Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A10 F1 I1 R1 | 759 | 65.2 | 3386260 | 90.7% | 3071337 | 101.6 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,363 | (G)6→7 | coding (256/729 nt) | gadW ← | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 96.0% | 172.5 / ‑0.4 | 50 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (26/22); total (27/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
AGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑GGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664234‑3664479 | aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGt > 2:1248405/1‑139 (MQ=255)aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtgac < 1:610563/135‑6 (MQ=255)aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtgac > 2:610563/1‑130 (MQ=255) ggATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGttaa < 1:1248405/139‑1 (MQ=255) aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAAc > 2:748590/1‑139 (MQ=255) aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑GGGGGGTTGACTGGTTAATAAAc > 1:87744/1‑139 (MQ=255) tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGTGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 1:175096/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑At > 2:142372/1‑104 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑At < 1:142372/104‑1 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:8158/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:420382/139‑1 (MQ=255) gaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtg > 2:868397/1‑107 (MQ=255) gaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtg < 1:868397/110‑4 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:748590/139‑1 (MQ=255) tgaggcttatTGCTCAGTTCCGGTAAATTTCCCCCGAATTCATTAAGCCAATCAAAAA‑CGGCGGCACCCGGGGCAAG‑GGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt < 2:87744/132‑1 (MQ=255) gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTg > 2:698868/1‑139 (MQ=255) gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑g < 2:223874/76‑1 (MQ=255) gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑g > 1:223874/1‑76 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGTGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat < 2:175096/139‑1 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggt > 2:1648026/1‑74 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggt < 1:1648026/76‑3 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:1484524/1‑90 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:1484524/90‑1 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCGCCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 2:1197569/1‑139 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTTGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:1055592/1‑90 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:370384/1‑85 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:370384/85‑1 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:1055592/90‑1 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:541324/1‑90 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:541324/90‑1 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:1163241/1‑95 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:1163241/95‑1 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAAcc < 1:853695/100‑1 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAAcc > 2:853695/1‑100 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 1:1628007/1‑139 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGAGTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCg < 2:1196687/105‑1 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCg > 1:1196687/1‑105 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 2:864039/1‑139 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtg > 2:516441/1‑56 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtg < 2:962825/59‑4 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtg > 1:962825/1‑56 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtg < 1:516441/59‑4 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACt < 2:212697/57‑1 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACt > 1:212697/1‑57 (MQ=255) ccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGtta > 2:1685827/1‑61 (MQ=255) ccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGtta < 1:1685827/61‑1 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAg > 1:1526736/1‑139 (MQ=255) aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:1628007/139‑1 (MQ=255) aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:567765/139‑1 (MQ=255) tGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGa < 1:698868/139‑1 (MQ=255) tGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑g < 1:781194/35‑1 (MQ=255) tGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑g > 2:781194/1‑35 (MQ=255) gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:1489664/1‑65 (MQ=255) gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:1489664/65‑1 (MQ=255) aTCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt > 2:598416/1‑126 (MQ=255) aTCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 1:598416/126‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:630329/1‑56 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:630329/56‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTg > 1:451320/1‑102 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTg < 2:451320/102‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt > 2:462543/1‑139 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt < 1:864039/139‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt > 1:1093936/1‑139 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtg > 2:82923/1‑32 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtg < 1:82923/35‑4 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaag < 1:959773/96‑1 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaag > 2:959773/1‑96 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt > 1:645326/1‑139 (MQ=255) | AGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑GGGGGG‑TGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664234‑3664479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |