Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F1 I1 R1
|
760 |
58.2 |
3022526 |
90.8% |
2744453 |
102.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,664,363 |
(G)6→7 |
coding (256/729 nt) |
gadW ← |
transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 98.3%
| 205.3
/ ‑3.5
| 58 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (31/26); total (32/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.77e-01 |
CTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑G‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGT > NC_000913/3664246‑3664477
|
ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 1:1273561/1‑139 (MQ=255)
ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 2:20018/1‑139 (MQ=255)
ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:20018/139‑1 (MQ=255)
tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 2:464234/1‑139 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:1371017/1‑139 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g‑gg < 2:807107/107‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g‑gg > 1:807107/1‑107 (MQ=255)
gaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtg > 2:340330/1‑139 (MQ=255)
aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:724180/1‑139 (MQ=255)
aaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:1077104/138‑1 (MQ=255)
aaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:1077104/1‑138 (MQ=255)
aTCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 2:1353628/1‑120 (MQ=255)
aTCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:1353628/120‑1 (MQ=255)
gAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGt > 1:175497/1‑139 (MQ=255)
gTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg > 2:115352/1‑139 (MQ=255)
agagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt < 2:1273561/139‑1 (MQ=255)
gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGttaa > 1:194160/1‑93 (MQ=255)
gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGttaa < 2:194160/93‑1 (MQ=255)
gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g‑ggggggt > 1:348762/1‑81 (MQ=255)
gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g‑ggggggt < 2:348762/83‑3 (MQ=255)
gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:450270/103‑1 (MQ=255)
gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:450270/1‑103 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 1:1452865/1‑102 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt < 2:1452865/102‑1 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat > 1:691413/1‑139 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g‑gg < 1:7225/72‑1 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g‑gg > 2:7225/1‑72 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:1309998/1‑103 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:1309998/103‑1 (MQ=255)
tCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATAtttt < 1:464234/139‑1 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:773063/1‑95 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:773063/95‑1 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaa > 1:874143/1‑139 (MQ=255)
cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGCCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATGTTTTgtaagta < 2:874143/139‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTg > 2:154648/1‑131 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTg < 1:154648/131‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACGAGCGGCAT‑GTGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 2:928672/1‑139 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTa < 1:685370/98‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTa > 2:685370/1‑98 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAAt < 1:306473/101‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAAt > 2:306473/1‑101 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 1:814911/1‑139 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa > 1:54472/1‑138 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa < 2:54472/138‑1 (MQ=255)
aCCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACt < 2:814911/139‑1 (MQ=255)
aCCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACt > 1:797008/1‑139 (MQ=255)
cATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCAt < 2:1371017/139‑1 (MQ=255)
ttGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:313870/75‑1 (MQ=255)
ttGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:313870/1‑75 (MQ=255)
agatATCAAAATTCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat > 2:874639/4‑101 (MQ=255)
aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat < 1:874639/101‑1 (MQ=255)
aTCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAg > 1:1410826/1‑139 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGtt > 1:1154835/1‑42 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGtt < 2:1154835/42‑1 (MQ=38)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaag > 2:551259/1‑106 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaag < 1:551259/106‑1 (MQ=255)
aaTCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGtcgtcg < 1:340330/139‑1 (MQ=255)
cGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGt < 2:1410826/139‑1 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 1:1212157/1‑43 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:1212157/43‑1 (MQ=255)
aCCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAAtt < 2:282579/63‑1 (MQ=255)
aCCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAAtt > 1:282579/1‑63 (MQ=255)
gCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata < 2:720821/78‑1 (MQ=255)
gCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 1:720821/1‑78 (MQ=255)
|
CTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑G‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGT > NC_000913/3664246‑3664477
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
