Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I2 R1
|
764 |
42.0 |
2018750 |
95.5% |
1927906 |
109.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,664,363 |
(G)6→7 |
coding (256/729 nt) |
gadW ← |
transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 99.0%
| 346.9
/ ‑3.6
| 96 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (44/51); total (45/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.40e-01 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664223‑3664479
|
aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggg‑g < 1:90814/139‑1 (MQ=255)
aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggg‑g > 1:811364/1‑139 (MQ=255)
aaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggg‑ggggtga > 2:93602/1‑135 (MQ=255)
aaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggg‑ggggtga > 2:810454/1‑135 (MQ=255)
gTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACt < 1:798904/139‑1 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGt > 1:494322/1‑139 (MQ=255)
aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGt > 2:255902/1‑139 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACt > 1:81739/1‑128 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACt < 2:81739/128‑1 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAAc > 2:187023/1‑139 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAAc > 1:445279/1‑139 (MQ=255)
ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:810454/139‑1 (MQ=255)
ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:506663/139‑1 (MQ=255)
tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:887109/139‑1 (MQ=255)
cttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTc > 1:209291/1‑139 (MQ=255)
tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 1:757328/1‑139 (MQ=255)
aTGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCttt < 2:93537/139‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:19019/1‑139 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:204054/139‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:193452/139‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:486142/139‑1 (MQ=255)
tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:204054/1‑139 (MQ=255)
gagaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGc > 1:256636/1‑139 (MQ=255)
agaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCt < 2:476742/139‑1 (MQ=255)
gaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCGGCGGCAT‑GGGTGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtg > 2:647381/1‑139 (MQ=255)
aaaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgt > 2:617937/1‑139 (MQ=255)
aaaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgt > 2:909764/1‑139 (MQ=255)
aCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTa < 1:23359/139‑1 (MQ=255)
aaCAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAAt < 1:187023/139‑1 (MQ=255)
aCAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAAtt < 2:209291/139‑1 (MQ=255)
aGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCGGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGc < 1:647381/139‑1 (MQ=255)
aaaGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTg > 2:42118/1‑139 (MQ=255)
aGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGt < 1:641395/139‑1 (MQ=255)
gTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:811364/139‑1 (MQ=255)
gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:412299/1‑110 (MQ=255)
gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:412299/110‑1 (MQ=255)
gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTg > 2:331710/1‑139 (MQ=255)
agCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGa < 1:93602/139‑1 (MQ=255)
agCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGa < 2:256636/139‑1 (MQ=255)
gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:494867/73‑1 (MQ=255)
gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt > 2:494867/1‑73 (MQ=255)
gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:184302/113‑1 (MQ=255)
gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:184302/1‑113 (MQ=255)
atatTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGa < 1:19019/139‑1 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGtt < 2:623259/85‑1 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACTGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat < 2:661379/139‑1 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:672685/1‑104 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGa < 1:836012/137‑1 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGa > 2:836012/1‑137 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTAAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:672685/104‑1 (MQ=255)
atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCAATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGtt > 1:623259/1‑85 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 2:290367/1‑139 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata < 2:445279/139‑1 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 1:72969/1‑139 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 1:502954/1‑139 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAGATTGCGTGGTAGCTGACGAat > 2:118930/1‑137 (MQ=255)
tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat < 1:118930/137‑1 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 2:236865/1‑89 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:236865/89‑1 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt > 2:14585/1‑125 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt < 1:14585/125‑1 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgt < 2:72969/139‑1 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgt < 2:502954/139‑1 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACt > 2:192992/1‑72 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACt < 1:192992/72‑1 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaa > 2:184657/1‑139 (MQ=255)
aTCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaag < 1:290367/139‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACaa > 2:211164/1‑80 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:211164/80‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 1:104995/116‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg > 2:104995/1‑116 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 1:913239/1‑139 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTAGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 1:581474/1‑139 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:568612/1‑85 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:568612/85‑1 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 2:483262/1‑139 (MQ=255)
tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 1:544610/1‑139 (MQ=255)
aCCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACAGTCTTTGCtgtg < 1:648116/87‑1 (MQ=255)
aCCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACAGTCTTTGCtgtg > 2:648116/1‑87 (MQ=255)
cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt < 1:909764/139‑1 (MQ=255)
cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt < 1:840820/139‑1 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAg > 2:817509/1‑139 (MQ=255)
aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:393821/139‑1 (MQ=255)
aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:918346/1‑66 (MQ=255)
aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:918346/66‑1 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:44894/70‑1 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:44894/1‑70 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATc < 2:425426/139‑1 (MQ=255)
cTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAGACTGTCAGCTCATCGATATcc > 2:593091/1‑139 (MQ=255)
aTCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAg > 1:761820/1‑139 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGa > 2:604714/1‑91 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGa < 1:604714/91‑1 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt < 1:483262/139‑1 (MQ=255)
cAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt < 2:747206/119‑1 (MQ=255)
cAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt > 1:747206/1‑119 (MQ=255)
cAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCAt < 2:73785/127‑1 (MQ=255)
cAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCAt > 1:73785/1‑127 (MQ=255)
aTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTcgc < 1:42118/139‑1 (MQ=255)
ccGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt < 1:255902/139‑1 (MQ=255)
gTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:373999/39‑1 (MQ=255)
|
ATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664223‑3664479
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
