261115/1‑139 (MQ=255)
gTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgta < 1:1177928/139‑1 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaa > 1:788799/1‑139 (MQ=255)
cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:117919/92‑1 (MQ=255)
cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:117919/1‑92 (MQ=255)
ggTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagta < 2:69373/139‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGt > 1:1148403/1‑71 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGt < 2:1148403/71‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagtaa > 1:1283708/1‑139 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACt > 1:769260/1‑67 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACt < 2:769260/67‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGttaatt < 2:1529185/75‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGttaatt > 1:1529185/1‑75 (MQ=255)
aaTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc < 2:1051717/139‑1 (MQ=255)
aaTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc < 1:106358/139‑1 (MQ=255)
aTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa < 2:1394573/139‑1 (MQ=255)
aTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa < 2:1428977/139‑1 (MQ=255)
aTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑GGGGGCGGTGCCTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc < 2:534431/139‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa > 1:1362014/1‑139 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa < 2:1362014/139‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:849606/1‑85 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:849606/85‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 1:618041/1‑139 (MQ=255)
ccccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACt > 2:354684/1‑139 (MQ=255)
cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:984420/75‑1 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa < 2:740018/131‑1 (MQ=255)
aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:171140/1‑70 (MQ=255)
aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:171140/70‑1 (MQ=255)
aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:1261115/139‑1 (MQ=255)
ttCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 1:1459200/139‑1 (MQ=255)
aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGTATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:635689/1‑72 (MQ=255)
aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGTATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:635689/72‑1 (MQ=255)
aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGatat > 1:698934/1‑139 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGatat > 2:884409/1‑139 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat < 2:1659025/100‑1 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat > 1:1659025/1‑100 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATc > 2:3082/1‑139 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑gggg‑‑gggtga > 2:1423578/1‑36 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑gggg‑‑gggtga < 1:1423578/40‑5 (MQ=39)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:476576/54‑1 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 1:476576/1‑54 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt < 2:1179259/139‑1 (MQ=255)
aaaaaTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCTTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtc < 1:1028202/139‑1 (MQ=255)
aaaTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTGAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgt < 1:1029154/139‑1 (MQ=255)
aaaTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgt < 1:1011327/139‑1 (MQ=255)
tCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAGCTGTCAGCt < 1:1111418/118‑1 (MQ=255)
tCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt > 2:1111418/1‑118 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:325531/1‑57 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:325531/57‑1 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACg < 1:1139984/84‑1 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACg > 2:1139984/1‑84 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt > 1:1499543/1‑139 (MQ=255)
|
TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664219‑3664479
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
