Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F1 I1 R1
|
776 |
60.0 |
3074904 |
90.1% |
2770488 |
104.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,664,363 |
(G)6→7 |
coding (256/729 nt) |
gadW ← |
transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 96.4%
| 184.9
/ ‑0.4
| 55 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base G (29/24); total (29/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACA > NC_000913/3664219‑3664489
|
tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:777989/139‑1 (MQ=255)
tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:1459857/139‑1 (MQ=255)
aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gggg > 1:849376/1‑139 (MQ=255)
gTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACt < 2:849376/139‑1 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAAc > 2:943602/1‑139 (MQ=255)
tttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACg > 2:412408/1‑139 (MQ=255)
tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGGTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 2:1060759/1‑139 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt > 2:1188583/1‑104 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:1188583/104‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:268129/1‑139 (MQ=255)
agaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACt < 1:1210674/114‑1 (MQ=255)
agaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACt > 2:1210674/1‑114 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGCAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgta < 1:943602/139‑2 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:268129/139‑1 (MQ=255)
aaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGGTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTgtgt < 1:1060759/139‑1 (MQ=255)
gATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt > 2:276918/1‑92 (MQ=255)
gATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:276918/92‑1 (MQ=255)
gTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:1263481/139‑1 (MQ=255)
ctAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTAATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAATCCTAAATTGCGTGGTAg > 1:942875/2‑139 (MQ=255)
caatatGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 2:69564/6‑99 (MQ=255)
caatatGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:69564/94‑1 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt > 1:201207/1‑69 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 2:201207/69‑1 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 2:695256/1‑139 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 2:340064/1‑139 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGt < 1:1235245/82‑1 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGt > 2:1235245/1‑82 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:917411/107‑1 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:917411/1‑107 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAatat > 2:1255496/1‑139 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTgtgt < 1:1269431/101‑1 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTgtgt > 2:1269431/1‑101 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaa > 2:165339/1‑139 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:1064160/85‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:1064160/1‑85 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagtaa > 2:694347/1‑138 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagtaa < 1:694347/138‑1 (MQ=255)
aTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa < 1:165339/139‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGGAT‑GGGGAGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGa < 1:458045/118‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGt > 1:1291472/1‑65 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGt < 2:1291472/65‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGa > 2:458045/1‑118 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 1:429574/1‑139 (MQ=255)
cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt < 2:1115514/139‑1 (MQ=255)
cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTCCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt < 1:412408/139‑1 (MQ=255)
ccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTc > 1:219896/1‑139 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAg < 2:429574/139‑1 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAg > 1:976278/1‑139 (MQ=255)
aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt > 1:1156101/1‑139 (MQ=255)
aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:29136/1‑71 (MQ=255)
aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:1100628/71‑1 (MQ=255)
aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:29136/71‑1 (MQ=255)
aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:1100628/1‑71 (MQ=255)
aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:365278/1‑76 (MQ=255)
aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:365278/76‑1 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:175641/51‑1 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACaa > 2:175641/1‑51 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 1:929898/1‑110 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt > 2:642712/1‑139 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt > 1:128265/1‑139 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGAGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt < 2:929898/110‑1 (MQ=255)
cGCCGTCACCAGCGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGt < 2:128265/139‑1 (MQ=255)
cGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACa < 2:1156101/139‑1 (MQ=255)
cGGCATGGGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACa < 1:1255496/139‑1 (MQ=255)
|
TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGG‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACA > NC_000913/3664219‑3664489
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
