Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A4 F1 I2 R1 | 780 | 68.3 | 3343050 | 93.5% | 3125751 | 102.9 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,363 | (G)6→7 | coding (256/729 nt) | gadW ← | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 96.6% | 206.1 / ‑0.5 | 59 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (29/28); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAA > NC_000913/3664225‑3664487 | tGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gg‑gggg < 2:813692/139‑1 (MQ=255) aaaaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gg‑gggggt < 2:104223/139‑3 (MQ=255) aaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gg‑gggggtga < 1:391846/139‑5 (MQ=255) aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAAc > 2:984699/1‑139 (MQ=255) ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:984699/139‑1 (MQ=255) ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 2:198723/139‑1 (MQ=255) ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:1427772/139‑1 (MQ=255) ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:1188174/139‑1 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:1307295/1‑139 (MQ=255) tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 2:1370818/1‑139 (MQ=255) tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt < 1:1370818/139‑1 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:429339/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:28670/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gg‑gg < 2:535839/108‑1 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gg‑gg > 1:535839/1‑108 (MQ=255) ggagaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:1042651/2‑139 (MQ=255) 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1:1148767/1‑75 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGt < 2:1148767/75‑1 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:1396809/95‑1 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:1396809/1‑95 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 2:1622013/1‑139 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gg‑g > 2:354060/1‑58 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gg‑g < 1:354060/58‑1 (MQ=255) aaTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc < 1:1622013/139‑1 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:403839/50‑1 (MQ=255) 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tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 1:699244/1‑139 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 1:1224158/1‑139 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagta < 2:770390/127‑1 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagta > 1:770390/1‑127 (MQ=255) ccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:1224900/1‑84 (MQ=255) ccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:1224900/84‑1 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAg < 2:28670/139‑1 (MQ=255) aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:1208564/139‑1 (MQ=255) aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 1:861693/139‑1 (MQ=255) aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATc > 2:1030028/1‑139 (MQ=255) gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATc < 2:1042651/139‑1 (MQ=255) aTCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTa < 1:734614/69‑1 (MQ=255) 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aGCGGCATGGG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGaa < 2:429339/139‑1 (MQ=255) | TGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GG‑GGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAA > NC_000913/3664225‑3664487 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |